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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4idj | ||||||
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タイトル | S.Aureus a-hemolysin monomer in complex with Fab | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / HEMOLYSIN complex with Fab / CYTOLYTIC PROTEIN / Fab / secreted | ||||||
機能・相同性 | ![]() cytolysis in another organism / The NLRP3 inflammasome / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / toxin activity / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Strop, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mechanism of Action and In Vivo Efficacy of a Human-Derived Antibody against Staphylococcus aureus alpha-Hemolysin. 著者: Foletti, D. / Strop, P. / Shaughnessy, L. / Hasa-Moreno, A. / Casas, M.G. / Russell, M. / Bee, C. / Wu, S. / Pham, A. / Zeng, Z. / Pons, J. / Rajpal, A. / Shelton, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 295.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 250.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 453.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 474.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
| x 6||||||||
単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33409.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: hla, hly / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 25796.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#3: 抗体 | 分子量: 23564.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.01 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 詳細: 1.7M AmSO4, 4.25% isopropanol, 15% glycerol, pH 6, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月26日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.35→50 Å / Num. obs: 22137 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.152 / Χ2: 1.081 / Net I/σ(I): 5.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 240.76 Å2 / Biso mean: 108.4352 Å2 / Biso min: 57.03 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.36→30 Å
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拘束条件 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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