PDB-4hx3: Crystal structure of Streptomyces caespitosus sermetstatin in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hx3

タイトル

Crystal structure of Streptomyces caespitosus sermetstatin in complex with S. caespitosus snapalysin

要素

Extracellular small neutral protease
Neutral proteinase inhibitor ScNPI

キーワード

Hydrolase/Hydrolase Inhibitor / Streptomyces subtilisin inhibitor fold / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

snapalysin / serine-type endopeptidase inhibitor activity / metalloendopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces caespitosus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Trillo-Muyo, S. / Martinez-Rodriguez, S. / Arolas, J.L. / Gomis-Ruth, F.X.

引用

ジャーナル: CHEM SCI / 年: 2013
タイトル: Mechanism of action of a Janus-faced single-domain protein inhibitor simultaneously targeting two peptidase classes
著者: Trillo-Muyo, S. / Martinez-Rodriguez, S. / Arolas, J.L. / Gomis-Ruth, F.X.

履歴

登録	2012年11月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年12月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年2月20日	Group: Database references
改定 1.2	2013年2月27日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hx3.cif.gz	570.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hx3.ent.gz	473.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hx3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hx3_validation.pdf.gz	518 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hx3_full_validation.pdf.gz	527.7 KB	表示
XML形式データ	4hx3_validation.xml.gz	51.8 KB	表示
CIF形式データ	4hx3_validation.cif.gz	72.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/4hx3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/4hx3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hwxSC 4hx2C 1kuhS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4z32-6 4z32-5 4z32-1 4z32-2 2h5e-2 4dka-d 3vqt-2 5f9y-2 4olf-d 6t7k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Extracellular small neutral protease

B: Neutral proteinase inhibitor ScNPI

C: Extracellular small neutral protease

D: Neutral proteinase inhibitor ScNPI

E: Extracellular small neutral protease

F: Neutral proteinase inhibitor ScNPI

G: Extracellular small neutral protease

H: Neutral proteinase inhibitor ScNPI

I: Extracellular small neutral protease

J: Neutral proteinase inhibitor ScNPI

K: Extracellular small neutral protease

L: Neutral proteinase inhibitor ScNPI

ヘテロ分子

160 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Extracellular small neutral protease

B: Neutral proteinase inhibitor ScNPI

C: Extracellular small neutral protease

D: Neutral proteinase inhibitor ScNPI

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Extracellular small neutral protease

F: Neutral proteinase inhibitor ScNPI

G: Extracellular small neutral protease

H: Neutral proteinase inhibitor ScNPI

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

I: Extracellular small neutral protease

J: Neutral proteinase inhibitor ScNPI

K: Extracellular small neutral protease

L: Neutral proteinase inhibitor ScNPI

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.540, 121.810, 130.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

dimer of dimer

#1: タンパク質	Extracellular small neutral protease / SCNP / Snapalysin 分子量: 14571.586 Da / 分子数: 6 / 断片: Mature protease / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces caespitosus (バクテリア) 遺伝子: snpA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P56406, snapalysin
#2: タンパク質	Neutral proteinase inhibitor ScNPI / Sermetstatin 分子量: 11923.354 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces caespitosus (バクテリア) 遺伝子: ScNPI / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami / 参照: UniProt: Q9FDS0
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, 0.2 M magnesium chloride, 15.0% (v/v) ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月10日
放射	モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→89.1 Å / Num. all: 51602 / Num. obs: 51602 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 65.19 Å² / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 14.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ProDC		データ収集
PHASER		位相決定
BUSTER	2.11.2	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1KUH,4HWX

1kuh

4hwx

解像度: 2.7→43.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9239 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8976 / SU R Cruickshank DPI: 0.714 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2423	782	1.52 %	RANDOM
R_work	0.195	-	-	-
all	0.195	51602	-	-
obs	0.1957	51481	99.54 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.4897 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.9934 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.4831 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.424 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→43.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11041	0	18	275	11334

