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- PDB-4i4k: Streptomyces globisporus C-1027 9-membered enediyne conserved pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i4k
タイトルStreptomyces globisporus C-1027 9-membered enediyne conserved protein SgcE6
要素uncharacterized protein SgcJ
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro / alpha-beta sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


Domain of unknown function DUF4440 / Domain of unknown function (DUF4440) / Steroid delta5-4-isomerase / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / PHOSPHATE ION / DUF4440 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces globisporus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kim, Y. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Babnigg, J. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R. / Lohman, J.R. / Ma, M. / Shen, B. / Phillips Jr., G.N. ...Kim, Y. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Babnigg, J. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R. / Lohman, J.R. / Ma, M. / Shen, B. / Phillips Jr., G.N. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)
引用ジャーナル: J Antibiot (Tokyo) / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of SgcJ, an NTF2-like superfamily protein involved in biosynthesis of the nine-membered enediyne antitumor antibiotic C-1027.
著者: Huang, T. / Chang, C.Y. / Lohman, J.R. / Rudolf, J.D. / Kim, Y. / Chang, C. / Yang, D. / Ma, M. / Yan, X. / Crnovcic, I. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R.M. / ...著者: Huang, T. / Chang, C.Y. / Lohman, J.R. / Rudolf, J.D. / Kim, Y. / Chang, C. / Yang, D. / Ma, M. / Yan, X. / Crnovcic, I. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R.M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Phillips, G.N. / Shen, B.
履歴
登録2012年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月31日Group: Other
改定 1.22016年11月16日Group: Database references
改定 1.32016年12月7日Group: Structure summary
改定 1.42024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein SgcJ
B: uncharacterized protein SgcJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0408
ポリマ－30,0362
非ポリマー1,0046
水3,783210
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.715, 86.901, 55.265
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.58, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

CIT

21A-204-

PO4

31B-201-

CIT

41A-380-

HOH

51A-416-

HOH

61B-320-

HOH

71B-375-

HOH

詳細dimer is in the asymmetric unit

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 uncharacterized protein SgcJ


分子量: 15018.234 Da / 分子数: 2 / 断片: SgcJ / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces globisporus (バクテリア)
株: C-1027 / プラスミド: pMCSG57 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 gold / 参照: UniProt: Q8GMG4

-
非ポリマー , 6種, 216分子

#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.33 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.1 M disodium hydrogen phosphate citric acid pH 4.2, 40 %(w/v) PEG300, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 31922 / Num. obs: 31922 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 1594 / Rsym value: 0.498 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXS位相決定
MLPHARE位相決定
ARP/wARPモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1161)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→27.683 Å / SU ML: 0.16 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 19.79 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.195 1564 5.07 %random
Rwork0.168 ---
all0.169 30859 --
obs0.169 30859 95.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→27.683 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1976 0 66 210 2252
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012194
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3252986
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.058801
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1314
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006405
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.7001-1.7550.25891100.21131936204671
1.755-1.81770.26141150.1922523263891
1.8177-1.89050.19861410.18092742288398
1.8905-1.97650.1951610.16932692285399
1.9765-2.08070.18051390.16062760289999
2.0807-2.2110.18271510.15852744289599
2.211-2.38160.19141350.163227762911100
2.3816-2.62110.23341420.173427622904100
2.6211-30.21871600.180227742934100
3-3.77810.20041630.167627812944100
3.7781-27.68620.1561470.1542805295299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5283-1.0954-0.00520.20160.11340.1056-0.2977-0.0574-0.5954-0.04370.34110.27320.0331-0.48410.02970.1460.0018-0.0380.39770.07940.21775.962472.67028.6683
21.6544-0.5394-0.00491.4201-0.24781.9469-0.05440.0465-0.2024-0.14450.0356-0.00960.1615-0.13690.01390.0962-0.01490.00210.0856-0.01530.113722.939872.285.4542
32.2932-0.63430.8242.5481-1.51213.41670.07120.2936-0.22730.0351-0.0558-0.03280.13830.1803-0.03350.06030.02560.02060.1277-0.02060.119621.440175.412812.8327
43.5717-0.2344-0.45472.8322-0.91872.76340.09050.0376-0.397-0.02540.05770.1312-0.0312-0.1363-0.12740.05240.02920.00820.10140.01250.09318.848677.96838.5877
57.05282.86243.75493.10632.88123.9210.00920.9632-0.2452-0.8840.14130.2704-0.38260.3865-0.16030.53560.1219-0.08920.2422-0.03680.228218.123698.4552-1.822
65.34931.98311.07578.1886-0.20173.8292-0.06950.1190.622-0.2775-0.28580.5824-0.8748-0.42710.18640.33340.1255-0.00360.2062-0.02210.169615.6992101.481310.0243
74.563-2.68420.20414.38420.65614.1917-0.1132-0.19070.21760.1259-0.04910.0701-0.1438-0.42250.15480.12090.0094-0.00260.1267-0.02660.090319.213390.115315.1317
86.53191.8986-1.4174.29030.88523.76750.1026-0.43660.25460.1276-0.12680.1183-0.4772-0.14980.0430.31920.06650.01940.1254-0.0110.115521.6572100.817216.2384
96.28184.13112.59596.29914.15185.57560.03740.39340.2028-0.08660.1976-0.0107-0.4110.0314-0.19150.18430.01340.03280.08420.03140.086226.155893.3348-1.6367
106.14972.42271.70673.55941.30463.60520.19970.0695-0.0749-0.02470.0645-0.0255-0.245-0.4012-0.14160.14910.01660.00910.1192-00.06620.566990.0943-0.6359
117.38340.25410.57611.8848-0.46030.17060.4078-1.07830.16560.6401-0.18670.0574-0.39930.3454-0.18350.3094-0.08590.06580.1961-0.05340.250939.177298.87836.2632
128.6503-0.54481.26924.0547-0.47822.8413-0.2219-0.451-0.0851-0.15810.10750.2562-0.3591-0.43190.10380.15440.0363-0.00810.1201-0.01580.042121.126390.72923.7611
131.73740.51270.63573.474-0.10693.9305-0.03110.29480.3948-0.356-0.10510.0992-0.8497-0.34720.0370.2240.1186-0.01590.1636-0.0040.12820.463491.134.3456
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 30 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 31 through 101 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 102 through 123 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 124 through 140 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 10 through 30 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 31 through 45 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 46 through 56 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 57 through 75 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 76 through 86 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 87 through 101 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 102 through 109 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 110 through 123 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 124 through 140 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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