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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4i65 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Staphylococcal nuclease mutant V23I/L25V/I72V/I92V | ||||||
![]() | Thermonuclease | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 3'-phosphomonoesters / micrococcal nuclease / nucleic acid binding / extracellular region / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Weir, D.M. / Janowska, K. / Sakon, J. / Stites, W.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Hydrophobic core mutants of Staphylococcal nuclease 著者: Weir, D.M. / Janowska, K. / Sakon, J. / Stites, W.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 41.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 29.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 422.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 425.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2f0dC ![]() 2f0eC ![]() 2f0fC ![]() 2f0gC ![]() 2f0hC ![]() 2f0iC ![]() 2f0jC ![]() 2f0kC ![]() 2f0lC ![]() 2f0mC ![]() 2f0nC ![]() 2f0oC ![]() 2f0pC ![]() 2f0qC ![]() 2f0sC ![]() 2f0tC ![]() 2f0uC ![]() 2f0vC ![]() 2f0wC ![]() 4h7bC ![]() 4k8iC ![]() 4k8jC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15509.003 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 83-223 / 変異: V23I, L25V, I72V, I92V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: nuc / プラスミド: pL13 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.88 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 25mM Sodium Phosphate buffer, 35-60% MPD, Vapor Diffusion, Hanging Drop, Temperature 277K, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→15.08 Å / Num. all: 30601 / Num. obs: 14804 / % possible obs: 78.3 % / Observed criterion σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / % possible all: 12.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.319 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.61→14.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.61→1.651 Å / Total num. of bins used: 20
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