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- PDB-4hws: Crystal structure of E. coli Threonyl-tRNA synthetase bound to a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hws
タイトルCrystal structure of E. coli Threonyl-tRNA synthetase bound to a novel inhibitor
要素Threonine--tRNA ligase
キーワードLigase/Ligase Inhibitor / aminoacyl-tRNA synthetase / protein-inhibitor complex / antibacterial / Ligase-Ligase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


aminoacyl-tRNA ligase activity / tRNA aminoacylation / threonine-tRNA ligase / threonyl-tRNA aminoacylation / threonine-tRNA ligase activity / tRNA aminoacylation for protein translation / aminoacyl-tRNA deacylase activity / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / mRNA 5'-UTR binding ...aminoacyl-tRNA ligase activity / tRNA aminoacylation / threonine-tRNA ligase / threonyl-tRNA aminoacylation / threonine-tRNA ligase activity / tRNA aminoacylation for protein translation / aminoacyl-tRNA deacylase activity / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / mRNA 5'-UTR binding / regulation of translation / tRNA binding / response to antibiotic / protein homodimerization activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Threonine-tRNA ligase, class IIa / Threonine-tRNA ligase catalytic core domain / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / : / TGS domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Anticodon-binding domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / TGS-like ...Threonine-tRNA ligase, class IIa / Threonine-tRNA ligase catalytic core domain / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / : / TGS domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Anticodon-binding domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / TGS-like / TGS domain profile. / TGS / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Beta-grasp domain superfamily / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1B3 / Threonine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Hilgers, M.T.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Identification of bacteria-selective threonyl-tRNA synthetase substrate inhibitors by structure-based design.
著者: Teng, M. / Hilgers, M.T. / Cunningham, M.L. / Borchardt, A. / Locke, J.B. / Abraham, S. / Haley, G. / Kwan, B.P. / Hall, C. / Hough, G.W. / Shaw, K.J. / Finn, J.
履歴
登録2012年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Threonine--tRNA ligase
B: Threonine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,0006
ポリマ－95,9972
非ポリマー1,0034
水9,800544
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area32870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.181, 110.327, 114.866
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 242 - 638 / Label seq-ID: 3 - 399

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Threonine--tRNA ligase / Threonyl-tRNA synthetase / ThrRS


分子量: 47998.594 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 242-642 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: thrS, b1719, JW1709 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI / 参照: UniProt: P0A8M3, threonine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-1B3 / N-{[3-(4-amino-2-chloroquinazolin-7-yl)phenyl]sulfonyl}-L-threoninamide


分子量: 435.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18ClN5O4S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 544 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: PEG 4000, MPD, sodium citrate, pH 5.9, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.698→50 Å / Num. obs: 104555

