PDB-4i26: 2.20 Angstroms X-ray crystal structure of 2-aminomuconate 6-semia...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i26

タイトル

2.20 Angstroms X-ray crystal structure of 2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase from Pseudomonas fluorescens

要素

2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Aldehyde dehydrogenase / Dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.204 Å

データ登録者

Davis, I. / Huo, L. / Chen, L. / Liu, A.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Crystallographic and spectroscopic snapshots reveal a dehydrogenase in action.
著者: Huo, L. / Davis, I. / Liu, F. / Andi, B. / Esaki, S. / Iwaki, H. / Hasegawa, Y. / Orville, A.M. / Liu, A.

履歴

登録	2012年11月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年1月21日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4i26.cif.gz	377.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4i26.ent.gz	307.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4i26.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4i26_validation.pdf.gz	468.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4i26_full_validation.pdf.gz	482.3 KB	表示
XML形式データ	4i26_validation.xml.gz	71.8 KB	表示
CIF形式データ	4i26_validation.cif.gz	101.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/4i26 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/4i26	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4i1wC 4i25C 4i2rC 4npiC 4oe2C 4ou2C 4oubC 2d4eS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5kll-d 5klm-d 4npi-d 4h73-5 4i2r-d 4u3w-1 4pz2-d 4zxu-1 4oub-d 4i1w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: 2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase

B: 2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase

C: 2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase

D: 2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

216 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.266, 141.894, 172.917
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase 分子量: 53975.680 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株: KU-7 / 遺伝子: nbaE / プラスミド: pET16Bb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83V33
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 702 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.95 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Sodium formate, 12% w/v polyethylene glycol 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 0.8 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.8 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→45 Å / Num. all: 109943 / Num. obs: 109724 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Χ²: 1.475 / Net I/σ(I): 10

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.2-2.24	11.6	0.535	5362	0.973	1	99.4
2.24-2.28	12.3	0.48	5407	1.012	1	99.4
2.28-2.32	13	0.426	5422	0.992	1	99.5
2.32-2.37	13.4	0.391	5441	0.986	1	99.9
2.37-2.42	13.8	0.35	5427	0.987	1	99.9
2.42-2.48	14	0.305	5409	1.003	1	99.9
2.48-2.54	14.1	0.264	5463	1.047	1	100
2.54-2.61	14.3	0.23	5458	1.068	1	100
2.61-2.69	14.3	0.209	5437	1.157	1	99.9
2.69-2.77	14.4	0.188	5456	1.212	1	100
2.77-2.87	14.5	0.159	5465	1.294	1	99.9
2.87-2.99	14.6	0.132	5469	1.364	1	100
2.99-3.12	14.5	0.108	5504	1.445	1	100
3.12-3.29	14.6	0.087	5486	1.525	1	100
3.29-3.49	14.7	0.076	5486	1.672	1	100
3.49-3.76	14.6	0.07	5509	2.177	1	99.9
3.76-4.14	14.3	0.063	5543	2.623	1	100
4.14-4.74	14	0.052	5573	2.477	1	99.7
4.74-5.97	14.5	0.047	5617	2.07	1	99.9
5.97-45	13.5	0.039	5790	2.037	1	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
SERGUI		データ収集
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2D4E

2d4e

解像度: 2.204→31.72 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8177 / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2386	5469	4.99 %	Random
R_work	0.1861	-	-	-
all	0.1887	110015	-	-
obs	0.1887	109619	99.64 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 27.642 Å² / k_sol: 0.324 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.68 Å² / B_iso mean: 41.1557 Å² / B_iso min: 17.23 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.24 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-5.5699 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.3299 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.204→31.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14651	0	23	702	15376

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	14997
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.369	20388
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	2303
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2666
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.807	5313

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2041-2.2291	0.3509	174	0.2432	3215	3389	94
2.2291-2.2554	0.3043	162	0.2309	3441	3603	99
2.2554-2.2829	0.3232	169	0.2259	3442	3611	100
2.2829-2.3117	0.2806	197	0.2152	3419	3616	100
2.3117-2.3422	0.2974	197	0.2113	3391	3588	100
2.3422-2.3742	0.3011	193	0.2088	3446	3639	100
2.3742-2.4081	0.2835	193	0.1947	3413	3606	100
2.4081-2.4441	0.2593	178	0.1895	3459	3637	100
2.4441-2.4822	0.2541	174	0.1859	3434	3608	100
2.4822-2.5229	0.2864	178	0.1887	3500	3678	100
2.5229-2.5664	0.2709	186	0.1944	3409	3595	100
2.5664-2.6131	0.2627	163	0.1939	3510	3673	100
2.6131-2.6633	0.2753	179	0.1948	3468	3647	100
2.6633-2.7176	0.2711	189	0.2027	3407	3596	100
2.7176-2.7767	0.2791	190	0.2087	3483	3673	100
2.7767-2.8412	0.2984	189	0.2074	3460	3649	100
2.8412-2.9122	0.2767	174	0.2013	3458	3632	100
2.9122-2.9909	0.287	172	0.2052	3484	3656	100
2.9909-3.0789	0.2816	176	0.2031	3487	3663	100
3.0789-3.1781	0.2778	189	0.1986	3457	3646	100
3.1781-3.2916	0.2338	178	0.1959	3523	3701	100
3.2916-3.4233	0.2675	176	0.2042	3467	3643	100
3.4233-3.5789	0.241	165	0.1993	3502	3667	100
3.5789-3.7673	0.2419	184	0.1903	3507	3691	100
3.7673-4.0029	0.2009	181	0.1682	3525	3706	100
4.0029-4.3112	0.1798	160	0.158	3529	3689	100
4.3112-4.7438	0.1907	184	0.1413	3520	3704	100
4.7438-5.4273	0.215	199	0.1582	3527	3726	100
5.4273-6.8266	0.2352	197	0.1957	3591	3788	100
6.8266-31.7234	0.179	223	0.1789	3676	3899	99

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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