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- PDB-4iam: Crystal Structure of the C139A mutant of nostoc H-NOX domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iam
タイトルCrystal Structure of the C139A mutant of nostoc H-NOX domain
要素Alr2278 protein
キーワードLYASE / HNOX domain / soluble guanylyl cyclase / C139A mutant / nostoc / Heme binding / NO binding
機能・相同性
機能・相同性情報


heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
H-NOX domain / H-NOX domain / Heme NO-binding / H-NOX domain superfamily / Haem-NO-binding / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / MALONATE ION / Alr2278 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Kumar, V. / van den Akker, F.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Insights into BAY 60-2770 Activation and S-Nitrosylation-Dependent Desensitization of Soluble Guanylyl Cyclase via Crystal Structures of Homologous Nostoc H-NOX Domain Complexes.
著者: Kumar, V. / Martin, F. / Hahn, M.G. / Schaefer, M. / Stamler, J.S. / Stasch, J.P. / van den Akker, F.
履歴
登録2012年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月18日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alr2278 protein
B: Alr2278 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1556
ポリマ－40,7182
非ポリマー1,4374
水5,513306
1
A: Alr2278 protein
ヘテロ分子

A: Alr2278 protein
ヘテロ分子

A: Alr2278 protein
ヘテロ分子

B: Alr2278 protein
ヘテロ分子

B: Alr2278 protein
ヘテロ分子

B: Alr2278 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,46418
ポリマ－122,1536
非ポリマー4,31112
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_544-z,x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation11_545y+1/2,-z-1/2,-x1
crystal symmetry operation3_544-x,y-1/2,-z-1/21
crystal symmetry operation6_545z+1/2,-x-1/2,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area11210 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area46830 Å2
手法PISA
2
A: Alr2278 protein
ヘテロ分子

A: Alr2278 protein
ヘテロ分子

A: Alr2278 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2329
ポリマ－61,0763
非ポリマー2,1566
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_544-z,x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation11_545y+1/2,-z-1/2,-x1
Buried area3850 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area25010 Å2
手法PISA
3
B: Alr2278 protein
ヘテロ分子

B: Alr2278 protein
ヘテロ分子

B: Alr2278 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2329
ポリマ－61,0763
非ポリマー2,1566
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_454-z-1/2,-x,y-1/21
crystal symmetry operation10_554-y,z+1/2,-x-1/21
Buried area4020 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area25160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.626, 122.626, 122.626
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-649-

HOH

21B-326-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Alr2278 protein


分子量: 20358.799 Da / 分子数: 2 / 断片: HNOX domain, UNP residues 1-182 / 変異: C139A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: similar to soluble guanylyl cyclase beta1 / 由来: (組換発現) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: PC 7120 / 遺伝子: Alr2278 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rossetta 2(DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q8YUQ7, guanylate cyclase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.41 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.9M sodium malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月6日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.597
11K, H, -L20.403
反射解像度: 1.99→86.7 Å / Num. all: 40235 / Num. obs: 39902 / % possible obs: 99.25 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 33.24 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 1.99→2.08 Å / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2O09

2o09


解像度: 1.99→86.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.198 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.9 / ESU R: 0.019 / ESU R Free: 0.02 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15945 2085 5 %RANDOM
Rwork0.12565 ---
all0.1595 40235 --
obs0.12733 39902 99.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.238 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→86.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2864 0 100 306 3270
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0223062
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7862.0444168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6855366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.34724.789142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.22515494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.0111510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2240.2428
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0212368
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5771.51810
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.63822894
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.27331252
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.3264.51274
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.042 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 135 -
Rwork0.184 2901 -
obs--97.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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