PDB-4i4j: The structure of SgcE10, the ACP-polyene thioesterase involved in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i4j

タイトル

The structure of SgcE10, the ACP-polyene thioesterase involved in C-1027 biosynthesis

要素

ACP-polyene thioesterase

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro / alpha-beta fold / hot-dog fold / esterase

機能・相同性

Thioesterase-like superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta / D(-)-TARTARIC ACID / Acyl-CoA thioesterase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces globisporus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.784 Å

データ登録者

Kim, Y. / Bigelow, L. / Bearden, J. / Babnigg, J. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R. / Lohman, J. / Ma, M. / Shen, B. / Phillips Jr., G.N. ...

引用

ジャーナル: Acs Omega / 年: 2017
タイトル: Crystal Structure of Thioesterase SgcE10 Supporting Common Polyene Intermediates in 9- and 10-Membered Enediyne Core Biosynthesis.
著者: Annaval, T. / Rudolf, J.D. / Chang, C.Y. / Lohman, J.R. / Kim, Y. / Bigelow, L. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Phillips Jr., G.N. / Shen, B.

履歴

登録	2012年11月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年12月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年12月19日	Group: Structure summary
改定 1.2	2022年5月4日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4i4j.cif.gz	453.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4i4j.ent.gz	393.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4i4j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/4i4j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/4i4j	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	5vpj-3 2o6t-1 4ikv-d 6qpo-1 3ver-d 2o6t-2 2av9-2 7kdn-5 1zj8-1 3n9y-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC109090

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ACP-polyene thioesterase

B: ACP-polyene thioesterase

C: ACP-polyene thioesterase

D: ACP-polyene thioesterase

E: ACP-polyene thioesterase

F: ACP-polyene thioesterase

G: ACP-polyene thioesterase

H: ACP-polyene thioesterase

ヘテロ分子

146 kDa, 8 ポリマー
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1

A: ACP-polyene thioesterase

B: ACP-polyene thioesterase

C: ACP-polyene thioesterase

D: ACP-polyene thioesterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.1 kDa, 4 ポリマー
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2

E: ACP-polyene thioesterase

F: ACP-polyene thioesterase

G: ACP-polyene thioesterase

H: ACP-polyene thioesterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
72.8 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	57.416, 184.526, 59.401
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.60, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Two tetramers in the asymmetric unit: A, B, C and D; E, F, G, and H

#1: タンパク質	ACP-polyene thioesterase 分子量: 18145.018 Da / 分子数: 8 / 断片: SgcE10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces globisporus (バクテリア) プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 gold / 参照: UniProt: Q8GME8
#2: 化合物	ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.99 %
結晶化	温度: 289 K / pH: 6.6 詳細: 0.2 M ammonium tartrate dibasic pH 6.6, 20 %(v/v) PEG3350, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月23日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.784→50 Å / Num. all: 30094 / Num. obs: 30094 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 69.07 Å² / R_sym value: 0.12 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 1549 / R_sym value: 0.929 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1161)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.784→39.16 Å / SU ML: 0.42 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.53 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27	1972	6.71 %	random
R_work	0.211	-	-	-
all	0.215	29376	-	-
obs	0.215	29376	95.54 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.784→39.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9082	0	46	95	9223

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	9337
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.604	12628
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.957	3498
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	1399
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1648

