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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4iag | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ZbmA, the zorbamycin binding protein from Streptomyces flavoviridis | ||||||
要素 | Zbm binding protein | ||||||
キーワード | Zorbamycin Binding Protein / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro / BLMA_like / zorbamycin / reductive isopropylation | ||||||
機能・相同性 | Bleomycin resistance protein / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / response to antibiotic / Roll / Alpha Beta / Zbm binding protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces flavoviridis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Cuff, M.E. / Bigelow, L. / Bruno, C.J.P. / Clancy, S. / Babnigg, G. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R. / Lohman, J. / Ma, M. / Shen, B. ...Cuff, M.E. / Bigelow, L. / Bruno, C.J.P. / Clancy, S. / Babnigg, G. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R. / Lohman, J. / Ma, M. / Shen, B. / Phillips Jr., G.N. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro) | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015 タイトル: Crystal Structure of the Zorbamycin-Binding Protein ZbmA, the Primary Self-Resistance Element in Streptomyces flavoviridis ATCC21892. 著者: Rudolf, J.D. / Bigelow, L. / Chang, C. / Cuff, M.E. / Lohman, J.R. / Chang, C.Y. / Ma, M. / Yang, D. / Clancy, S. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Phillips, G.N. / Shen, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4iag.cif.gz | 63.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4iag.ent.gz | 49.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4iag.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4iag_validation.pdf.gz | 458 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4iag_full_validation.pdf.gz | 459.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4iag_validation.xml.gz | 8.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4iag_validation.cif.gz | 10.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/4iag ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/4iag | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Likely forms a dimer with the crystallographic symmetry mate: x,y,z and 1-y, 1-x, 1/6-z. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15015.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces flavoviridis (バクテリア) 株: ATCC 21892 / 遺伝子: zbmA / プラスミド: pMCSG57 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: B9UIZ4 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | THE LYSINE RESIDUES IN THIS PROTEIN WERE SUBJECT TO REDUCTIVE ISOPROPYLA | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.45 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: protein subject to reductive isopropylation, 0.8M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Sitrate: HCl pH 4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97929 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月3日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97929 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 9.7 % / Av σ(I) over netI: 33.01 / 数: 101644 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.23 / D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 10484 / % possible obs: 98.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 10484 / Num. obs: 10484 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 28.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.225 / Net I/σ(I): 11.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 2 Å / D res low: 44.75 Å / FOM : 0.172 / FOM acentric: 0.248 / FOM centric: 0 / 反射: 9000 / Reflection acentric: 6258 / Reflection centric: 2742 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | R cullis acentric: 2.07 / R cullis centric: 1 / 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 44.75 Å / Loc acentric: 0 / Loc centric: 0 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection acentric: 6258 / Reflection centric: 2742 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set shell | ID: 1 / R cullis centric: 1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0
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Phasing MAD set site | Atom type symbol: Se / B iso: 53.9197 / Fract x: 0.914 / Fract y: 0.714 / Fract z: 0.017 / Occupancy: 4.23 / Occupancy iso: 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD shell |
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Phasing dm | 手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 10313 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→32.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.2317 / WRfactor Rwork: 0.1832 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8678 / SU B: 7.7 / SU ML: 0.107 / SU R Cruickshank DPI: 0.1613 / SU Rfree: 0.1483 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.148 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 97.97 Å2 / Biso mean: 38.2635 Å2 / Biso min: 20.07 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 46.1737 Å / Origin y: -2.9324 Å / Origin z: 32.3225 Å
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