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万見
- PDB-4i1s: Melanoma differentiation associated protein-5 Helicase domain com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i1s
タイトルMelanoma differentiation associated protein-5 Helicase domain complex with inhibitor Non-structural protein V
要素
  • Melanoma differentiation associated protein-5
  • Non-structural protein V
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / SF2-ATPase / Helicase / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / defense response to virus / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / innate immune response ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / defense response to virus / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rhinovirus 14, subunit 4 - #340 / Paramyxovirinae protein V, zinc-binding domain / Zinc-binding domain of Paramyxoviridae V protein / phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3 - #30 / phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3 / Phosphoprotein P soyouz module / N-terminal region of Paramyxovirinae phosphoprotein (P) / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain ...Rhinovirus 14, subunit 4 - #340 / Paramyxovirinae protein V, zinc-binding domain / Zinc-binding domain of Paramyxoviridae V protein / phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3 - #30 / phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3 / Phosphoprotein P soyouz module / N-terminal region of Paramyxovirinae phosphoprotein (P) / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Caspase recruitment domain / Caspase recruitment domain / Rhinovirus 14, subunit 4 / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Death-like domain superfamily / Helicase conserved C-terminal domain / Few Secondary Structures / Irregular / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA helicase / Non-structural protein V
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
Simian virus 5 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.293 Å
データ登録者Motz, C. / Witte, G. / Hopfner, K.P.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Paramyxovirus V proteins disrupt the fold of the RNA sensor MDA5 to inhibit antiviral signaling.
著者: Motz, C. / Schuhmann, K.M. / Kirchhofer, A. / Moldt, M. / Witte, G. / Conzelmann, K.K. / Hopfner, K.P.
履歴
登録2012年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月20日Group: Database references
改定 1.22017年7月26日Group: Advisory / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Melanoma differentiation associated protein-5
B: Non-structural protein V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5624
ポリマ－34,4312
非ポリマー1312
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2170 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area15230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.070, 52.490, 120.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細the complete biological assembly is present in the uploaded PDB: one chain A and one chain B in the unit cell (one heterodimer/ASU in P212121)

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要素

#1: タンパク質 Melanoma differentiation associated protein-5


分子量: 28586.756 Da / 分子数: 1
断片: helicase domain region 641-665 replaced by SGSGS, proteolysis by trypsin during crystallization
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: MDA5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta / 参照: UniProt: A7LCX1
#2: タンパク質 Non-structural protein V


分子量: 5844.556 Da / 分子数: 1
断片: region 55-79 replaced by SGSGSGSGSG, proteolysis by trypsin during crystallization
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Simian virus 5 (ウイルス) / 株: W3 / 遺伝子: P/V / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta / 参照: UniProt: P11207
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM HEPES pH7.5 18% (w/v) PEG1500 trace amounts of trypsin , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月21日
放射モノクロメーター: Si 111 channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.293→50 Å / Num. all: 27871 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.17 % / Biso Wilson estimate: 39.03 Å2 / Rsym value: 0.137 / Net I/σ(I): 13.64
反射 シェル解像度: 2.29→2.35 Å / 冗長度: 6.77 % / Mean I/σ(I) obs: 2.58 / Num. unique all: 1874 / Rsym value: 0.838 / % possible all: 83.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.293→48.141 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2296 1427 5.12 %RANDOM
Rwork0.1792 ---
all0.1817 27871 --
obs0.1817 27856 99.18 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.293→48.141 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2359 0 2 110 2471
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092422
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1733259
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.027929
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077355
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004421
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2933-2.37530.24251160.22262467X-RAY DIFFRACTION93
2.3753-2.47040.31081370.22612673X-RAY DIFFRACTION100
2.4704-2.58280.29631720.21232624X-RAY DIFFRACTION100
2.5828-2.7190.28971770.21922662X-RAY DIFFRACTION100
2.719-2.88930.25811520.20742638X-RAY DIFFRACTION100
2.8893-3.11240.23831500.19172648X-RAY DIFFRACTION100
3.1124-3.42550.20351340.17062694X-RAY DIFFRACTION100
3.4255-3.9210.20261570.14772656X-RAY DIFFRACTION100
3.921-4.93930.1821320.13372668X-RAY DIFFRACTION100
4.9393-48.15160.22991000.19862699X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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