PDB-4i8c: X-ray structure of NikA in complex with Ni-(L-His)2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i8c

タイトル

X-ray structure of NikA in complex with Ni-(L-His)2

要素

Nickel-binding periplasmic protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

nickel cation import across plasma membrane / metal cluster binding / nickel cation transport / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / negative chemotaxis / nickel cation binding / transition metal ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.503 Å

データ登録者

Lebrette, H. / Iannello, M. / Fontecilla-Camps, J.C. / Cavazza, C.

引用

ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2012
タイトル: The binding mode of Ni-((L)-His)(2) in NikA revealed by X-ray crystallography.
著者: Lebrette, H. / Iannello, M. / Fontecilla-Camps, J.C. / Cavazza, C.

履歴

登録	2012年12月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4i8c.cif.gz	312.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4i8c.ent.gz	253.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4i8c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/4i8c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/4i8c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3dp8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3mvw-1 5on9-1 6r4q-1 3qim-2 3mvx-1 3mvz-1 3mw0-1 3mzb-1 1zlq-2 4dcy-1 4dcx-2 5on1-1 3e3k-1 5on0-1 3mvw-2 7a0c-1 2xja-2 4ofl-1 4oet-1 1uiv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nickel-binding periplasmic protein

B: Nickel-binding periplasmic protein

C: Nickel-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

172 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nickel-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Nickel-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Nickel-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	158.630, 158.630, 135.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Nickel-binding periplasmic protein 分子量: 56360.734 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: nikA, b3476, JW3441 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33590

-
非ポリマー , 7種, 365分子

#2: 化合物	ChemComp-HIS / HISTIDINE / 3-アゾニアヒスチジンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀N₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: 1.5M Ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月28日 / 詳細: mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→48.5 Å / Num. obs: 66527 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.58 % / R_sym value: 0.053
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 2.58 % / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / R_sym value: 0.401 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MX	CUBE	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3DP8

3dp8

解像度: 2.503→48.5 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.06 / 位相誤差: 25.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2339	3324	4.99 %
R_work	0.1885	-	-
obs	0.1907	66526	98.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.503→48.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11859	0	192	329	12380

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	12390
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.091	16849
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.676	4581
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	1829
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2214

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.503-2.5314	0.3065	219	0.2584	4121	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5314-2.5612	0.2876	221	0.2553	4205	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5612-2.5925	0.3333	219	0.2571	4118	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5925-2.6253	0.3465	215	0.2604	4121	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6253-2.6598	0.2903	215	0.2449	4186	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6598-2.6962	0.2997	217	0.2496	4039	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6962-2.7348	0.299	221	0.2536	4177	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7348-2.7756	0.3517	221	0.2588	4173	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7756-2.8189	0.3117	217	0.2454	4109	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8189-2.8652	0.3216	218	0.2453	4137	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8652-2.9145	0.2716	216	0.2373	4129	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9145-2.9675	0.2971	218	0.2306	4147	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9675-3.0246	0.282	221	0.2451	4163	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0246-3.0863	0.3399	218	0.2344	4152	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0863-3.1534	0.3161	218	0.2221	4111	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1534-3.2268	0.2995	217	0.2323	4126	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2268-3.3075	0.2659	216	0.2283	4117	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3075-3.3969	0.3053	215	0.2149	4088	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3969-3.4968	0.2339	213	0.2054	4044	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4968-3.6096	0.2652	216	0.2078	4140	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6096-3.7386	0.2809	210	0.1943	4011	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7386-3.8882	0.2352	216	0.1848	4053	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8882-4.0651	0.2003	211	0.1712	4067	X-RAY DIFFRACTION	97
4.0651-4.2793	0.2099	213	0.1576	4079	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2793-4.5472	0.182	215	0.1455	4103	X-RAY DIFFRACTION	98
4.5472-4.898	0.1747	209	0.1468	4052	X-RAY DIFFRACTION	98
4.898-5.3903	0.1608	214	0.1419	4136	X-RAY DIFFRACTION	98
5.3903-6.169	0.2015	219	0.1492	4114	X-RAY DIFFRACTION	98
6.169-7.7671	0.1564	207	0.141	4057	X-RAY DIFFRACTION	98
7.7671-48.5095	0.1476	200	0.1441	3840	X-RAY DIFFRACTION	92

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

-
非ポリマー , 7種, 365分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

-非ポリマー , 7種, 365分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

-
非ポリマー , 7種, 365分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)