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Yorodumi- PDB-4i4k: Streptomyces globisporus C-1027 9-membered enediyne conserved pro... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4i4k | ||||||
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Title | Streptomyces globisporus C-1027 9-membered enediyne conserved protein SgcE6 | ||||||
Components | uncharacterized protein SgcJ | ||||||
Keywords | Structural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro / alpha-beta sandwich | ||||||
Function / homology | Function and homology information Domain of unknown function DUF4440 / Domain of unknown function (DUF4440) / Steroid delta5-4-isomerase / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Streptomyces globisporus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Babnigg, J. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R. / Lohman, J.R. / Ma, M. / Shen, B. / Phillips Jr., G.N. ...Kim, Y. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Babnigg, J. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R. / Lohman, J.R. / Ma, M. / Shen, B. / Phillips Jr., G.N. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro) | ||||||
Citation | Journal: J Antibiot (Tokyo) / Year: 2016 Title: Crystal structure of SgcJ, an NTF2-like superfamily protein involved in biosynthesis of the nine-membered enediyne antitumor antibiotic C-1027. Authors: Huang, T. / Chang, C.Y. / Lohman, J.R. / Rudolf, J.D. / Kim, Y. / Chang, C. / Yang, D. / Ma, M. / Yan, X. / Crnovcic, I. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R.M. / ...Authors: Huang, T. / Chang, C.Y. / Lohman, J.R. / Rudolf, J.D. / Kim, Y. / Chang, C. / Yang, D. / Ma, M. / Yan, X. / Crnovcic, I. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R.M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Phillips, G.N. / Shen, B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4i4k.cif.gz | 119.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4i4k.ent.gz | 100.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4i4k.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4i4k_validation.pdf.gz | 489.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4i4k_full_validation.pdf.gz | 493.9 KB | Display | |
Data in XML | 4i4k_validation.xml.gz | 15.4 KB | Display | |
Data in CIF | 4i4k_validation.cif.gz | 21.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/4i4k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/4i4k | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | dimer is in the asymmetric unit |
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 15018.234 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: SgcJ Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces globisporus (bacteria) / Strain: C-1027 / Plasmid: pMCSG57 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 gold / References: UniProt: Q8GMG4 |
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-Non-polymers , 6 types, 216 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PG4 / | #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Chemical | ChemComp-PO4 / | #6: Chemical | ChemComp-1PE / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.33 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.2 Details: 0.1 M disodium hydrogen phosphate citric acid pH 4.2, 40 %(w/v) PEG300, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97921 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 15, 2012 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97921 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. all: 31922 / Num. obs: 31922 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 11.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.73 Å / Redundancy: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 1594 / Rsym value: 0.498 / % possible all: 98.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.7→27.683 Å / SU ML: 0.16 / Isotropic thermal model: mixed / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / Phase error: 19.79 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→27.683 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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