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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4i2b | ||||||
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タイトル | Ternary complex of mouse TdT with ssDNA and AMPcPP | ||||||
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![]() | TRANSFERASE/DNA / Terminal transferase / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA nucleotidylexotransferase / DNA nucleotidylexotransferase activity / DNA modification / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA metabolic process / response to ATP / euchromatin / nuclear matrix / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA-directed DNA polymerase activity ...DNA nucleotidylexotransferase / DNA nucleotidylexotransferase activity / DNA modification / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA metabolic process / response to ATP / euchromatin / nuclear matrix / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA-directed DNA polymerase activity / hydrolase activity / chromatin / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gouge, J. / Delarue, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of Intermediates along the Catalytic Cycle of Terminal Deoxynucleotidyltransferase: Dynamical Aspects of the Two-Metal Ion Mechanism. 著者: Gouge, J. / Rosario, S. / Romain, F. / Beguin, P. / Delarue, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 171.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 131.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 740.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 740.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4i27C ![]() 4i28C ![]() 4i29C ![]() 4i2aC ![]() 4i2cC ![]() 4i2dC ![]() 4i2eC ![]() 4i2fC ![]() 4i2gC ![]() 4i2hC ![]() 4i2iC ![]() 4i2jC ![]() 1jmsS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 2分子 AC
#1: タンパク質 | 分子量: 45704.008 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 1521.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-非ポリマー , 4種, 330分子 ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/APC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/APC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-NA / | ||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-APC / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
配列の詳細 | PROTEIN FRAGMENT IS THE CATALYTIC CORE OF THE TDT-S (TDT-SMALL) ISOFORM (UNP RESIDUES 132-482, 503-530). |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.73 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 20-26% PEG4000, 100 mM HEPES, 200 mM ammonium acetate, pH 6.0-7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K PH範囲: 6.0-7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月18日 |
放射 | モノクロメーター: channel cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→47.9 Å / Num. obs: 24305 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 43.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.867 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3479 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1JMS 解像度: 2.2→47.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9354 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9229 / SU R Cruickshank DPI: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.246 / SU Rfree Blow DPI: 0.182 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.175 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 47.5 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.28 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / Total num. of bins used: 12
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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