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- PDB-4idi: Crystal Structure of Rurm1-related protein from Plasmodium Yoelii... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4idi
タイトルCrystal Structure of Rurm1-related protein from Plasmodium Yoelii, PY06420
要素Oryza sativa Rurm1-related
キーワードPROTEIN BINDING / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / beta grasp
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA thio-modification / protein urmylation / tRNA wobble uridine modification / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-related modifier 1 / Urm1 (Ubiquitin related modifier) / Molybdopterin synthase/thiamin biosynthesis sulphur carrier, beta-grasp / Beta-grasp domain / Beta-grasp domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-related modifier 1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium yoelii yoelii (ヨーエリマラリア原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Tempel, W. / Lew, J. / Walker, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Schapira, M. / Bountra, C. / Hui, R. / Artz, J.D. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Rurm1-related protein from Plasmodium Yoelii, PY06420
著者: Wernimont, A.K. / Tempel, W. / Lew, J. / Walker, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Schapira, M. / Bountra, C. / Hui, R. / Artz, J.D.
履歴
登録2012年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oryza sativa Rurm1-related
B: Oryza sativa Rurm1-related
C: Oryza sativa Rurm1-related
D: Oryza sativa Rurm1-related
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1155
ポリマ－67,0234
非ポリマー921
水4,288238
1
A: Oryza sativa Rurm1-related


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7561
ポリマ－16,7561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Oryza sativa Rurm1-related
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8482
ポリマ－16,7561
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Oryza sativa Rurm1-related


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7561
ポリマ－16,7561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Oryza sativa Rurm1-related


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7561
ポリマ－16,7561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.590, 72.720, 107.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.64, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質
Oryza sativa Rurm1-related


分子量: 16755.656 Da / 分子数: 4 / 変異: L70(MSE) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium yoelii yoelii (ヨーエリマラリア原虫)
遺伝子: PY06420 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7RAS9
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 25 % PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Na Cacodylate, 0.1 ug/ml chymotrypsin, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 39505 / Num. obs: 39268 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 25.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.9-1.975.10.512.14195.3
1.97-2.055.80.4373.08198.8
2.05-2.146.40.358199.9
2.14-2.256.80.2931100
2.25-2.3970.2591100
2.39-2.5870.2191100
2.58-2.8470.1781100
2.84-3.257.10.1431100
3.25-4.097.40.1151100
4.09-507.50.0981100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
BALBES位相決定
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→43.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9348 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9205 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU R Cruickshank DPI: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2521 1971 5.04 %RANDOM
Rwork0.2271 ---
obs0.2284 39123 98.79 %-
all-39602 --
原子変位パラメータBiso mean: 30.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.7563 Å20 Å20.2638 Å2
2--0.7844 Å20 Å2
3----4.5406 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.286 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3846 0 6 238 4090
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014028HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.075436HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1491SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes123HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes561HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4028HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.29
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.32
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion536SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4654SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2486 145 5.71 %
Rwork0.2175 2396 -
all0.2193 2541 -
obs--98.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8882-0.6126-0.1282.6376-0.6261.5878-0.0464-0.0777-0.1931-0.1177-0.02890.00740.21550.04350.0752-0.1226-0.00560.0122-0.07830.01850.021822.897551.908194.3765
23.884-0.67340.05292.99360.71111.4797-0.0624-0.05590.2765-0.12180.0151-0.0418-0.2081-0.05380.0472-0.141-0.0042-0.0038-0.087-0.01530.031616.129481.608194.4276
32.93250.7981-0.18243.1296-1.09971.7042-0.00940.04250.25350.1248-0.05250.0558-0.24380.07270.0619-0.0382-0.0034-0.0025-0.10030.0091-0.056925.548862.872766.694
43.15720.6172-0.04552.77310.70431.4841-0.04120.0423-0.27940.1011-0.01050.01750.1645-0.06330.0516-0.050.00280.0119-0.0905-0.0093-0.039818.191333.658266.642
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 122
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 122
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C1 - 122
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D2 - 122

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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