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- PDB-4i1t: Crystal structure of the cap-snatching endonuclease from Pichinde... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i1t
タイトルCrystal structure of the cap-snatching endonuclease from Pichinde virus
要素RNA-directed RNA polymerase L
キーワードVIRAL PROTEIN / Arenavirus / Pichinde virus / viral transcription / cap-snatching / endonuclease / L protein / RNA-dependent RNA polymerase / PD-(D/E)XK nuclease fold / cap-snatching RNA endonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / virion component / host cell / host cell cytoplasm / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / nucleotide binding / RNA-directed RNA polymerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase L, helical domain / Arenavirus RNA polymerase / RNA polymerase, arenaviral / RNA endonuclease, cap-snatching / Arenavirus RNA polymerase / Arenavirus cap snatching domain / : / de novo design (two linked rop proteins) / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. ...RNA-directed RNA polymerase L, helical domain / Arenavirus RNA polymerase / RNA polymerase, arenaviral / RNA endonuclease, cap-snatching / Arenavirus RNA polymerase / Arenavirus cap snatching domain / : / de novo design (two linked rop proteins) / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Pichinde virus (ピチンデウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Bussetta, C. / Choi, K.H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the cap-snatching endonuclease from Pichinde virus, a new world arenavirus
著者: Bussetta, C. / Ye, M. / Shrestha, L. / Bujalowski, P.J. / White, M.A. / Choi, K.H.
履歴
登録2012年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1411
ポリマ－25,1411
非ポリマー00
水00
1
A: RNA-directed RNA polymerase L

A: RNA-directed RNA polymerase L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2822
ポリマ－50,2822
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/31
Buried area1670 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area17810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.962, 142.962, 46.835
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase L / Protein L


分子量: 25140.799 Da / 分子数: 1 / 断片: cap-snatching endonuclease domain (residues 1-194) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pichinde virus (ピチンデウイルス)
株: AN3739 / 遺伝子: L / プラスミド: pJexpress411 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q915A5, RNA-directed RNA polymerase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 6M ammonium nitrate, 0.1M Tris, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月9日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 7360 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.1 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1.896 / Net I/σ(I): 29.87
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.8-2.853.90.623.773501.48797.8
2.85-2.94.60.882.133481.67498.9
2.9-2.965.20.8042.093661.46100
2.96-3.025.90.82.433461.51100
3.02-3.086.40.6094.033581.97399.7
3.08-3.157.90.55.973621.795100
3.15-3.239.50.4028.383611.749100
3.23-3.329.70.311.93591.872100
3.32-3.429.80.26913.73611.961100
3.42-3.539.90.21916.93502.093100
3.53-3.6510.50.18420.123741.971100
3.65-3.8110.15124.473591.973100
3.8-3.97110.12928.883712.182100
3.97-4.1824.70.13642.563651.856100
4.18-4.4427.60.10857.073672.03100
4.44-4.7928.10.08569.023751.878100
4.79-5.2728.80.08569.033791.923100
5.27-6.0328.60.09365.073791.886100
6.03-7.5928.20.06583.243911.751100
7.59-5024.50.03997.814391.971100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å46.8 Å
Translation4 Å46.8 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.6.1_357精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3JSB

3jsb


解像度: 2.8→46.795 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2944 339 4.65 %RANDOM
Rwork0.2361 ---
obs0.2387 7286 99.12 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 77.042 Å2 / ksol: 0.408 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 185.25 Å2 / Biso mean: 78.3406 Å2 / Biso min: 24.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.7793 Å20 Å2-0 Å2
2--6.7793 Å20 Å2
3----13.5585 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→46.795 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1386 0 0 0 1386
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091411
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2081907
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073220
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005237
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.223543
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2 / % reflection obs: 99 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs
2.8001-3.52770.34021830.256334735303347
3.5277-46.80180.27451560.2293360037563600
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5227-2.49550.43013.3863-0.59952.0962-0.24470.14390.96-0.45140.02520.2786-0.2925-0.4684-0.00460.21680.04320.07120.78030.00790.451-1.182351.882510.7352
23.74110.812-1.83681.30330.14242.40170.01310.55180.1024-0.48790.1750.843-0.1678-1.05310.01260.13890.27990.03280.6888-0.01780.394720.926355.16080.9836
31.6564-0.1682-0.92170.92820.45872.3489-0.6320.9031-0.7456-0.8310.22020.11761.0736-0.15530.00450.42230.13560.13330.5871-0.13270.500124.98943.7097-3.4033
41.7572-1.1973-0.80931.6333-1.18783.5546-0.1001-0.8494-0.66780.03910.40270.48591.5649-0.34040.0554-0.0691-0.00310.06870.59330.05720.4698.614343.24112.0863
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:50)A1 - 50
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 51:106)A51 - 106
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 107:133)A107 - 133
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 134:169)A134 - 169

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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