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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ifr | ||||||
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タイトル | 2.40 Angstroms X-ray crystal structure of R239A 2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase from Pseudomonas fluorescens | ||||||
![]() | 2-amino-3-carboxymuconate 6-semialdehyde decarboxylase | ||||||
![]() | LYASE / TIM-BARREL / Decarboxylase / Metal-binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() secondary metabolic process / : / : / carboxy-lyase activity / hydrolase activity / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huo, L. / Davis, I. / Chen, L. / Liu, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The power of two: arginine 51 and arginine 239* from a neighboring subunit are essential for catalysis in alpha-amino-beta-carboxymuconate-epsilon-semialdehyde decarboxylase. 著者: Huo, L. / Davis, I. / Chen, L. / Liu, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 139.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 109 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 437.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 449.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36608.797 Da / 分子数: 2 / 変異: R239A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.39 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.75 詳細: 0.1 M Tris pH 8.75, 0.2 M MgCl2, 17% PEG5000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月14日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.8 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.391→35 Å / Num. all: 28794 / Num. obs: 28679 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 22 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Χ2: 2.021 / Net I/σ(I): 12.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2HBV 解像度: 2.391→31.525 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7235 / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.86 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.611 Å2 / ksol: 0.309 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 143.9 Å2 / Biso mean: 78.1382 Å2 / Biso min: 20 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.391→31.525 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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