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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hzo | ||||||
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タイトル | The Structure of the Bifunctional Acetyltransferase/Decarboxylase LnmK from the Leinamycin Biosynthetic Pathway Revealing Novel Activity for a Double Hot Dog Fold | ||||||
![]() | Bifunctional methylmalonyl-CoA:ACP acyltransferase/decarboxylase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / LYASE / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro / PSI-Biology / Double Hot Dog Fold / Acyl Carrier Protein - LnmL | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lohman, J.R. / Bingman, C.A. / Phillips Jr., G.N. / Shen, B. / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the Bifunctional Acyltransferase/Decarboxylase LnmK from the Leinamycin Biosynthetic Pathway Revealing Novel Activity for a Double-Hot-Dog Fold. 著者: Lohman, J.R. / Bingman, C.A. / Phillips, G.N. / Shen, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 75.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 55.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 672.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 678.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological dimer is generated by the symmetry mate: x, x-y, -z+1/6 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35279.285 Da / 分子数: 1 / 変異: T2S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: LnmK / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 化合物 | ChemComp-COA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.15 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein: 20 mg/mL in 100 mM NaCl and 10 mM Tris-HCl, pH 8.0 plus 10 mM methylmalonyl-CoA. Precipitant: 20 - 23% MEPEG 2000, 0.25-0.35 M (NH4)2SO4 and 0.1 M Bis-tris propane-HCl, pH 7.0 in 4 L ...詳細: Protein: 20 mg/mL in 100 mM NaCl and 10 mM Tris-HCl, pH 8.0 plus 10 mM methylmalonyl-CoA. Precipitant: 20 - 23% MEPEG 2000, 0.25-0.35 M (NH4)2SO4 and 0.1 M Bis-tris propane-HCl, pH 7.0 in 4 L drops (1:1, protein:well), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月10日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→26.12 Å / Num. all: 35241 / Num. obs: 34431 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 16 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.76→25.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 3.309 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.132 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.76→25.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.763→1.809 Å / Total num. of bins used: 20
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