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	11352	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.06	15533	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4929	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		316	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1697	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		11352	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		15	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.98
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	2.91
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1468	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		12282	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2281	53	1.45 %
R_work	0.2263	3606	-
all	0.2263	3659	-
obs	-	-	99.54 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3478	-1.0165	1.2337	4.0054	0.9231	2.6585	-0.0505	0.0065	0.137	-0.0872	-0.0515	-0.3117	-0.0572	0.3209	0.102	-0.25	0.0628	0.0022	-0.0679	0.0645	-0.0036	-23.7493	-22.8642	24.2405
2	2.9744	-0.0256	2.0538	3.2419	0.4864	4.1236	-0.011	0.2348	0.2318	-0.6751	-0.1827	0.3246	-0.145	-0.1102	0.1937	-0.1335	0.1418	-0.0766	-0.0256	-0.0336	0.045	-48.0685	-14.5057	10.1944
3	5.907	-1.141	-1.6648	7.445	1.1662	4.7801	0.3792	-0.0085	0.0748	-0.1172	-0.4239	0.8314	0.0341	-0.6963	0.0447	-0.2414	0.0034	0.0453	0.1398	-0.1037	0.1294	-70.6539	-9.1829	31.4433
4	4.4009	0.94	-0.5906	4.3541	0.9895	3.6698	0.2717	-0.3017	0.7598	-0.027	0.0045	-0.2457	-0.6456	0.0405	-0.2762	-0.1796	0.007	0.075	-0.1503	-0.0486	0.2346	-43.6887	1.4094	26.6127
5	2.9439	0.9744	-0.6493	7.9224	-1.3964	5.148	0.2222	-0.5803	-0.2335	-0.1036	-0.1962	-1.6271	0.2468	0.9132	-0.0259	-0.1505	0.0314	-0.0417	0.1414	-0.0097	0.3922	-5.2176	-61.2867	17.4313
6	6.2806	2.8423	2.0542	5.095	1.771	3.6655	0.1353	0.12	-0.6267	0.0336	-0.0187	-0.2815	0.3452	0.1775	-0.1166	-0.1353	0.0556	0.0151	-0.1229	-0.0494	0.037	-30.3893	-68.7409	3.5658
7	2.3879	0.2012	-0.105	6.0516	1.5204	4.257	-0.1194	-0.0279	0.0817	-0.0725	-0.3175	0.7625	0.0862	-0.6238	0.4369	-0.2284	0.0631	0.0208	-0.0287	-0.1202	0.0938	-50.451	-45.3114	6.8144
8	3.7921	1.9986	-0.7396	4.1639	1.1694	2.2756	-0.1025	0.4528	0.0313	-0.6764	0.3226	-0.3838	-0.4884	0.1071	-0.2201	-0.0937	-0.004	0.1585	-0.0379	-0.0373	0.0511	-23.8264	-47.4263	-3.6698
9	3.3211	-0.7815	0.3516	1.5297	-0.194	4.0768	-0.0282	-0.0694	-0.0269	0.1828	0.0642	0.1088	0.0301	-0.3435	-0.036	-0.2924	0.0544	0.0107	-0.1005	0.1288	0.0738	-16.5261	-40.7855	41.5487
10	4.3734	-2.3132	-0.7676	3.9104	-0.2681	2.8505	0.133	0.4473	-0.0386	-0.2966	-0.0314	-0.1768	0.3503	-0.0867	-0.1016	-0.1987	0.0349	-0.0389	-0.1305	-0.0027	0.1974	9.6321	-53.7118	40.0417
11	3.4353	0.8591	-0.6474	8.0101	-0.0757	5.3574	0.0849	-0.4257	-0.3611	0.3999	-0.8153	-2.0587	-0.4237	0.7752	0.7304	-0.4647	-0.1844	-0.3032	-0.2767	0.3637	0.8298	31.013	-37.9791	56.4571
12	2.8703	0.8991	-1.443	2.8973	-1.3889	3.7357	0.1085	-0.3181	-0.0645	0.4759	-0.1144	-0.4973	-0.1684	-0.0292	0.006	-0.1729	-0.0288	-0.1584	-0.12	0.0291	0.1382	4.8645	-48.8764	63.0435

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-2 - 132
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	201 - 999
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 113
4	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-2 - 132
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	201 - 999
6	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 62
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	67 - 113
8	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 132
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	201 - 999
10	X-RAY DIFFRACTION	6	F	2 - 113
11	X-RAY DIFFRACTION	7	G	-1 - 132
12	X-RAY DIFFRACTION	7	G	201 - 999
13	X-RAY DIFFRACTION	8	H	-1 - 60
14	X-RAY DIFFRACTION	8	H	67 - 113
15	X-RAY DIFFRACTION	9	I	-2 - 132
16	X-RAY DIFFRACTION	9	I	201 - 999
17	X-RAY DIFFRACTION	10	J	1 - 65
18	X-RAY DIFFRACTION	10	J	68 - 113
19	X-RAY DIFFRACTION	11	K	-1 - 132
20	X-RAY DIFFRACTION	11	K	201 - 999
21	X-RAY DIFFRACTION	12	L	1 - 113

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)