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- PDB-4hzu: Structure of a bacterial energy-coupling factor transporter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hzu
タイトルStructure of a bacterial energy-coupling factor transporter
要素
  • Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA 1
  • Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA 2
  • Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT
  • Predicted membrane protein
キーワードHYDROLASE / TRANSPORT PROTEIN / membrane protein / ECF / transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


トランスロカーゼ / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する / transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ECF transporter, substrate-specific component-like / ECF-type riboflavin transporter, S component / : / ECF transporter transmembrane protein EcfT / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2 / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1 / ABC/ECF transporter, transmembrane component / Cobalt transport protein / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 - #20 / Cobalt import ATP-binding protein cbiO. ...ECF transporter, substrate-specific component-like / ECF-type riboflavin transporter, S component / : / ECF transporter transmembrane protein EcfT / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2 / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1 / ABC/ECF transporter, transmembrane component / Cobalt transport protein / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 - #20 / Cobalt import ATP-binding protein cbiO. / ABC transporter, CbiO/EcfA subunit / : / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Predicted membrane protein / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1 / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2 / Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus brevis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.53 Å
データ登録者Wang, T.L. / Fu, G.B. / Pan, X.J. / Shi, Y.G.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structure of a bacterial energy-coupling factor transporter.
著者: Wang, T. / Fu, G. / Pan, X. / Wu, J. / Gong, X. / Wang, J. / Shi, Y.
履歴
登録2012年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA 1
A: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA 2
T: Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT
S: Predicted membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,4574
ポリマ－110,4574
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12450 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area41000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.971, 148.690, 154.574
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA 1 / ECF transporter A component EcfA 1


分子量: 32176.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus brevis (バクテリア)
遺伝子: ecfA1, cbiO1, LVIS_1661 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q03PY6, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#2: タンパク質 Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA 2 / ECF transporter A component EcfA 2


分子量: 30550.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus brevis (バクテリア)
遺伝子: ecfA2, cbiO2, LVIS_1662 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q03PY5, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#3: タンパク質 Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT / ECF transporter T component EcfT


分子量: 30321.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus brevis (バクテリア)
遺伝子: ecfT, LVIS_1660 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03PY7
#4: タンパク質 Predicted membrane protein


分子量: 17409.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus brevis (バクテリア)
遺伝子: LVIS_2151 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03NM0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 17% (w/v) polyethylene glycol 2000, 16% (v/v) glycerol, 100 mM Tris buffer (pH 8.2), and 100 mM magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97947 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月12日
放射モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.53→48.685 Å / Num. obs: 22601 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 124.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 3.53→3.66 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.888 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.53→48.685 Å / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2917 1157 5.12 %
Rwork0.2408 --
obs0.2432 22577 96.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.53→48.685 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7437 0 0 0 7437
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037587
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82310309
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0464655
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571217
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041306
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5295-3.69010.33881360.27922593X-RAY DIFFRACTION96
3.6901-3.88460.31351250.26172675X-RAY DIFFRACTION98
3.8846-4.12790.32491530.23572638X-RAY DIFFRACTION97
4.1279-4.44640.26471450.20232662X-RAY DIFFRACTION97
4.4464-4.89340.25431670.18612631X-RAY DIFFRACTION98
4.8934-5.60060.27921510.21272729X-RAY DIFFRACTION98
5.6006-7.05280.28711520.30982733X-RAY DIFFRACTION98
7.0528-48.68910.30371280.2442759X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.05710.34760.15592.6753-1.4492.94470.2995-0.922-0.03910.5541-0.4696-0.5593-0.07480.35030.15140.9154-0.2385-0.20281.39310.01911.062441.923839.903525.1147
23.66421.8155-1.38066.5902-1.62332.43530.1193-0.03050.27710.1516-0.1040.00740.04150.0432-0.02790.62370.0806-0.00270.94710.00860.725116.427836.73610.4447
33.74912.3595-3.3315.7888-1.44762.75190.501-0.8645-1.04110.7905-0.7476-0.11570.40830.89530.20820.96410.0711-0.12920.86580.27420.972218.44916.513737.9675
41.23471.4157-0.41283.304-0.6941.52420.2208-0.8362-0.11480.7558-0.12650.4852-0.21470.5431-0.13441.0305-0.02090.00961.39630.3270.919611.272516.597249.3733
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain S
4X-RAY DIFFRACTION4chain T

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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