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- PDB-4i3m: Aer2 poly-HAMP domains: L44H HAMP1 CW-lock mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i3m
タイトルAer2 poly-HAMP domains: L44H HAMP1 CW-lock mutant
要素Aerotaxis transducer Aer2
キーワードSIGNALING PROTEIN / HAMP domain / poly-HAMP domain / signal transduction / signal relay
機能・相同性
機能・相同性情報


positive aerotaxis / aerotaxis / chemotaxis / transmembrane signaling receptor activity / signal transduction / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1530 / HAMP N-terminal domain 3 / : / : / HAMP N-terminal domain 3 / Methyl-accepting chemotaxis protein McpB, second HAMP domain / Methyl-accepting chemotaxis protein McpB, first HAMP domain / HAMP domain / PAS domain / : ...Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1530 / HAMP N-terminal domain 3 / : / : / HAMP N-terminal domain 3 / Methyl-accepting chemotaxis protein McpB, second HAMP domain / Methyl-accepting chemotaxis protein McpB, first HAMP domain / HAMP domain / PAS domain / : / Chemotaxis methyl-accepting receptor / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain profile. / HAMP domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / PAS domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Methyl-accepting chemotaxis protein McpB
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Airola, M.V. / Sukomon, N. / Crane, B.R.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2013
タイトル: HAMP Domain Conformers That Propagate Opposite Signals in Bacterial Chemoreceptors.
著者: Airola, M.V. / Sukomon, N. / Samanta, D. / Borbat, P.P. / Freed, J.H. / Watts, K.J. / Crane, B.R.
履歴
登録2012年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月27日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aerotaxis transducer Aer2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2836
ポリマ－19,0081
非ポリマー2755
水2,990166
1
A: Aerotaxis transducer Aer2
ヘテロ分子

A: Aerotaxis transducer Aer2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,56612
ポリマ－38,0172
非ポリマー55010
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_654-x+y+1,y,-z-1/31
Buried area7040 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area16040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.058, 61.058, 81.406
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-377-

HOH

21A-413-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Aerotaxis transducer Aer2


分子量: 19008.363 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-172 / 変異: L44H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: aer2, PA0176 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I6V6

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非ポリマー , 5種, 171分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.5-1.7M magnesium sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9772 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9772 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→50 Å / Num. obs: 12597 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.123 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.96-1.9910.50.336141.0961100
1.99-2.0310.40.2866291.1541100
2.03-2.0710.60.256131.161100
2.07-2.1110.60.2046301.2281100
2.11-2.1610.60.1876211.1421100
2.16-2.2110.60.1666311.1371100
2.21-2.2610.70.1516211.1721100
2.26-2.3210.80.1386181.1391100
2.32-2.3910.80.1276311.1641100
2.39-2.4710.80.1186361.1071100
2.47-2.5610.80.1066291.0971100
2.56-2.66110.0996341.0551100
2.66-2.7810.90.0866291.11100
2.78-2.93110.0776241.1441100
2.93-3.11110.0716391.1571100
3.11-3.35110.0636281.0571100
3.35-3.6910.90.0586341.021100
3.69-4.2210.70.0526461.2041100
4.22-5.3210.60.0536501.078199.8
5.32-509.90.0936401.048193.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2592 1293 10 %RANDOM
Rwork0.2077 ---
obs-12559 97.4 %-
溶媒の処理Bsol: 80.3635 Å2
原子変位パラメータBiso max: 84.57 Å2 / Biso mean: 36.9771 Å2 / Biso min: 21.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.697 Å20 Å20 Å2
2---3.697 Å20 Å2
3---7.394 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1148 0 13 166 1327
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.982
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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