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- PDB-3k5l: Crystal structure of E.coli Pol II-abasic DNA-dATP Lt(0, 3) terna... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k5l
タイトルCrystal structure of E.coli Pol II-abasic DNA-dATP Lt(0, 3) ternary complex
要素
  • DNA (5'-D(*GP*TP*GP*CP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*(DOC))-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*(3DR)P*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*A)-3')
  • DNA polymerase II
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA damage / DNA repair / DNA-binding / DNA-directed DNA polymerase / Nucleotidyltransferase / SOS response / Transferase / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA replication proofreading / SOS response / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase B, N domain, beta-barrel / B family DNA polymerase, N domain, alpha/beta motif / Helix Hairpins - #1130 / : / DNA polymerase II, N-terminal / DNA polymerase II, insertion domain / B family DNA polymerase, thumb domain / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain ...DNA polymerase B, N domain, beta-barrel / B family DNA polymerase, N domain, alpha/beta motif / Helix Hairpins - #1130 / : / DNA polymerase II, N-terminal / DNA polymerase II, insertion domain / B family DNA polymerase, thumb domain / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / : / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Helix Hairpins / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Helix non-globular / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Special / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Helix Hairpins / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase II
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Yang, W. / Wang, F.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2009
タイトル: Structural insight into translesion synthesis by DNA Pol II.
著者: Wang, F. / Yang, W.
履歴
登録2009年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase II
T: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*(3DR)P*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*A)-3')
P: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*CP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*(DOC))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,3436
ポリマ－99,8033
非ポリマー5403
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7510 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area36900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.974, 101.198, 121.717
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase II / Pol II


分子量: 90459.734 Da / 分子数: 1 / 変異: D335N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b0060, dinA, JW0059, polB / プラスミド: Modified PET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P21189, DNA-directed DNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*TP*(3DR)P*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*A)-3')


分子量: 5391.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Abasic template
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*GP*CP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*(DOC))-3')


分子量: 3951.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Primer

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非ポリマー , 3種, 78分子

#4: 化合物 ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEGMME3350, 0.2 M ammonium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 27533 / Num. obs: 24052 / % possible obs: 87.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 2723 / % possible all: 81.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3K57

3k57


解像度: 2.7→22.42 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 545 2 %
Rwork0.224 21298 -
obs-21843 78.6 %
溶媒の処理Bsol: 12.104 Å2
原子変位パラメータBiso max: 85.93 Å2 / Biso mean: 22.389 Å2 / Biso min: 1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.253 Å20 Å20 Å2
2---4.62 Å20 Å2
3---0.368 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.35 Å
Luzzati sigma a0.46 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→22.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6331 619 32 75 7057
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.205
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.161
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.427
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.07
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.8 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.33 43
Rwork0.305 -
obs-1649

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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