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- PDB-4i8o: Crystal structure of the toxin RnlA from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i8o
タイトルCrystal structure of the toxin RnlA from Escherichia coli
要素TOXIN RNLA
キーワードTOXIN / toxin protein
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin-antitoxin complex / single-species biofilm formation / regulation of growth / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacterial toxin RNase RnlA/LsoA, C-terminal Dmd-binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2650 / Bacterial toxin RNase RnlA/LsoA, N repeated domain / Bacterial toxin RNase RnlA/LsoA, N-terminal domain / Bacterial toxin, RNase RnlA/LsoA, N-terminal repeated domain / Bacterial toxin, RNase RnlA/LsoA, DBD domain / Bacterial toxin, RNase RnlA/LsoA, N-terminal / RNase LS, bacterial toxin / RNase LS, bacterial toxin DBD domain / RNase LS, bacterial toxin N-terminal ...Bacterial toxin RNase RnlA/LsoA, C-terminal Dmd-binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2650 / Bacterial toxin RNase RnlA/LsoA, N repeated domain / Bacterial toxin RNase RnlA/LsoA, N-terminal domain / Bacterial toxin, RNase RnlA/LsoA, N-terminal repeated domain / Bacterial toxin, RNase RnlA/LsoA, DBD domain / Bacterial toxin, RNase RnlA/LsoA, N-terminal / RNase LS, bacterial toxin / RNase LS, bacterial toxin DBD domain / RNase LS, bacterial toxin N-terminal / TATA-Binding Protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Double Stranded RNA Binding Domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Helix non-globular / Special / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
mRNA endoribonuclease toxin LS
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.104 Å
データ登録者Wei, Y. / Gao, Z.Q. / Zhang, H. / Dong, Y.H.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2013
タイトル: Structure-function studies of Escherichia coli RnlA reveal a novel toxin structure involved in bacteriophage resistance.
著者: Wei, Y. / Gao, Z.Q. / Otsuka, Y. / Naka, K. / Yonesaki, T. / Zhang, H. / Dong, Y.H.
履歴
登録2012年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月11日Group: Database references
改定 1.22014年12月3日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TOXIN RNLA
B: TOXIN RNLA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,4142
ポリマ－81,4142
非ポリマー00
水6,233346
1
A: TOXIN RNLA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7071
ポリマ－40,7071
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TOXIN RNLA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7071
ポリマ－40,7071
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: TOXIN RNLA

B: TOXIN RNLA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,4142
ポリマ－81,4142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area1820 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area32310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.207, 64.321, 82.623
Angle α, β, γ (deg.)69.24, 79.53, 75.03
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 TOXIN RNLA / toxin protein


分子量: 40706.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: yfjN, b2630, JW2611 / プラスミド: pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21((DE3) / 参照: UniProt: P52129
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, 2.0 M ammonium formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 1W2B / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月18日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 59960 / Num. obs: 118145 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 26.85
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.635 / Mean I/σ(I) obs: 2.85 / Num. unique all: 2927 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.104→36.504 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2292 3056 5.1 %RANDOM
Rwork0.1958 ---
all0.1975 59953 --
obs0.1958 59960 --
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.086 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.5261 Å2-0.5759 Å2-4.4621 Å2
2---6.8206 Å2-0.561 Å2
3----3.7055 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.104→36.504 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5408 0 0 346 5754
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095526
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.217499
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8372031
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08864
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005963
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1042-2.12820.29271580.26463198X-RAY DIFFRACTION81
2.1282-2.15320.26381810.26893623X-RAY DIFFRACTION95
2.1532-2.17940.28961970.26493888X-RAY DIFFRACTION97
2.1794-2.2070.3172040.25963612X-RAY DIFFRACTION95
2.207-2.23610.26482000.2383737X-RAY DIFFRACTION96
2.2361-2.26670.27431960.22863691X-RAY DIFFRACTION96
2.2667-2.29910.2782060.22983811X-RAY DIFFRACTION95
2.2991-2.33340.272020.22713623X-RAY DIFFRACTION97
2.3334-2.36980.28592200.2233787X-RAY DIFFRACTION96
2.3698-2.40870.27272320.23073756X-RAY DIFFRACTION97
2.4087-2.45020.29141700.22593727X-RAY DIFFRACTION97
2.4502-2.49480.29842020.23623819X-RAY DIFFRACTION96
2.4948-2.54270.2571870.21833736X-RAY DIFFRACTION97
2.5427-2.59460.25782200.21553776X-RAY DIFFRACTION96
2.5946-2.6510.25561860.20843731X-RAY DIFFRACTION97
2.651-2.71270.20891780.21773786X-RAY DIFFRACTION96
2.7127-2.78050.29931910.22973713X-RAY DIFFRACTION96
2.7805-2.85560.31541960.22973832X-RAY DIFFRACTION97
2.8556-2.93960.23182140.22433717X-RAY DIFFRACTION96
2.9396-3.03450.25712240.21793767X-RAY DIFFRACTION97
3.0345-3.14290.25152190.21253703X-RAY DIFFRACTION97
3.1429-3.26860.25611780.19873758X-RAY DIFFRACTION96
3.2686-3.41730.231820.18963784X-RAY DIFFRACTION96
3.4173-3.59730.23012120.18793719X-RAY DIFFRACTION96
3.5973-3.82240.20882370.17913672X-RAY DIFFRACTION95
3.8224-4.11720.20112070.16593812X-RAY DIFFRACTION99
4.1172-4.53090.16682190.14793811X-RAY DIFFRACTION99
4.5309-5.18490.2022120.14963850X-RAY DIFFRACTION99
5.1849-6.52630.231870.19833844X-RAY DIFFRACTION99
6.5263-36.50990.15842040.16973841X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 72.3628 Å / Origin y: 70.824 Å / Origin z: 33.551 Å
111213212223313233
T0.2011 Å20.01 Å2-0.001 Å2-0.213 Å20.0044 Å2--0.197 Å2
L0.0705 °20.0651 °20.0473 °2-0.2806 °20.1286 °2--0.1255 °2
S-0.0083 Å °0.0137 Å °0.0018 Å °0.0861 Å °0.01 Å °0.0317 Å °0.0448 Å °0.0869 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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