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- PDB-4i6s: Structure of RSL mutant W76A in complex with L-fucose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i6s
タイトルStructure of RSL mutant W76A in complex with L-fucose
要素Putative fucose-binding lectin protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / lectin / beta-propeller / L-fucose / multivalency / Trivalent Fucose binding lectin / Fucosylated oligosaccharides binding / Soluble
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lipocalin - #190 / Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-L-fucopyranose / beta-L-fucopyranose / Putative fucose-binding lectin protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia solanacearum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Audfray, A. / Arnaud, J. / Varrot, A. / Imberty, A.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Reduction of lectin valency drastically changes glycolipid dynamics in membranes but not surface avidity
著者: Arnaud, J. / Claudinon, J. / Trondle, K. / Trovaslet, M. / Larson, G. / Thomas, A. / Varrot, A. / Romer, W. / Imberty, A. / Audfray, A.
履歴
登録2012年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月25日Group: Database references
改定 1.22013年10月9日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative fucose-binding lectin protein
B: Putative fucose-binding lectin protein
C: Putative fucose-binding lectin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,17715
ポリマ－29,2493
非ポリマー1,92812
水5,134285
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area12910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.765, 103.765, 100.834
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-105-

PG4

21B-241-

HOH

31B-273-

HOH

41B-281-

HOH

51C-250-

HOH

61C-284-

HOH

71C-285-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.277246, -0.222116, -0.934772), (0.949111, 0.087979, -0.302404), (0.149409, -0.971043, 0.186421)-31.60168, 30.54858, 10.18765

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Putative fucose-binding lectin protein


分子量: 9749.626 Da / 分子数: 3 / 変異: W76A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia solanacearum (バクテリア)
株: ATCC 11696 / 遺伝子: CMR15_11270, rsc2107 / プラスミド: pET25 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner / 参照: UniProt: D8NA05

-
糖 , 2種, 9分子

#2: 糖
ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖
ChemComp-FUL / beta-L-fucopyranose / beta-L-fucose / 6-deoxy-beta-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / 6-DEOXY-BETA-L-GALACTOSE / β-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 288分子

#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細HETEROGEN FUC(102 CHAIN A) AND FUL(103 CHAIN A) ARE IN ALTERNATE CONFORMATIONS OF EACH OTHER. ...HETEROGEN FUC(102 CHAIN A) AND FUL(103 CHAIN A) ARE IN ALTERNATE CONFORMATIONS OF EACH OTHER. FUC(102 CHAIN B) AND FUL(103 CHAIN B) ARE IN ALTERNATE CONFORMATIONS OF EACH OTHER. FUC(101 CHAIN C) AND FUL(102 CHAIN C) ARE IN ALTERNATE CONFORMATIONS OF EACH OTHER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.98 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris/Bicine, 0.12M Monosaccharides, 30% P550MME/P20K, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9817 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月4日
詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS PLUS CHANNEL CUT CRYOGENICALLY COOLED MONOCHROMATOR CRYSTAL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9817 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→51.88 Å / Num. obs: 41015 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value% possible all
1.54-1.627.70.3475.158650.34799.1
4.86-51.888.80.02954.914360.02999.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BT9

2bt9


解像度: 1.54→51.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 2.104 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17173 2061 5 %RANDOM
Rwork0.1481 ---
obs0.14925 38902 99.54 %-
all-41169 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.716 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20 Å20 Å2
2--0.29 Å2-0 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→51.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2007 0 120 285 2412
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.022209
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021918
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7331.9333034
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79934395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1245269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.21723.49483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.2215279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg5.951159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022438
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02521
LS精密化 シェル解像度: 1.54→1.576 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 140 -
Rwork0.193 2793 -
obs--97.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7889-0.33420.49020.62270.2190.6501-0.1762-0.26560.34310.04230.1471-0.1126-0.06090.0480.02920.04990.0365-0.02170.079-0.07470.1076-24.06552.278916.4799
21.3895-0.030.55670.70880.57991.13990.00330.06850.0177-0.0352-0.00330.0236-0.00110.0263-0.00010.03240.01060.01320.0403-0.00930.0215-27.9047-9.95662.5206
32.2326-0.66720.16360.2021-0.05180.0222-0.0695-0.06030.08010.03280.036-0.0188-0.0253-0.02810.03350.05480.0492-0.01330.0581-0.03540.0951-43.64710.04427.5904
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 89
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 89
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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