PDB-4i9q: Crystal structure of the ternary complex of the D714A mutant of R...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i9q

タイトル

Crystal structure of the ternary complex of the D714A mutant of RB69 DNA polymerase

要素

DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*C)-3')
DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
DNA polymerase

キーワード

TRANSFERASE/DNA / PALM SUBDOMAIN / HYDROLASE / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

bidirectional double-stranded viral DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / 3'-5'-DNA exonuclease activity / SOS response / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage RB69 (ファージ)
Synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Guja, K.E. / Jacewicz, A. / Trzemecka, A. / Plochocka, D. / Yakubovskaya, E. / Bebenek, A. / Garcia-Diaz, M.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: A Remote Palm Domain Residue of RB69 DNA Polymerase Is Critical for Enzyme Activity and Influences the Conformation of the Active Site.
著者: Jacewicz, A. / Trzemecka, A. / Guja, K.E. / Plochocka, D. / Yakubovskaya, E. / Bebenek, A. / Garcia-Diaz, M.

履歴

登録	2012年12月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月23日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb4i9q.ent.gz	641.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4i9q_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4i9q_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
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CIF形式データ	4i9q_validation.cif.gz	89 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/4i9q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/4i9q	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似性 (5)

登録構造単位

A: DNA polymerase

T: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3')

B: DNA polymerase

P: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*C)-3')

D: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3')

C: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*C)-3')

ヘテロ分子

230 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA polymerase

T: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3')

P: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*C)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
115 kDa, 3 ポリマー
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2

B: DNA polymerase

D: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3')

C: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*C)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
115 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	73.781, 119.412, 146.016
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.26, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	DNA polymerase / Gp43 分子量: 104519.039 Da / 分子数: 2 / 変異: D222A D327A,Y567A,D714A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage RB69 (ファージ) 遺伝子: 43 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q38087, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 TDPC

#2: DNA鎖	DNA (5'-D(TPCPAPCPGPTPAPAPGPCPAPGPTPCPCPGPCPG)-3') 分子量: 5501.567 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(GPCPGPGPAPCPTPGPCPTPTPAPC)-3') 分子量: 3967.585 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 406分子

#4: 化合物	ChemComp-XG4 / 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]guanosine 分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.4 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 10% PEG 8000, 0.2 M (NH4)2SO4 and 0.1 M sodium citrate (pH 5.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月20日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→39.117 Å / Num. obs: 110655

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_1227)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3NGI

3ngi

解像度: 2.3→38.403 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2871	5526	5 %
R_work	0.2519	-	-
obs	0.2537	110586	98.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.403 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13979	1234	128	398	15739

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	16073
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.781	22068
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.688	6179
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	2337
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2618

