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万見
- PDB-4i14: Crystal Structure of Mtb-ribA2 (Rv1415) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i14
タイトルCrystal Structure of Mtb-ribA2 (Rv1415)
要素Riboflavin biosynthesis protein RibBA
キーワードHYDROLASE / LYASE / DHBPS / GCHII / ribA2 / GTP / riboflavin / antimicrobial
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP cyclohydrolase II / GTP cyclohydrolase II activity / 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase / 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase activity / riboflavin biosynthetic process / manganese ion binding / GTP binding / magnesium ion binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
GTP cyclohydrolase II / Riboflavin biosynthesis protein RibBA / GTP cyclohydrolase II, RibA / GTP cyclohydrolase II / GTP cyclohydrolase II superfamily / GTP cyclohydrolase II / DHBP synthase / 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase, RibB / 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase / DHBP synthase ...GTP cyclohydrolase II / Riboflavin biosynthesis protein RibBA / GTP cyclohydrolase II, RibA / GTP cyclohydrolase II / GTP cyclohydrolase II superfamily / GTP cyclohydrolase II / DHBP synthase / 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase, RibB / 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase / DHBP synthase / DHBP synthase RibB-like alpha/beta domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Riboflavin biosynthesis protein RibBA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Singh, M. / Kumar, P. / Yadav, S. / Gautam, R. / Sharma, N. / Karthikeyan, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: The crystal structure reveals the molecular mechanism of bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II (Rv1415) from Mycobacterium tuberculosis
著者: Singh, M. / Kumar, P. / Yadav, S. / Gautam, R. / Sharma, N. / Karthikeyan, S.
履歴
登録2012年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月19日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Riboflavin biosynthesis protein RibBA
B: Riboflavin biosynthesis protein RibBA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,4856
ポリマ－92,1632
非ポリマー3234
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area28890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.764, 74.839, 76.427
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Riboflavin biosynthesis protein RibBA / 3 / 4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase / DHBP synthase / GTP cyclohydrolase-2 / GTP cyclohydrolase II


分子量: 46081.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Ra / 遺伝子: MRA_1424, ribBA, Rv1415 / プラスミド: pET-28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A5U2B7, 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase, GTP cyclohydrolase II
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES-Na, pH 7.5, 15% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年9月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. all: 19968 / Num. obs: 19733 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 61.6 Å2 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 3→3.2 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Rsym value: 0.366 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G57 and 2BZ1

1g57

2bz1


解像度: 3→19.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 36.813 / SU ML: 0.309 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.407 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: TLS Refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2628 1010 5.1 %RANDOM
Rwork0.19748 ---
all0.2007 19733 --
obs0.2007 18723 98.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.526 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.76 Å2-0 Å2-0 Å2
2---4.86 Å2-0 Å2
3---1.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4743 0 12 7 4762
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0194817
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.121.9726537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.825635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.32522.714199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.65915745
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1341548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2772
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213636
LS精密化 シェル解像度: 3.003→3.08 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 78 -
Rwork0.286 1231 -
obs--90.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.40140.71121.04664.33720.51113.94070.1465-0.23510.0965-0.1048-0.3080.6301-0.0245-0.50150.16150.0097-0.0044-0.01610.4988-0.07590.0948-17.487-2.73839.956
25.94160.8007-0.65314.1151.25525.17760.03130.0693-0.2910.03280.4796-0.87750.32070.7746-0.51090.31310.192-0.17850.7722-0.33420.5465-18.91218.63874.153
33.3713-1.31021.4423.1161-1.5145.1010.1188-0.0649-0.31180.0795-0.2358-0.05890.09410.17320.1170.05820.0342-0.04010.51940.18580.3117-62.19411.02351.93
46.63074.1931.92024.87951.92032.29060.2978-1.13780.2770.5839-0.07270.24290.1648-0.2988-0.2250.53270.1164-0.06240.70190.08370.265-45.56410.29981.463
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 208
2X-RAY DIFFRACTION2A209 - 383
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 202
4X-RAY DIFFRACTION4B203 - 382

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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