+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4igv | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of kirola (Act d 11) | ||||||
Components | Kirola | ||||||
Keywords | ALLERGEN / MLP/RRP family / PR-10 related | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Actinidia deliciosa (Chinese gooseberry) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Chruszcz, M. / Ciardiello, M.A. / Giangrieco, I. / Osinski, T. / Minor, W. | ||||||
Citation | Journal: Mol.Immunol. / Year: 2013 Title: Structural and bioinformatic analysis of the kiwifruit allergen Act d 11, a member of the family of ripening-related proteins. Authors: Chruszcz, M. / Ciardiello, M.A. / Osinski, T. / Majorek, K.A. / Giangrieco, I. / Font, J. / Breiteneder, H. / Thalassinos, K. / Minor, W. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4igv.cif.gz | 80.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4igv.ent.gz | 62.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4igv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/4igv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/4igv | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 4igwC 4igxC 4igyC 4ih0C 4ih2C 4ihrC C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
Unit cell |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 17422.963 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Actinidia deliciosa (Chinese gooseberry) / References: UniProt: P85524 | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: Chemical | ChemComp-UNL / Num. of mol.: 7 / Source method: obtained synthetically #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.36 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.75 Details: 0.1 M Bis-Tris, 0.2 M magnesium chloride, 0.5% deoxycholate, 24% w/v PEG3350, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9793 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 11, 2009 |
Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(111) Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→50 Å / Num. all: 28517 / Num. obs: 28517 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 30.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.53 Å / Redundancy: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.538 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1380 / Rsym value: 0.538 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.298 / SU ML: 0.043 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.073 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.127 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→50 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|