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3261	0.2935	193	0.2664	3466	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3261-2.3535	0.3685	199	0.2685	3527	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3535-2.3822	0.3442	205	0.2703	3566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3822-2.4123	0.3312	181	0.2783	3486	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4123-2.4441	0.3463	185	0.2704	3539	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4441-2.4776	0.3127	195	0.2694	3527	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4776-2.5129	0.338	192	0.2612	3508	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5129-2.5504	0.3165	209	0.2649	3560	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5504-2.5903	0.3105	172	0.2608	3506	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5903-2.6327	0.309	157	0.2659	3588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6327-2.6781	0.2934	175	0.2704	3484	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6781-2.7268	0.3359	178	0.2705	3587	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7268-2.7793	0.332	186	0.2731	3500	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7793-2.836	0.3293	166	0.2714	3576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.836-2.8976	0.3094	179	0.2754	3508	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8976-2.965	0.3359	204	0.2759	3514	X-RAY DIFFRACTION	99
2.965-3.0391	0.3167	175	0.2768	3517	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0391-3.1212	0.3376	173	0.2744	3529	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1212-3.213	0.334	192	0.2747	3525	X-RAY DIFFRACTION	99
3.213-3.3167	0.2891	175	0.2714	3444	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3167-3.4352	0.3106	164	0.2605	3428	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4352-3.5726	0.2943	185	0.2613	3460	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5726-3.7351	0.3093	187	0.2621	3443	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7351-3.9318	0.2629	191	0.2447	3409	X-RAY DIFFRACTION	96
3.9318-4.1779	0.2383	165	0.2352	3444	X-RAY DIFFRACTION	96
4.1779-4.5	0.2494	182	0.2346	3439	X-RAY DIFFRACTION	96
4.5-4.952	0.2555	171	0.223	3492	X-RAY DIFFRACTION	97
4.952-5.6666	0.2724	202	0.2265	3473	X-RAY DIFFRACTION	97
5.6666-7.1319	0.2527	198	0.2446	3463	X-RAY DIFFRACTION	97
7.1319-38.408	0.2261	190	0.2156	3552	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.287	-2.6781	-0.0561	7.209	-0.2214	0.9024	0.1605	0.2382	-0.0191	-0.8963	-0.212	0.3089	0.0605	0.0244	0.0518	0.314	0.0009	-0.0447	0.2473	0.009	0.2278	-7.0377	1.8808	-26.9698
2	3.3531	-1.0252	0.0507	1.9749	-0.1947	1.0381	0.0907	0.0337	0.1497	-0.2239	-0.0803	-0.2188	-0.2172	0.0124	-0.0131	0.2782	-0.0137	0.0323	0.2119	-0.0364	0.1592	12.8602	-20.7525	-16.1512
3	0.7034	0.3689	-0.6523	0.8265	-1.3113	3.304	-0.0017	-0.1135	0.0352	-0.2499	-0.0616	0.0631	0.2088	0.1201	0.0585	0.1262	-0.007	-0.0237	0.2809	-0.0237	0.316	-18.5609	-1.9547	-0.928
4	1.7187	-0.4385	0.4726	0.89	-0.2895	0.8166	-0.0039	-0.0368	-0.1232	0.0388	0.0174	0.0648	0.0474	-0.0425	-0.0124	0.1575	-0.0151	0.0091	0.1811	-0.0584	0.1482	-4.8249	-16.7378	16.9877
5	4.4505	-0.2967	2.205	1.8554	-1.8614	2.7047	0.0493	0.07	0.2186	0.1765	-0.0751	-0.207	-0.2145	0.4951	0.0307	0.2026	-0.0146	-0.0367	0.2265	-0.0315	0.3342	4.6516	0.0637	13.9551
6	1.381	1.5455	0.1415	2.5528	-0.1508	0.3598	0.1207	-0.1872	0.0384	0.5307	-0.1536	-0.0205	0.0043	-0.044	0.0323	0.5811	0.0108	0.0435	0.2606	-0.0137	0.239	-36.8982	-1.8078	-48.4716
7	1.4038	1.0708	-0.0517	1.4825	0.3718	0.746	0.1372	0.0362	0.3807	-0.0316	-0.0681	0.1149	-0.9269	-0.1627	-0.0401	0.7389	0.06	0.0289	0.2626	0.0264	0.3462	-44.7704	-2.9874	-57.5774
8	0.5123	-0.0118	-0.1551	0.3557	0.0545	0.3777	-0.0038	-0.0236	-0.0847	0.1108	-0.0616	-0.1818	0.0594	-0.005	0.0643	0.4802	0.0382	-0.0346	0.2311	-0.003	0.2962	-23.7882	-2.6002	-70.9816
9	0.9678	0.3156	0.0678	0.7229	0.1824	0.1686	0.0426	0.1183	-0.1263	-0.0007	0.0132	-0.0367	0.0868	0.0206	-0.0535	0.3951	0.0605	-0.0549	0.2328	0.0102	0.2011	-33.9277	-6.7969	-89.72
10	3.767	1.4391	0.5369	3.0088	1.0928	1.7923	-0.0344	-0.4511	0.0652	0.5297	0.244	-0.4611	-0.1809	-0.1162	-0.2038	0.3383	0.0693	-0.0965	0.3252	0.0082	0.372	4.5314	-1.7995	19.1095
11	2.7135	0.7523	3.2425	3.3404	1.1929	4.3524	0.248	-0.0097	-0.088	0.6298	0.2879	0.3549	0.3044	-0.9011	-0.5217	0.4142	0.1477	-0.0212	0.5163	0.0668	0.3565	-35.6906	6.1625	-79.0156
12	2.5309	0.4771	-1.7021	0.3541	0.2953	2.5774	-0.0813	0.5782	0.6972	-0.5119	0.2082	0.4517	-0.6619	-0.4986	-0.1253	0.673	0.1506	-0.2567	0.4806	0.1124	0.6657	-53.6811	9.8929	-96.6687
13	4.3477	0.7485	3.2578	1.4962	-0.3999	7.9942	0.2037	0.8061	-0.4346	-0.7611	0.0792	-0.0241	-0.0388	0.3429	-0.2712	0.9107	0.0587	-0.2587	0.7142	-0.058	0.5821	-48.8191	10.9585	-98.1066
14	0.917	-0.4594	-0.0005	0.5889	0.0804	0.5524	-0.0873	0.2828	0.0845	0.0483	-0.0579	0.0336	-0.1731	-0.0868	0.1441	0.3711	0.1383	-0.0752	0.3951	-0.0427	0.2682	-38.5816	1.4536	-83.3249

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 116 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 117 through 360 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 361 through 579 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 580 through 895 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'T' and (resid 1 through 18 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 207 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 208 through 298 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 299 through 557 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 558 through 900 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'P' and (resid 103 through 115 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 1 through 10 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 11 through 17 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 103 through 109 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 110 through 115 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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