PDB-4ig3: HIV-1 reverse transcriptase with bound fragment near Knuckles site

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ig3

タイトル

HIV-1 reverse transcriptase with bound fragment near Knuckles site

要素

P51 RT
Reverse transcriptase/ribonuclease H

キーワード

transferase/transferase inhibitor / RNA-DIRECTED DNA POLYMERASE / DNA POLYMERASE / ENDONUCLEASE / HYDROLASE / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / transferase-transferase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated activation of host apoptosis / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Bauman, J.D. / Patel, D. / Arnold, E.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Detecting Allosteric Sites of HIV-1 Reverse Transcriptase by X-ray Crystallographic Fragment Screening.
著者: Bauman, J.D. / Patel, D. / Dharia, C. / Fromer, M.W. / Ahmed, S. / Frenkel, Y. / Vijayan, R.S. / Eck, J.T. / Ho, W.C. / Das, K. / Shatkin, A.J. / Arnold, E.

履歴

登録	2012年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月24日	Group: Database references
改定 1.2	2015年6月17日	Group: Non-polymer description
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ig3.cif.gz	438.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ig3.ent.gz	357.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ig3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ig3_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ig3_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4ig3_validation.xml.gz	47.9 KB	表示
CIF形式データ	4ig3_validation.cif.gz	71.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/4ig3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/4ig3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4iclC 4id5C 4idkC 4ifvC 4ifyC 4ig0C 4kfbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ify-d 5cyq-d 6c0o-d 4idk-d 6x4c-d 4kfb-d 6c0p-d 4ifv-d 4i2p-d 6c0n-d 2hny-d 6x4e-d 1tvr-d 3mee-d 5c25-d 6c0k-d 3lam-d 5cym-d 2b6a-d 1fk9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Reverse transcriptase/ribonuclease H

B: P51 RT

ヘテロ分子

116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.756, 73.067, 109.026
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.03, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

heterodimer of p66 and p51 subunits

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Reverse transcriptase/ribonuclease H / EXORIBONUCLEASE H / P66 RT 分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 断片: P66 (unp residues 600-1154) / 変異: K771A, K772A, C879S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: BH10 / 遺伝子: gag-pol, POL / プラスミド: PCDF-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL) 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H
#2: タンパク質	P51 RT 分子量: 50096.539 Da / 分子数: 1 / 断片: P51 (unp residues 600-1027) / 変異: C879S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: BH10 / 遺伝子: gag-pol, POL / プラスミド: PCDF-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL) 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H

#1: タンパク質

Reverse transcriptase/ribonuclease H / EXORIBONUCLEASE H / P66 RT

分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 断片: P66 (unp residues 600-1154) / 変異: K771A, K772A, C879S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: BH10 / 遺伝子: gag-pol, POL / プラスミド: PCDF-2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL)
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H

#2: タンパク質

P51 RT

分子量: 50096.539 Da / 分子数: 1 / 断片: P51 (unp residues 600-1027) / 変異: C879S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: BH10 / 遺伝子: gag-pol, POL / プラスミド: PCDF-2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL)
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H

-
非ポリマー , 4種, 928分子

#3: 化合物	ChemComp-T27 / 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile / Rilpivirine / 4-[[4-[[4-(2-シアノエテニル)-2,6-ジメチルフェニル]アミノ]ピリミジン-2-イル]アミノ]ベンゾニト(以下略) 分子量: 366.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₈N₆ / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-J94 / (5S)-6,6-dimethyl-5-[(6R)-8-oxo-6,8-dihydrofuro[3,4-e][1,3]benzodioxol-6-yl]-5,6,7,8-tetrahydro[1,3]dioxolo[4,5-g]isoquinolin-6-ium / (1S,9R)-N-メチルビククリン分子量: 382.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₀NO₆
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 911 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.76 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 11% PEG 8000, 4% PEG 400, 50 MM IMIDAZOLE, 10 MM SPERMINE, 15 MM MGSO4, 100 MM AMMONIUM SULFATE, AND 5 MM TRIS(2-CARBOXYETHYL)PHOSPHINE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CHESS

/ ビームライン: F1 / 波長: 0.917 / 波長: 0.917 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月20日

放射

モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.917 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 93525 / Num. obs: 91749 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 20.33

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.95-1.98	0.625	1	91
1.98-2.02	0.524	1	93.6
2.02-2.06	0.436	1	94.7
2.06-2.1	0.367	1	95.4
2.1-2.15	0.317	1	96.7
2.15-2.2	0.273	1	97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Adxv		data processing
PHENIX	(phenix.refine: dev_1233)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: dev_1233)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	dev_1233	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→33.206 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2029	1791	2 %	2%
R_work	0.1783	-	-	-
obs	0.1788	89653	98.08 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→33.206 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7955	0	116	911	8982

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	8309
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.445	11290
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.298	3147
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.102	1212
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1413

