PDB-4i1a: Crystal Structure of the Apo Form of RapI

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i1a

タイトル

Crystal Structure of the Apo Form of RapI

要素

Response regulator aspartate phosphatase I

キーワード

HYDROLASE / Tetratricopeptide repeat / Phosphatase / Spo0F

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / phosphoprotein phosphatase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.443 Å

データ登録者

Parashar, V. / Jeffrey, P.D. / Neiditch, M.B.

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2013
タイトル: Conformational change-induced repeat domain expansion regulates rap phosphatase quorum-sensing signal receptors.
著者: Parashar, V. / Jeffrey, P.D. / Neiditch, M.B.

履歴

登録	2012年11月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月10日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4i1a.cif.gz	278.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4i1a.ent.gz	230.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4i1a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4i1a_validation.pdf.gz	438.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4i1a_full_validation.pdf.gz	443.3 KB	表示
XML形式データ	4i1a_validation.xml.gz	22.3 KB	表示
CIF形式データ	4i1a_validation.cif.gz	30.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/4i1a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/4i1a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4gyoC 3q15 3ulq C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3h8s-d 3h8w-d 3hjs-d 1vj1-d 3c4n-3 3hkp-d 2fk3-18 3hhy-d 2jki-3 1git-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (4) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (4) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Response regulator aspartate phosphatase I

B: Response regulator aspartate phosphatase I

ヘテロ分子

93.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Response regulator aspartate phosphatase I

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Response regulator aspartate phosphatase I

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	132.897, 141.209, 50.532
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Response regulator aspartate phosphatase I 分子量: 46625.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: BSU05010, rapI, yddL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P96649, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 150 mM KCl, 5 mM DTT, 5 mM MgCl2, 17% [w/v] PEG 3350, 200 mM lithium nitrate, and 120 mM Tris-HCl (pH 7.8), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月1日

放射

モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.075 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.44→50 Å / Num. obs: 35843 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.051 / Χ²: 1.048 / Net I/σ(I): 17.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.44-2.48	7.3	0.64	1758	1.012	1	100
2.48-2.53	7.3	0.527	1800	1.011	1	100
2.53-2.58	7.3	0.407	1749	0.995	1	100
2.58-2.63	7.3	0.339	1798	1.008	1	100
2.63-2.69	7.3	0.304	1770	1.008	1	100
2.69-2.75	7.3	0.243	1753	1	1	100
2.75-2.82	7.3	0.208	1827	0.976	1	100
2.82-2.89	7.3	0.154	1768	0.981	1	100
2.89-2.98	7.3	0.124	1796	1.004	1	100
2.98-3.07	7.3	0.099	1786	1.011	1	100
3.07-3.18	7.2	0.083	1796	1.048	1	100
3.18-3.31	7.3	0.069	1779	1.105	1	100
3.31-3.46	7.2	0.057	1814	1.132	1	100
3.46-3.64	7.2	0.056	1807	1.046	1	100
3.64-3.87	7.2	0.053	1805	1.155	1	99.9
3.87-4.17	7.1	0.049	1838	1.133	1	99.8
4.17-4.59	6.9	0.038	1811	1.229	1	99.2
4.59-5.25	6.7	0.028	1819	1.078	1	99.3
5.25-6.62	6.9	0.026	1864	1.031	1	99.9
6.62-50	6.1	0.024	1705	0.99	1	85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.443→42.268 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.48 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	1786	4.99 %
R_work	0.2212	-	-
obs	0.2236	35789	98.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 62.115 Å² / k_sol: 0.376 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 170.8 Å² / B_iso mean: 76.4379 Å² / B_iso min: 36.72 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6177 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-7.0298 Å²	-0 Å²
3-	-	-	7.6476 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.443→42.268 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5337	0	2	26	5365

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5447
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.888	7299
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	767
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	920
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.682	2050

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4432-2.5093	0.3142	127	0.2683	2562	2689	99
2.5093-2.5831	0.2869	122	0.2407	2589	2711	100
2.5831-2.6665	0.228	133	0.2316	2647	2780	100
2.6665-2.7618	0.2857	146	0.2233	2562	2708	100
2.7618-2.8723	0.3085	142	0.2351	2595	2737	100
2.8723-3.003	0.2644	139	0.2254	2641	2780	100
3.003-3.1613	0.2639	152	0.2161	2607	2759	100
3.1613-3.3593	0.2755	136	0.2102	2615	2751	100
3.3593-3.6185	0.2572	155	0.2059	2625	2780	100
3.6185-3.9824	0.2599	132	0.1982	2637	2769	100
3.9824-4.5581	0.2239	138	0.1889	2672	2810	100
4.5581-5.7405	0.2886	127	0.2179	2698	2825	100
5.7405-42.2742	0.3032	137	0.2682	2553	2690	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.325	-1.4483	1.1638	2.3955	-2.7202	7.8664	-0.0675	-1.0093	0.0439	1.0958	0.3185	0.2891	-0.8801	1.2635	-0.2833	0.6202	-0.0723	0.1472	0.8145	-0.2388	0.6697	47.2156	20.6476	41.1801
2	7.8034	1.381	-1.1124	3.5824	-4.6576	6.1093	-0.0329	-0.2148	1.0811	-0.023	0.6384	-0.7361	-1.3804	0.5212	-0.352	0.701	-0.3343	0.2545	0.5006	-0.276	0.7163	41.1313	23.055	29.5358
3	5.0508	-0.4308	-1.0157	1.3836	-0.1906	2.7578	-0.2092	0.3009	0.1946	-1.1323	0.5781	-0.8141	-1.0204	0.9877	-0.3016	0.7735	-0.3518	0.3736	0.6991	-0.227	0.5223	38.7867	18.0761	17.8608
4	4.6094	0.7894	-0.8365	7.859	1.8327	3.7649	-0.0632	0.1828	-0.1957	-0.6414	0.4025	-0.3971	-0.3552	0.6621	-0.3231	0.4133	0.0109	0.0448	0.4833	-0.1927	0.3909	29.1735	1.6608	14.2634
5	5.7643	-2.4772	-2.9714	7.6095	1.9018	8.6452	0.1022	-0.1797	-1.0724	0.7266	0.1755	0.4004	1.0861	0.0511	-0.2446	0.3927	0.0636	-0.0278	0.3361	0.0313	0.5425	19.556	-4.1637	27.411
6	4.9034	4.2461	6.5978	6.6822	4.548	9.6177	-0.0338	0.0704	-0.1455	-0.0145	-0.0521	0.2533	0.0436	-0.168	0.1188	0.3224	0.0381	0.0601	0.4055	-0.0175	0.4614	11.7585	7.3756	29.0273
7	3.7318	1.9179	-0.6432	8.0505	-0.26	4.3826	-0.1504	-0.0693	0.2386	0.6002	-0.1443	-0.3735	-0.2935	0.0689	0.2271	0.3431	-0.0544	-0.0927	0.2677	-0.0086	0.2469	34.4851	45.7761	47.1909
8	2.1977	0.2426	1.0631	2.23	1.5449	3.3806	0.2029	-0.6174	0.3551	0.0471	-0.3908	0.6637	-0.5091	-0.7451	0.0819	0.4267	-0.0014	0.2722	0.525	-0.096	0.6479	4.6719	26.7774	43.2666

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 101:138)	A	101 - 138
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 139:175)	A	139 - 175
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 176:219)	A	176 - 219
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 220:295)	A	220 - 295
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 296:333)	A	296 - 333
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 334:374)	A	334 - 374
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 14:176)	B	14 - 176
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 177:377)	B	177 - 377

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)