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- PDB-4i77: Lebrikizumab Fab bound to IL-13 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i77
タイトルLebrikizumab Fab bound to IL-13
要素
  • Interleukin-13
  • Lebrikizumab heavy chain
  • Lebrikizumab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM/CYTOKINE / immunoglobulin / immune system recognition / IMMUNE SYSTEM-CYTOKINE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-13 receptor binding / negative regulation of lung ciliated cell differentiation / positive regulation of lung goblet cell differentiation / positive regulation of pancreatic stellate cell proliferation / interleukin-13-mediated signaling pathway / regulation of proton transport / negative regulation of complement-dependent cytotoxicity / Interleukin-18 signaling / negative regulation of transforming growth factor beta production / positive regulation of mast cell degranulation ...interleukin-13 receptor binding / negative regulation of lung ciliated cell differentiation / positive regulation of lung goblet cell differentiation / positive regulation of pancreatic stellate cell proliferation / interleukin-13-mediated signaling pathway / regulation of proton transport / negative regulation of complement-dependent cytotoxicity / Interleukin-18 signaling / negative regulation of transforming growth factor beta production / positive regulation of mast cell degranulation / macrophage activation / response to selenium ion / positive regulation of macrophage activation / response to nematode / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / cytokine activity / positive regulation of protein secretion / response to nicotine / microglial cell activation / cellular response to mechanical stimulus / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of cold-induced thermogenesis / response to ethanol / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / response to lipopolysaccharide / immune response / inflammatory response / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interleukin-13 / Interleukin-13 / Interleukin-4/interleukin-13 / Interleukin-4/interleukin-13, conserved site / Interleukins -4 and -13 signature. / Interleukins 4 and 13 / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulins ...Interleukin-13 / Interleukin-13 / Interleukin-4/interleukin-13 / Interleukin-4/interleukin-13, conserved site / Interleukins -4 and -13 signature. / Interleukins 4 and 13 / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Eigenbrot, C. / Ultsch, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural Basis of Signaling Blockade by Anti-IL-13 Antibody Lebrikizumab.
著者: Ultsch, M. / Bevers, J. / Nakamura, G. / Vandlen, R. / Kelley, R.F. / Wu, L.C. / Eigenbrot, C.
履歴
登録2012年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月13日Group: Database references
改定 1.22013年4月17日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Lebrikizumab heavy chain
L: Lebrikizumab light chain
Z: Interleukin-13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6503
ポリマ－59,6503
非ポリマー00
水6,810378
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5640 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area23700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.722, 64.772, 117.101
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.09, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 Lebrikizumab heavy chain


分子量: 23434.465 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Lebrikizumab light chain


分子量: 23856.365 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質 Interleukin-13 / IL-13


分子量: 12359.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL13, NC30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35225
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 15% w/v PEG1000, 0.05 M sodium malonate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月1日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→29.12 Å / Num. all: 46433 / Num. obs: 46431 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 31.39 Å2 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル最高解像度: 1.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.517 / % possible all: 92.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.11.2精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FVC

1fvc


解像度: 1.9→29.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9575 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9335 / SU R Cruickshank DPI: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.139 / SU Rfree Blow DPI: 0.131 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.13 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2189 944 2.03 %RANDOM
Rwork0.1791 ---
obs0.1798 46431 97.58 %-
all-46433 --
原子変位パラメータBiso mean: 49.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.0878 Å20 Å24.5221 Å2
2---1.4082 Å20 Å2
3---6.4961 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.286 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4068 0 0 378 4446
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014180HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.175687HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1423SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes94HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes608HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4180HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.81
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.61
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion565SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5126SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2014 61 2.12 %
Rwork0.2232 2817 -
all0.2227 2878 -
obs--97.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1929-0.0851-0.86240.71950.7673.8050.0525-0.21440.10190.25750.2406-0.22030.26530.5046-0.2931-0.02250.1421-0.05080.005-0.1027-0.081218.484919.9181-28.1736
22.62850.46710.51512.65910.38061.6342-0.0234-0.00840.11540.0812-0.03080.2879-0.0018-0.04480.0542-0.06120.03640.0303-0.0774-0.0203-0.0082-4.557427.4737-48.5464
32.2678-0.37140.35990.72230.12473.19770.1465-0.2169-0.10060.3222-0.00460.09970.6643-0.4176-0.14190.2736-0.0833-0.0275-0.10920.0247-0.20980.99313.8838-16.0603
41.59380.74940.41681.60041.29012.87550.0655-0.080.01820.0868-0.09830.14930.079-0.27530.0328-0.08070.01410.0123-0.0688-0.0054-0.0497-13.367415.2233-51.2911
54.2339-0.91932.20212.3224-1.71458.16410.0687-0.3416-0.13130.09760.1852-0.3570.00310.4512-0.254-0.08520.1881-0.08130.2993-0.1039-0.369126.60421.62641.3207
6-0.96472.09011.36260.26610.75762.1476-0.0106-0.0439-0.00350.00780.026-0.01260.0324-0.0061-0.01540.2913-0.10850.00780.2621-0.1722-0.301217.69229.492611.5563
70.0818-1.0266-1.32921.27330.0268.23370.0133-0.3277-0.0610.60730.3431-0.14150.49540.4719-0.35640.01450.1881-0.06510.1356-0.1039-0.349416.061922.3143-0.2564
8-0.07390.2914-0.044500.87171.197-0.0018-0.06140.04850.0629-0.0094-0.037-0.02910.04050.01130.18310.0215-0.00960.115-0.152-0.064812.053834.66523.2766
9-1.4632-2.37932.16210.56631.76892.59420.0793-0.127-0.3264-0.05050.0037-0.0928-0.00570.0559-0.083-0.08680.0466-0.0230.2683-0.1447-0.332426.357625.90318.3891
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{H|1 - 119}H1 - 119
2X-RAY DIFFRACTION2{H|120 - 214}H120 - 214
3X-RAY DIFFRACTION3{L|1 - 107}L1 - 107
4X-RAY DIFFRACTION4{L|108 - 214}L108 - 214
5X-RAY DIFFRACTION5{Z|8 - 35}Z8 - 35
6X-RAY DIFFRACTION6{Z|36 - 43}Z36 - 43
7X-RAY DIFFRACTION7{Z|44 - 75}Z44 - 75
8X-RAY DIFFRACTION8{Z|76 - 88}Z76 - 88
9X-RAY DIFFRACTION9{Z|89 - 108}Z89 - 108

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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