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2.0027	0.2497	150	0.2317	6276	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0027-2.0616	0.2706	121	0.218	6523	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0616-2.1282	0.2609	139	0.2	6535	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1282-2.2042	0.23	118	0.1951	6697	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2042-2.2925	0.2047	111	0.1892	6753	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2925-2.3968	0.2116	137	0.1935	6812	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3968-2.5231	0.2368	147	0.1931	6831	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5231-2.6811	0.2073	152	0.1866	6807	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6811-2.888	0.2195	143	0.1827	6878	X-RAY DIFFRACTION	100
2.888-3.1784	0.2223	156	0.1879	6884	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1784-3.6378	0.1915	136	0.1685	6900	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6378-4.5814	0.1536	145	0.15	6942	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5814-33.2112	0.1965	136	0.1741	7024	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6876	0.0674	-1.3344	1.0788	-0.267	3.6461	0.0579	-0.2245	-0.3641	0.3099	-0.02	0.2279	0.621	-0.2189	-0.0659	0.5559	-0.0475	0.0349	0.321	0.013	0.2313	44.1014	-17.2165	68.8959
2	0.4442	0.3529	0.5825	1.3979	0.7553	0.5608	0.2106	-0.2261	-0.3076	0.6563	0.0053	0.0631	0.4434	-0.0916	-0.2151	0.4555	-0.0017	-0.0452	0.24	0.0045	0.2888	50.0822	-21.1605	44.5829
3	1.1692	-0.7025	-1.1593	0.6744	0.92	3.3376	0.1624	-0.1113	-0.1516	0.0766	0.0514	0.0335	0.0528	-0.0537	-0.2205	0.2729	-0.0074	0.0007	0.2306	0.0125	0.1977	51.9166	-18.6263	57.584
4	2.575	1.8239	1.2289	1.7959	0.4838	2.3074	0.3236	-0.5552	-0.4971	0.4862	0.0277	0.2394	0.1724	-0.5236	-0.2712	0.3772	-0.0086	0.035	0.2437	0.0459	0.2386	36.7772	-27.011	38.3773
5	0.6743	-0.1921	0.4021	2.1691	-0.8288	2.0259	0.0487	-0.007	-0.1641	0.0516	0.1545	0.3359	0.0872	-0.2468	-0.1474	0.1336	0.0072	0.0068	0.1489	-0.0223	0.1989	35.1941	-15.6884	17.4355
6	2.7288	-0.7347	1.1748	1.9802	-0.2042	0.9844	-0.0958	-0.3397	-0.1452	0.1543	0.1406	0.1098	0.0289	-0.1632	-0.0087	0.0923	0.0031	0.0404	0.2459	0.0209	0.2157	12.9527	6.8655	6.6278
7	4.27	1.1385	-0.2358	1.1223	-1.1106	1.3176	0.0026	0.0822	0.6425	-0.2415	-0.4075	1.1557	-0.5287	-0.8335	0.2167	0.2193	0.1006	-0.0376	0.426	-0.0864	0.5254	13.2187	17.2812	4.1441
8	3.9222	-0.5745	0.6427	3.7948	-0.2736	3.0627	-0.0306	0.1802	0.3924	0.1229	-0.1143	-0.1699	-0.4537	0.3167	-0.0104	0.2017	-0.0749	-0.0145	0.1575	0.0158	0.1636	56.4936	1.4707	36.408
9	1.0586	1.3344	-1.9339	5.9231	-5.9213	6.4192	-0.08	-0.5398	0.5682	1.525	-0.5549	-0.0703	-2.089	1.3194	0.4088	1.1138	-0.3064	-0.2129	0.7105	0.0945	0.8042	55.8296	26.2721	33.6397
10	1.6505	-0.3717	0.9497	3.0612	-1.1937	1.3133	-0.3107	0.57	0.6275	-0.0363	-0.1108	-0.8903	-0.4261	0.8057	0.1843	0.504	-0.3045	-0.0638	0.5587	0.1415	0.5908	64.632	13.979	30.5033
11	0.5602	0.4094	0.1996	3.1224	0.3391	2.9313	-0.1252	-0.0836	0.0493	0.1788	-0.018	-0.1209	0.1116	0.3193	0.13	0.1238	-0.0176	0.0169	0.2124	0.0116	0.1681	30.6288	25.2654	2.9416
12	1.3742	0.67	1.5244	2.4757	0.1086	3.5556	-0.2074	-0.0244	0.2992	0.2053	0.0243	-0.006	-0.3717	-0.0732	0.1783	0.1917	-0.0423	0.0759	0.1706	-0.0146	0.1539	33.2436	25.1225	9.574
13	2.9522	-0.1579	0.6073	4.9744	-0.0512	1.9457	0.1005	0.0873	0.1132	0.0843	-0.1643	-0.1315	-0.1555	0.0747	0.0598	0.1856	-0.0221	0.0337	0.1456	-0.0188	0.1158	43.3139	10.3852	20.2169

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 83 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 84 through 117 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 118 through 194 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 195 through 296 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 297 through 421 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 422 through 527 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 528 through 554 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 5 through 83 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 84 through 104 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 105 through 238 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 239 through 269 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 270 through 363 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 364 through 428 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 4種, 928分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 2種, 2分子 AB

-非ポリマー , 4種, 928分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 4種, 928分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)