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万見
- PDB-4ian: Crystal Structure of apo Human PRPF4B kinase domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ian
タイトルCrystal Structure of apo Human PRPF4B kinase domain
要素Serine/threonine-protein kinase PRP4 homolog
キーワードTRANSFERASE / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / mRNA cis splicing, via spliceosome / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / spliceosomal snRNP assembly / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / kinetochore / mRNA splicing, via spliceosome / non-specific serine/threonine protein kinase / nuclear speck ...regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / mRNA cis splicing, via spliceosome / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / spliceosomal snRNP assembly / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / kinetochore / mRNA splicing, via spliceosome / non-specific serine/threonine protein kinase / nuclear speck / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein PRP4, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. ...Serine/threonine-protein PRP4, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase PRP4 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Mechin, I. / Haas, K. / Chen, X. / Zhang, Y. / McLean, L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Evaluation of Cancer Dependence and Druggability of PRP4 Kinase Using Cellular, Biochemical, and Structural Approaches.
著者: Gao, Q. / Mechin, I. / Kothari, N. / Guo, Z. / Deng, G. / Haas, K. / McManus, J. / Hoffmann, D. / Wang, A. / Wiederschain, D. / Rocnik, J. / Czechtizky, W. / Chen, X. / McLean, L. / Arlt, H. ...著者: Gao, Q. / Mechin, I. / Kothari, N. / Guo, Z. / Deng, G. / Haas, K. / McManus, J. / Hoffmann, D. / Wang, A. / Wiederschain, D. / Rocnik, J. / Czechtizky, W. / Chen, X. / McLean, L. / Arlt, H. / Harper, D. / Liu, F. / Majid, T. / Patel, V. / Lengauer, C. / Garcia-Echeverria, C. / Zhang, B. / Cheng, H. / Dorsch, M. / Huang, S.M.
履歴
登録2012年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Data collection
改定 1.22013年9月18日Group: Database references
改定 1.32013年11月6日Group: Database references
改定 1.42017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PRP4 homolog
B: Serine/threonine-protein kinase PRP4 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,4438
ポリマ－83,8672
非ポリマー5766
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area30090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.266, 75.286, 148.003
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.210, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PRP4 homolog / PRP4 kinase / PRP4 pre-mRNA-processing factor 4 homolog


分子量: 41933.469 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIAA0536, PRP4, PRP4H, PRP4K, PRPF4B / プラスミド: pFastBac1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9
参照: UniProt: Q13523, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.05 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M ammonium sulfate, 20-30% PEG 3350 and 0.1M HEPES pH7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→50 Å / Num. obs: 29966 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Χ2: 1.057 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.44-2.533.10.53328361.081193.5
2.53-2.633.70.44229811.087199.9
2.63-2.753.80.33729791.0931100
2.75-2.893.80.25829951.0841100
2.89-3.073.80.19330181.0931100
3.07-3.313.80.13630111.0121100
3.31-3.643.80.10129931.021100
3.64-4.173.80.08730151.0041100
4.17-5.253.80.0930631.0911100
5.25-503.70.0730751.009199.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.44→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2878 1395 4.7 %
Rwork0.2283 --
obs-28266 94.5 %
原子変位パラメータBiso max: 100.32 Å2 / Biso mean: 44.6414 Å2 / Biso min: 11.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.416 Å20 Å20.216 Å2
2---0.301 Å20 Å2
3----0.115 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5238 0 30 65 5333
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.039
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5231.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1022
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.6192
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.1922.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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