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- PDB-4idi: Crystal Structure of Rurm1-related protein from Plasmodium Yoelii... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4idi | ||||||
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Title | Crystal Structure of Rurm1-related protein from Plasmodium Yoelii, PY06420 | ||||||
![]() | Oryza sativa Rurm1-related | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / beta grasp | ||||||
Function / homology | ![]() tRNA thio-modification / protein urmylation / tRNA wobble uridine modification / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wernimont, A.K. / Tempel, W. / Lew, J. / Walker, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Schapira, M. / Bountra, C. / Hui, R. / Artz, J.D. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of Rurm1-related protein from Plasmodium Yoelii, PY06420 Authors: Wernimont, A.K. / Tempel, W. / Lew, J. / Walker, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Schapira, M. / Bountra, C. / Hui, R. / Artz, J.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 208.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 175.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Details | AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN. |
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Components
#1: Protein | Mass: 16755.656 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: L70(MSE) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-GOL / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.9 Å3/Da / Density % sol: 35.22 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.8 Details: 25 % PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Na Cacodylate, 0.1 ug/ml chymotrypsin, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR scanner 300 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Nov 28, 2007 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97942 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. all: 39505 / Num. obs: 39268 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 25.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Net I/σ(I): 5.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Displacement parameters | Biso mean: 30.33 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.286 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→43.2 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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