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å33.35 Å
Translation2.5 Å33.35 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→33.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 3.794 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2174 5500 5 %RANDOM
Rwork0.1965 ---
obs0.1976 104555 90.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.45 Å2 / Biso mean: 29.667 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→33.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6605 0 60 544 7209
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0196815
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5321.9569186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1675805
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.44923.501357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.29151230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7851562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2953
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215240
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 477 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.742 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.429 158 -
Rwork0.469 2688 -
all-2846 -
obs--32.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6722-0.0461-0.140.368-0.0320.19110.029-0.06660.0196-0.0016-0.00910.02370.0152-0.0028-0.01990.18160.0037-0.0010.1904-0.0140.190218.1175-27.982-17.3637
21.1632-0.8877-0.68531.7036-0.2611.8433-0.1072-0.1684-0.06360.07640.09770.04450.07350.14050.00950.16570.0041-0.01470.20340.01920.185123.8273-36.5061-13.1133
32.884-0.71590.92460.4338-0.340.4657-0.0559-0.0271-0.03710.04410.00480.0377-0.0041-0.03060.05110.1817-0.0049-0.00180.1933-0.00380.201914.6399-32.5941-19.2003
40.9451-0.3941-0.6170.41930.11810.5409-0.01010.1686-0.0739-0.1252-0.0580.07990.0742-0.10930.06810.1918-0.0145-0.01860.2137-0.04380.20098.1243-38.8869-32.1399
51.139-0.9738-0.19592.1480.06151.8914-0.1013-0.1146-0.1260.18050.10780.08830.16970.0523-0.00660.1912-0.03060.01890.1718-0.01060.22011.2361-44.6306-11.5677
60.6111-0.0487-0.80610.8432-0.30961.2909-0.00290.0651-0.09860.01870.00310.05470.0207-0.0745-0.00010.1808-0.0376-0.00280.1758-0.04060.22331.9442-44.9932-21.4331
70.2235-0.108-0.23550.62650.04180.287-0.03420.0084-0.06470.0316-0.02020.06190.0884-0.05980.05440.1808-0.01210.00250.1962-0.01730.22079.2407-38.3197-19.781
812.8646-5.60892.92282.5095-1.86146.3728-0.07670.20320.03330.02440.0035-0.00430.2528-0.67620.07320.0782-0.01270.04760.2988-0.01990.3077-11.6793-22.6073-19.2906
90.2924-0.1218-0.34960.31230.11610.4280.0383-0.0224-0.0109-0.0901-0.0355-0.0803-0.03530.0092-0.00280.21250.00680.02470.18030.00630.219736.9613-31.8412-36.8833
100.8748-0.4241-0.35341.6185-1.15491.8530.0119-0.0432-0.0323-0.2487-0.0676-0.31760.08350.12150.05570.22210.00950.0910.1651-0.02080.258845.5852-35.1886-43.1755
112.31670.8432-1.05383.5449-2.58782.0219-0.320.3207-0.2706-0.3420.2316-0.19820.2073-0.21810.08840.332-0.07590.1940.2147-0.08070.222542.5279-36.4929-50.7696
120.92390.6932-0.43382.0111-0.87191.8636-0.06460.2387-0.1379-0.4176-0.00860.03230.0955-0.06740.07320.2570.0140.0170.1959-0.02450.137430.0625-37.0018-45.6844
130.64860.1530.14880.22020.15830.38020.0611-0.0454-0.0213-0.0384-0.03840.0557-0.00320.0052-0.02270.1864-0.00250.01480.17240.00470.195623.9011-15.0315-17.5017
141.12680.40740.53660.6154-0.35491.15060.0921-0.2199-0.00370.2973-0.14520.0157-0.08320.05090.05310.31230.00690.00890.24530.03280.144429.3773-24.7028-0.2044
151.2845-0.3196-0.67160.31730.35170.73630.0009-0.08130.00730.00940.0288-0.04220.07090.0959-0.02960.17690.00540.00420.208-0.00720.210641.0551-22.623-17.9087
162.1767-1.10310.95021.5515-0.21112.0262-0.1034-0.25720.07130.0210.12020.0474-0.07-0.1227-0.01680.1726-0.00640.03980.2097-0.0240.193522.3677-10.2228-8.2376
170.5939-0.15560.02940.60740.1120.10070.02010.03980.0369-0.0765-0.0016-0.0323-0.07860.0803-0.01860.2006-0.0250.02940.201-0.00110.200739.3762-5.716-23.8804
181.166-0.89390.57012.551-2.1943.4687-0.0021-0.04990.1140.2615-0.1655-0.1196-0.30450.2990.16750.1942-0.07310.00640.198-0.00330.162647.4234-3.6128-8.1837
190.1670.1406-0.21852.5189-2.02662.52210.03310.0114-0.00710.1141-0.0160.0477-0.13770.0425-0.01710.2113-0.04360.03060.1738-0.00770.196741.91960.4367-13.2151
200.11380.15630.02490.48320.3430.39110.0684-0.08370.07860.0122-0.03430.0052-0.09820.1173-0.03410.1728-0.02480.0240.2127-0.00130.237337.52-7.5295-14.0059
2120.24032.2252-13.7756.63145.109616.24820.37240.11810.07780.11760.5267-0.726-0.22560.5049-0.89910.0270.04330.01570.4231-0.03750.325260.8349-22.2449-19.6607
221.325-0.51220.02950.4520.08530.120.01930.0220.0385-0.0111-0.0290.0168-0.10140.06050.00970.203-0.01090.02050.1794-0.0050.216329.1356-7.2305-20.204
230.4785-0.07920.01071.0003-0.17520.504-0.00860.02780.0567-0.1067-0.00380.1150.05420.03440.01230.20480.0308-0.02410.16540.01070.20975.4591-7.4799-41.7474
244.1194-2.09560.7418.6557-1.3686.0330.02650.50580.28510.2873-0.2926-0.3301-0.56590.10680.26610.20090.0320.00770.21150.04460.174622.4859-2.8556-38.8297
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A242 - 357
2X-RAY DIFFRACTION2A358 - 373
3X-RAY DIFFRACTION3A374 - 389
4X-RAY DIFFRACTION4A390 - 418
5X-RAY DIFFRACTION5A419 - 432
6X-RAY DIFFRACTION6A433 - 465
7X-RAY DIFFRACTION7A466 - 499
8X-RAY DIFFRACTION8A500 - 507
9X-RAY DIFFRACTION9A508 - 582
10X-RAY DIFFRACTION10A583 - 601
11X-RAY DIFFRACTION11A602 - 619
12X-RAY DIFFRACTION12A620 - 650
13X-RAY DIFFRACTION13B242 - 312
14X-RAY DIFFRACTION14B313 - 326
15X-RAY DIFFRACTION15B327 - 360
16X-RAY DIFFRACTION16B361 - 380
17X-RAY DIFFRACTION17B381 - 418
18X-RAY DIFFRACTION18B419 - 445
19X-RAY DIFFRACTION19B446 - 466
20X-RAY DIFFRACTION20B467 - 498
21X-RAY DIFFRACTION21B499 - 505
22X-RAY DIFFRACTION22B506 - 531
23X-RAY DIFFRACTION23B532 - 632
24X-RAY DIFFRACTION24B633 - 639

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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