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.7842-2.8538	0.3934	100	0.3092	1434	1534	69
2.8538-2.931	0.369	135	0.3102	1897	2032	93
2.931-3.0172	0.3487	146	0.2846	1962	2108	95
3.0172-3.1145	0.3318	144	0.279	1940	2084	96
3.1145-3.2258	0.3385	133	0.2705	1972	2105	97
3.2258-3.3549	0.3154	153	0.2559	2006	2159	98
3.3549-3.5075	0.3228	142	0.2255	2020	2162	98
3.5075-3.6923	0.2787	140	0.2118	2016	2156	99
3.6923-3.9234	0.2717	151	0.2249	2045	2196	99
3.9234-4.226	0.2317	147	0.1912	2011	2158	99
4.226-4.6507	0.2324	142	0.1639	1972	2114	97
4.6507-5.3222	0.2236	145	0.1758	2033	2178	99
5.3222-6.7	0.285	146	0.2263	2046	2192	99
6.7-39.1641	0.2432	148	0.1882	2050	2198	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0953	0.1065	-0.0142	0.1809	0.0633	0.1069	0.0781	-0.0883	-0.1411	0.019	-0.0303	-0.047	0.0251	0.0331	0.2684	0.1819	-0.0592	-0.1137	0.1412	0.099	0.1839	21.1914	25.5415	43.8684
2	0.0246	0.0245	0.0058	0.1021	-0.0536	0.0763	-0.0178	-0.0492	-0.0425	-0.0428	-0.067	-0.0932	0.0556	0.0727	-0.1126	0.095	-0.0397	0.063	0.2462	0.1277	0.1154	23.1802	16.4873	39.1129
3	0.0145	-0.0359	-0.0228	0.0917	0.06	0.0389	-0.0343	0.0221	-0.0876	-0.1162	-0.0783	-0.0224	0.1051	-0.0086	-0.0421	0.5567	0.0877	0.312	0.3644	0.0286	0.5826	30.5432	3.5894	31.3884
4	0.0225	0.0143	-0.0012	0.0668	-0.0537	0.0481	-0.0377	-0.0147	-0.0175	0.0008	-0.0133	-0.0088	-0.0436	0.045	-0.2122	0.3581	-0.0056	0.0693	0.1109	0.0477	0.035	15.5021	7.9079	41.3109
5	0.0019	0.0042	0.0046	0.006	0.0067	0.008	-0.0041	-0.0376	0.0116	0.0201	0.0388	0.0288	-0.0221	-0.0277	0.0074	0.3381	-0.1406	0.0369	0.2495	0.093	0.2079	17.5888	29.2165	48.9478
6	0.0627	-0.006	0.0672	0.0463	-0.0163	0.0783	0.0238	-0.1056	-0.1	0.0202	-0.0142	-0.0159	0.0689	-0.0638	-0.0793	0.1348	-0.0494	-0.1825	0.2562	0.173	0.0809	23.5542	10.8442	48.2275
7	0.0066	-0.0048	0.0033	0.0586	-0.0063	0.0019	0.024	-0.0358	0.0243	-0.0026	0.0185	0.005	-0.01	-0.0032	0.0002	0.9107	-0.1242	-0.1963	0.7314	0.056	0.5503	28.56	31.8705	56.7628
8	0.028	-0.0164	-0.0051	0.1136	-0.0097	0.0961	-0.0198	-0.0383	-0.0118	0.0251	-0.0432	-0.0628	0.0055	0.098	-0.2891	0.1059	0.0057	-0.0425	0.3891	0.1804	0.0833	19.7215	8.9426	45.515
9	0.1276	-0.1539	-0.1408	0.2331	0.2242	0.2179	-0.0461	0.0614	-0.0344	-0.248	-0.0908	-0.0206	0.0236	-0.0444	-0.0477	0.3993	-0.044	-0.0136	0.2342	0.0914	0.2218	20.4513	-5.5259	31.9408
10	0.1732	-0.0073	0.1617	0.0115	0.0217	0.2225	-0.0225	-0.0605	0.0144	0.0314	-0.0679	-0.0127	-0.0111	0.023	-0.0833	0.1935	-0.0986	-0.0613	0.5608	0.2872	0.5127	32.842	2.7813	45.3321
11	0.019	0.0359	-0.046	0.3469	0.0973	0.253	0.0127	-0.0885	-0.0492	-0.0496	0.0347	-0.0534	0.0012	0.1299	0.12	0.0541	-0.0071	-0.0119	0.1902	0.0506	0.067	6.0054	12.3205	28.2873
12	0.2055	0.1567	0.0831	0.2613	0.1514	0.0886	-0.065	-0.0362	-0.0186	-0.1582	-0.0269	-0.0109	-0.0443	-0.0932	-0.1371	0.1131	0.0037	0.017	0.2013	0.0414	0.0719	2.4898	19.4567	35.441
13	0.0421	0.0348	0.0346	0.054	-0.0312	0.2312	-0.0153	-0.0627	0.021	-0.0613	0.0388	0.0579	-0.19	-0.1664	-0.4044	0.1845	0.0321	0.0761	0.1522	0.1483	-0.0145	3.4636	19.9491	40.3715
14	0.2769	0.1737	-0.0949	0.2468	-0.1997	0.1759	0.0577	-0.1301	-0.0078	0.055	-0.008	0.0313	-0.0559	-0.0335	0.2093	0.1052	-0.1296	0.0516	0.2718	0.1269	0.0573	-2.4293	12.8558	41.418
15	0.0344	-0.0542	0.0423	0.1294	-0.0011	0.3792	-0.0732	-0.0063	0.0139	0.0484	-0.011	0.0075	0.0362	-0.0577	-0.3435	0.3411	-0.1403	-0.0351	0.1784	0.0597	0.097	0.419	12.7785	40.4421
16	0.141	-0.0605	0.0066	0.1744	0.0461	0.018	0.0432	0.1271	-0.0567	-0.1165	0.0512	0.0403	0.142	-0.1356	0.046	0.2985	-0.0856	-0.0687	0.4718	0.0653	0.1556	-5.7842	25.7594	49.8986
17	0.0783	0.0689	-0.0424	0.1428	0.0653	0.1586	-0.0725	0.0145	0.0632	0.0444	0.0281	0.0595	-0.0329	-0.0238	-0.2787	0.0859	0.0833	-0.063	0.22	0.0508	0.0952	4.8461	31.8521	27.8649
18	0.0854	-0.0418	-0.0074	0.0273	-0.0138	0.0555	0.0123	-0.0211	-0.0931	-0.0627	-0.0219	0.0699	0.0767	-0.0062	-0.2671	0.0418	0.0292	-0.0831	0.0318	0.0501	0.0551	8.0365	24.7849	20.3412
19	0.0935	0.0593	0.0703	0.0526	0.082	0.1469	0.0312	0.0309	-0.0515	0.0158	0.0621	-0.0523	0.0734	0.0836	0.0415	0.3969	-0.0145	0.0347	0.1081	-0.0368	0.1096	11.8199	10.8308	9.9273
