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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4iaw | ||||||
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タイトル | Engineered human lipocalin 2 (C26) in complex with Y-DTPA | ||||||
![]() | Neutrophil gelatinase-associated lipocalin | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / beta-barrel / engineered lipocalin / binding protein / Y-CHX-A''-DTPA / Strep-tag | ||||||
機能・相同性 | ![]() siderophore transport / Metal sequestration by antimicrobial proteins / iron ion sequestering activity / enterobactin binding / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding ...siderophore transport / Metal sequestration by antimicrobial proteins / iron ion sequestering activity / enterobactin binding / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding / innate immune response / Neutrophil degranulation / apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Eichinger, A. / Skerra, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-guided engineering of Anticalins with improved binding behavior and biochemical characteristics for application in radio-immuno imaging and/or therapy 著者: Eggenstein, E. / Eichinger, A. / Kim, H.J. / Skerra, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 128.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 99 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21573.502 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 21-198 変異: Q28H,V33Q,L36R,I41A,L42P,P48L,Q49L,Y52T,T54Q,I55T,S68A,L70R,K75M,D77E,W79L,I80T,R81M,C87S,S127Q,K134S,T136S,Y138L,T145A 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.62 % / Mosaicity: 0.52 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: 2M dipotassium phosphate, 0.2M lithium sulfate, 0.1M CAPS/NaOH, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月28日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.4→82.36 Å / Num. all: 31147 / Num. obs: 31127 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.6 % / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 24.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 42.04 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3DTQ 解像度: 2.4→82.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / WRfactor Rfree: 0.2694 / WRfactor Rwork: 0.2224 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8256 / SU B: 6.326 / SU ML: 0.157 / SU R Cruickshank DPI: 0.3448 / SU Rfree: 0.2562 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.346 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 97.73 Å2 / Biso mean: 44.0647 Å2 / Biso min: 3.19 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→82.36 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
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