ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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XSCALE | | データスケーリング | | PHENIX | 1.7.1_743精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.11 | データ抽出 | | Blu-Ice | | データ収集 | | PHENIX | | 位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4E97 解像度: 1.52→48.359 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.9101 / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 16.36 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.1808 | 2247 | 4.01 % | RANDOM |
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Rwork | 0.161 | - | - | - |
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obs | 0.1618 | 56080 | 96.48 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.496 Å2 / ksol: 0.384 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 53.78 Å2 / Biso mean: 14.8848 Å2 / Biso min: 3.61 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.334 Å2 | 0 Å2 | -0.2795 Å2 |
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2- | - | 0.0994 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -0.4333 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.52→48.359 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2744 | 0 | 79 | 353 | 3176 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.013 | 2978 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.445 | 4023 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.086 | 439 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.007 | 521 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d12.778 | 1103 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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1.52-1.5531 | 0.2251 | 147 | 0.2 | 3415 | 3562 | 99 | 1.5531-1.5892 | 0.242 | 142 | 0.1938 | 3400 | 3542 | 98 | 1.5892-1.629 | 0.2011 | 146 | 0.1809 | 3439 | 3585 | 99 | 1.629-1.673 | 0.2098 | 145 | 0.1755 | 3424 | 3569 | 98 | 1.673-1.7222 | 0.2021 | 138 | 0.1659 | 3397 | 3535 | 98 | 1.7222-1.7778 | 0.2027 | 138 | 0.1636 | 3406 | 3544 | 98 | 1.7778-1.8414 | 0.1923 | 144 | 0.1561 | 3412 | 3556 | 98 | 1.8414-1.9151 | 0.1897 | 148 | 0.1571 | 3386 | 3534 | 98 | 1.9151-2.0023 | 0.1772 | 138 | 0.1526 | 3384 | 3522 | 97 | 2.0023-2.1078 | 0.1673 | 140 | 0.1531 | 3404 | 3544 | 97 | 2.1078-2.2399 | 0.1882 | 140 | 0.1467 | 3354 | 3494 | 97 | 2.2399-2.4128 | 0.1683 | 144 | 0.1503 | 3335 | 3479 | 96 | 2.4128-2.6556 | 0.2077 | 135 | 0.1598 | 3320 | 3455 | 95 | 2.6556-3.0398 | 0.1492 | 138 | 0.1705 | 3296 | 3434 | 94 | 3.0398-3.8296 | 0.1694 | 134 | 0.1542 | 3223 | 3357 | 92 | 3.8296-48.3837 | 0.1603 | 130 | 0.1595 | 3238 | 3368 | 91 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.582 | 0.1564 | 0.2386 | 0.4222 | -0.3306 | 0.5064 | 0.0065 | -0.1184 | 0.117 | 0.1052 | 0.0107 | 0.0796 | -0.101 | -0.0772 | 0.2519 | -0.0314 | 0.0231 | 0.0213 | -0.0234 | -0.0129 | -0.0417 | 6.5694 | 15.2514 | 10.0956 | 2 | 0.4982 | 0.2511 | 0.1662 | 0.6675 | 0.3064 | 0.5361 | 0.0028 | 0.0233 | -0.0347 | -0.0071 | 0.0281 | 0.0042 | 0.0562 | -0.0127 | -0.0164 | 0.0441 | -0.0037 | 0.0015 | 0.0495 | 0.0061 | 0.0482 | 30.466 | 21.8966 | -9.2163 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain A and resid -11:210 | A-11 - 164 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain B and resid -10:206 | B-10 - 164 | | |
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