20	0.2691	0.0284	0.02	0.0613	-0.1039	0.1928	-0.152	-0.0541	-0.0569	0.0036	0.0295	-0.0113	0.0711	-0.0398	-0.4122	0.315	0.1047	0.068	0.1264	0.0067	0.0417	17.6652	28.9178	14.7594
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22	0.0482	-0.0011	-0.0205	0.0477	-0.0019	0.1235	-0.0336	0.0274	0.0359	-0.0371	-0.0215	0.0371	-0.0576	0.0013	-0.3711	0.0858	0.0622	-0.0387	-0.0078	-0.0027	0.0237	7.1494	31.2837	12.433
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5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 70 through 77 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 78 through 102 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 103 through 107 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 108 through 122 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 123 through 134 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 135 through 145 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 6 through 27 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 28 through 46 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 47 through 77 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 78 through 102 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 103 through 123 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 124 through 145 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 6 through 27 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 28 through 46 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 47 through 58 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 59 through 69 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 70 through 77 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 78 through 102 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 103 through 121 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 122 through 134 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 135 through 145 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 6 through 27 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 28 through 46 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 47 through 69 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 70 through 77 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 78 through 88 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 89 through 102 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 103 through 121 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 122 through 145 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 6 through 45 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 46 through 56 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 57 through 69 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 70 through 77 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 78 through 88 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 89 through 101 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'E' and (resid 102 through 109 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'E' and (resid 110 through 121 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'E' and (resid 122 through 145 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'F' and (resid 6 through 77 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'F' and (resid 78 through 102 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'F' and (resid 103 through 122 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'F' and (resid 123 through 147 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'G' and (resid 5 through 14 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'G' and (resid 15 through 27 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'G' and (resid 28 through 45 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'G' and (resid 46 through 57 )
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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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