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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4i2a | ||||||
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タイトル | Binary complex of mouse TdT with ssDNA in absence of divalent transition metal ion | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/DNA / Terminal transferase / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA nucleotidylexotransferase / DNA nucleotidylexotransferase activity / DNA modification / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA metabolic process / response to ATP / euchromatin / nuclear matrix / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA-directed DNA polymerase activity ...DNA nucleotidylexotransferase / DNA nucleotidylexotransferase activity / DNA modification / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA metabolic process / response to ATP / euchromatin / nuclear matrix / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA-directed DNA polymerase activity / hydrolase activity / chromatin / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Gouge, J. / Delarue, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013 タイトル: Structures of Intermediates along the Catalytic Cycle of Terminal Deoxynucleotidyltransferase: Dynamical Aspects of the Two-Metal Ion Mechanism. 著者: Gouge, J. / Rosario, S. / Romain, F. / Beguin, P. / Delarue, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4i2a.cif.gz | 178.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4i2a.ent.gz | 137.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4i2a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/4i2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/4i2a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4i27C 4i28C 4i29C 4i2bC 4i2cC 4i2dC 4i2eC 4i2fC 4i2gC 4i2hC 4i2iC 4i2jC 1jmsS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45704.008 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dntt, Tdt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09838, DNA nucleotidylexotransferase |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 1576.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 化合物 | ChemComp-NA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | PROTEIN FRAGMENT IS THE CATALYTIC CORE OF THE TDT-S (TDT-SMALL) ISOFORM (UNP RESIDUES 132-482, 503-530). |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.09 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 20-26% PEG4000, 100 mM HEPES, 200 mM ammonium formate, pH 6.0-7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K PH範囲: 6.0-7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9194 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月13日 |
放射 | モノクロメーター: channel cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9194 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→47 Å / Num. obs: 35301 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 29.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.609 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 5200 / % possible all: 98.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1JMS 解像度: 1.9→35.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9462 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9286 / SU R Cruickshank DPI: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.151 / SU Rfree Blow DPI: 0.139 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.132 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 38.12 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.234 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→35.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.96 Å / Total num. of bins used: 18
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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