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Yorodumi- PDB-3ulq: Crystal Structure of the Anti-Activator RapF Complexed with the R... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ulq | ||||||
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Title | Crystal Structure of the Anti-Activator RapF Complexed with the Response Regulator ComA DNA Binding Domain | ||||||
Components |
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Keywords | GENE REGULATION/TRANSCRIPTION ACTIVATOR / TETRATRICOPEPTIDE REPEAT / RESPONSE REGULATOR HELIX-TURN-HELX DNA BINDING / 3-HELIX BUNDLE / HYDROLASE-TRANSCRIPTION ACTIVATOR complex / GENE REGULATION-TRANSCRIPTION ACTIVATOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information establishment of competence for transformation / phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus subtilis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Baker, M.D. / Neiditch, M.B. | ||||||
Citation | Journal: Plos Biol. / Year: 2011 Title: Structural basis of response regulator inhibition by a bacterial anti-activator protein. Authors: Baker, M.D. / Neiditch, M.B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ulq.cif.gz | 176.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ulq.ent.gz | 141.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ulq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3ulq_validation.pdf.gz | 435.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3ulq_full_validation.pdf.gz | 438.7 KB | Display | |
Data in XML | 3ulq_validation.xml.gz | 17.3 KB | Display | |
Data in CIF | 3ulq_validation.cif.gz | 23.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/3ulq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/3ulq | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3q15S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 45777.035 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis (bacteria) / Gene: rapF, ywhJ, BSU37460 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P71002, Hydrolases; Acting on ester bonds |
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#2: Protein | Mass: 9974.232 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: DNA Binding Domain, UNP residues 146-214 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis (bacteria) / Gene: comA, comA1, comAA, BSU31680 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P14204 |
#3: Chemical | ChemComp-MN / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.3 Å3/Da / Density % sol: 62.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 6% [w/v] PEG 8,000, 240 mM calcium acetate, 80 mM sodium cacodylate pH 6.5, and 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 1.075 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Nov 18, 2009 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.075 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→30 Å / Num. obs: 33622 / Observed criterion σ(I): 3.28 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.34 Å / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3Q15 Resolution: 2.3→19.762 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.44 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.937 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→19.762 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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