PDB-4ieu: Cys-persulfenate bound Cysteine Dioxygenase at pH 7.0 in the pres...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ieu

タイトル

Cys-persulfenate bound Cysteine Dioxygenase at pH 7.0 in the presence of Cys

要素

Cysteine dioxygenase type 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Cupin fold / catalyzes oxidation / cysteine to cysteine sulfinate / C93-Y157 crosslink / Cytosol

機能・相同性

機能・相同性情報

L-cysteine metabolic process / Degradation of cysteine and homocysteine / taurine biosynthetic process / cysteine dioxygenase / cysteine dioxygenase activity / L-cysteine catabolic process / cysteine metabolic process / response to glucagon / nickel cation binding / response to amino acid ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Driggers, C.M. / Cooley, R.B. / Karplus, P.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Cysteine Dioxygenase Structures from pH4 to 9: Consistent Cys-Persulfenate Formation at Intermediate pH and a Cys-Bound Enzyme at Higher pH.
著者: Driggers, C.M. / Cooley, R.B. / Sankaran, B. / Hirschberger, L.L. / Stipanuk, M.H. / Karplus, P.A.

履歴

登録	2012年12月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月21日	Group: Database references
改定 1.2	2013年9月11日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ieu.cif.gz	101.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ieu.ent.gz	83.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ieu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ieu_validation.pdf.gz	438.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ieu_full_validation.pdf.gz	440.1 KB	表示
XML形式データ	4ieu_validation.xml.gz	12.6 KB	表示
CIF形式データ	4ieu_validation.cif.gz	18.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/4ieu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/4ieu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ieoC 4iepC 4ieqC 4ierC 4iesC 4ietC 4ievC 4iewC 4iexC 4ieyC 4iezC 4jtnC 4jtoC 4if0 PDB 未公開エントリ 4if1 PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4xff-d 4yyo-d 5ezw-d 6u4s-d 4ysf-d 4piz-d 4pix-d 4ubh-d 4kwk-d 4ier-d 4yni-d 3eln-d 2gh2-d 5efu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Cysteine dioxygenase type 1

ヘテロ分子

23.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.600, 57.600, 122.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Cysteine dioxygenase type 1 / Cysteine dioxygenase type I / CDO / CDO-I 分子量: 23058.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Cdo1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21816, cysteine dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-2CO / S-HYDROPEROXYCYSTEINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 153.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₄S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.13 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: Purified enzyme was concentrated to ~8 mg/mL and then added into a crystallization screen containing 0.1 M tri-sodium citrate pH=5.6, 24-34% PEG 4K, and 0.1-0.25 M ammonium acetate. 1.5L of ...詳細: Purified enzyme was concentrated to ~8 mg/mL and then added into a crystallization screen containing 0.1 M tri-sodium citrate pH=5.6, 24-34% PEG 4K, and 0.1-0.25 M ammonium acetate. 1.5L of protein solution was added to each well and mixed with an equivalent volume of reservoir solution., pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.13 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: Purified enzyme was concentrated to ~8 mg/mL and then added into a crystallization screen containing 0.1 M tri-sodium citrate pH=5.6, 24-34% PEG 4K, and 0.1-0.25 M ammonium acetate. 1.5L of ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月4日
放射	モノクロメーター: Si(220) Asymmetric cut single crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→42 Å / Num. obs: 53507 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8_1069) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.25→40.729 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1762	5180	9.79 %
R_work	0.1446	-	-
obs	0.1478	52891	91.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→40.729 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1503	0	10	283	1796

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	1648
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.282	2241
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.122	617
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	239
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	295

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.25-1.2642	0.379	132	0.3536	1280	X-RAY DIFFRACTION	75
1.2642-1.2791	0.3676	148	0.3332	1328	X-RAY DIFFRACTION	78
1.2791-1.2947	0.3204	132	0.3257	1336	X-RAY DIFFRACTION	79
1.2947-1.3111	0.2961	146	0.3039	1365	X-RAY DIFFRACTION	79
1.3111-1.3283	0.3125	139	0.2891	1383	X-RAY DIFFRACTION	81
1.3283-1.3465	0.3032	152	0.2814	1406	X-RAY DIFFRACTION	82
1.3465-1.3658	0.2854	167	0.2532	1412	X-RAY DIFFRACTION	83
1.3658-1.3862	0.2843	144	0.241	1444	X-RAY DIFFRACTION	84
1.3862-1.4078	0.2942	159	0.2044	1456	X-RAY DIFFRACTION	85
1.4078-1.4309	0.2425	148	0.1901	1487	X-RAY DIFFRACTION	86
1.4309-1.4556	0.2116	168	0.1811	1496	X-RAY DIFFRACTION	87
1.4556-1.482	0.2039	172	0.1616	1518	X-RAY DIFFRACTION	89
1.482-1.5105	0.2016	169	0.1491	1527	X-RAY DIFFRACTION	90
1.5105-1.5414	0.1881	164	0.122	1554	X-RAY DIFFRACTION	91
1.5414-1.5749	0.1692	192	0.1135	1580	X-RAY DIFFRACTION	92
1.5749-1.6115	0.1415	192	0.109	1598	X-RAY DIFFRACTION	93
1.6115-1.6518	0.1523	170	0.1002	1651	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6518-1.6965	0.1498	189	0.1083	1673	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6965-1.7464	0.1405	185	0.1112	1682	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7464-1.8028	0.1714	184	0.1169	1727	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8028-1.8672	0.1787	171	0.1135	1746	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8672-1.942	0.1648	175	0.1163	1748	X-RAY DIFFRACTION	100
1.942-2.0304	0.1505	203	0.1125	1707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0304-2.1374	0.1507	201	0.1155	1762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1374-2.2713	0.1527	186	0.1137	1745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2713-2.4467	0.1593	176	0.1316	1780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4467-2.6928	0.1889	215	0.1465	1755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6928-3.0824	0.1861	192	0.1497	1795	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0824-3.883	0.1695	201	0.1421	1825	X-RAY DIFFRACTION	100
3.883-40.751	0.166	208	0.1597	1945	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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