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万見
- PDB-4i8q: Structure of the aminoaldehyde dehydrogenase 1 E260A mutant from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i8q
タイトルStructure of the aminoaldehyde dehydrogenase 1 E260A mutant from Solanum lycopersicum (SlAMADH1-E260A)
要素Putative betaine aldehyde dehyrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / AMADH10 family fold
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-guanidinobutyraldehyde dehydrogenase / gamma-guanidinobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase activity / aminobutyraldehyde dehydrogenase / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / betaine-aldehyde dehydrogenase / glycine betaine biosynthetic process from choline / 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる ...gamma-guanidinobutyraldehyde dehydrogenase / gamma-guanidinobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase activity / aminobutyraldehyde dehydrogenase / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / betaine-aldehyde dehydrogenase / glycine betaine biosynthetic process from choline / 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / sodium ion binding / cellular detoxification of aldehyde / nucleotide binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Aminoaldehyde dehydrogenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum lycopersicum (トマト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Morera, S. / Vigouroux, A. / Kopecny, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Plant ALDH10 family: identifying critical residues for substrate specificity and trapping a thiohemiacetal intermediate.
著者: Kopecny, D. / Koncitikova, R. / Tylichova, M. / Vigouroux, A. / Moskalikova, H. / Soural, M. / Sebela, M. / Morera, S.
履歴
登録2012年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月1日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative betaine aldehyde dehyrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,39613
ポリマ－55,9571
非ポリマー1,43912
水1,74797
1
A: Putative betaine aldehyde dehyrogenase
ヘテロ分子

A: Putative betaine aldehyde dehyrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,79226
ポリマ－111,9142
非ポリマー2,87924
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-y+1/2,z1
Buried area12650 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area34520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.040, 118.070, 128.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Putative betaine aldehyde dehyrogenase / Aminoaldehyde dehydrogenase 1


分子量: 55956.914 Da / 分子数: 1 / 変異: E260A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 遺伝子: Solyc06g071290.2 / プラスミド: pCDFDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 PlysS / 参照: UniProt: Q56R04

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非ポリマー , 5種, 109分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 1500, 100mM Imidazol, 10% glycerol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月26日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. all: 22000 / Num. obs: 21922 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 57.82 Å2
反射 シェル解像度: 2.65→2.81 Å / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PX1データ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4I9B

4i9b


解像度: 2.65→28.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8854 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8054 / SU R Cruickshank DPI: 0.448 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2821 1096 5 %RANDOM
Rwork0.2087 ---
all0.23 22000 --
obs0.2123 21906 99.73 %-
原子変位パラメータBiso mean: 45.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.5926 Å20 Å20 Å2
2---6.7386 Å20 Å2
3----5.854 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.331 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→28.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3779 0 94 97 3970
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013945HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.235338HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1366SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes87HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes580HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3945HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.83
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.09
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion529SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4697SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.78 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2868 142 5.02 %
Rwork0.2195 2687 -
all0.2229 2829 -
obs--99.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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