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Yorodumi- PDB-4i1t: Crystal structure of the cap-snatching endonuclease from Pichinde... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4i1t | ||||||
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Title | Crystal structure of the cap-snatching endonuclease from Pichinde virus | ||||||
Components | RNA-directed RNA polymerase L | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / Arenavirus / Pichinde virus / viral transcription / cap-snatching / endonuclease / L protein / RNA-dependent RNA polymerase / PD-(D/E)XK nuclease fold / cap-snatching RNA endonuclease | ||||||
Function / homology | Function and homology information virion component => GO:0044423 / cap snatching / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pichinde virus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Bussetta, C. / Choi, K.H. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of the cap-snatching endonuclease from Pichinde virus, a new world arenavirus Authors: Bussetta, C. / Ye, M. / Shrestha, L. / Bujalowski, P.J. / White, M.A. / Choi, K.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4i1t.cif.gz | 86 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4i1t.ent.gz | 64.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4i1t.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/4i1t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/4i1t | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3jsbS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25140.799 Da / Num. of mol.: 1 Fragment: cap-snatching endonuclease domain (residues 1-194) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pichinde virus / Strain: AN3739 / Gene: L / Plasmid: pJexpress411 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta / References: UniProt: Q915A5, RNA-directed RNA polymerase |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.24 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 6M ammonium nitrate, 0.1M Tris, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 0.97946 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 9, 2011 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.8→50 Å / Num. obs: 7360 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 15.1 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1.896 / Net I/σ(I): 29.87 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3JSB Resolution: 2.8→46.795 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.76 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 77.042 Å2 / ksol: 0.408 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 185.25 Å2 / Biso mean: 78.3406 Å2 / Biso min: 24.96 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→46.795 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2 / % reflection obs: 99 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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