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万見
- PDB-4hwn: Crystal structure of the second Ig-C2 domain of human Fc-receptor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hwn
タイトルCrystal structure of the second Ig-C2 domain of human Fc-receptor like A (FCRLA), Isoform 9 [NYSGRC-005836]
要素Fc receptor-like A
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / FCRLA / FCRL / Ig-C2 domain / Ig superfamily / Structural genomics (構造ゲノミクス) / PSI-biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network / IFN
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane => GO:0005886 / transmembrane signaling receptor activity / cell surface receptor signaling pathway / 細胞分化 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fc receptor-like A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.006 Å
データ登録者Kumar, P.R. / Ahmed, M. / Bhosle, R. / Calarese, D. / Celikigil, A. / Chan, M.K. / Fiser, A. / Garforth, S. / Glenn, A.S. / Hillerich, B. ...Kumar, P.R. / Ahmed, M. / Bhosle, R. / Calarese, D. / Celikigil, A. / Chan, M.K. / Fiser, A. / Garforth, S. / Glenn, A.S. / Hillerich, B. / Khafizov, K. / Love, J. / Patel, H. / Rubinstein, R. / Seidel, R. / Stead, M. / Toro, R. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network (IFN)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of the second Ig-C2 domain of the human Fc-receptor like A, Isoform 9 [NYSGRC-005836]
著者: Kumar, P.R. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C.
履歴
登録2012年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fc receptor-like A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9491
ポリマ－11,9491
非ポリマー00
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.198, 35.517, 73.883
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 Fc receptor-like A / Fc receptor homolog expressed in B-cells / Fc receptor-like and mucin-like protein 1 / Fc receptor- ...Fc receptor homolog expressed in B-cells / Fc receptor-like and mucin-like protein 1 / Fc receptor-like protein / Fc receptor-related protein X / FcRX


分子量: 11949.231 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 169-264 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: FCRL, FCRL1, FCRLA, FCRLM1, FCRX, FREB, UNQ291/PRO329
プラスミド: pIEX / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q7L513
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol; Reservoir (0.1M Sodium Cacodylate pH 6.5, 0.2M Sodium Chloride, 2M Ammonium Sulfate); Cryoprotection (Reservoir + 2M Lithium Sulfate), ...詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol; Reservoir (0.1M Sodium Cacodylate pH 6.5, 0.2M Sodium Chloride, 2M Ammonium Sulfate); Cryoprotection (Reservoir + 2M Lithium Sulfate), Sitting Drop Vapor Diffusion, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月18日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 5840 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 0.958 / Net I/σ(I): 31.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.0311.20.2132881.0061100
2.03-2.0710.80.1962820.9531100
2.07-2.1111.20.2062801.029198.6
2.11-2.1511.10.1622861.0541100
2.15-2.211.20.162861.0071100
2.2-2.2510.90.1622871.087199
2.25-2.31110.1462810.9451100
2.31-2.3710.80.1213051.043199.7
2.37-2.4411.10.1192750.9991100
2.44-2.52110.1232901.0271100
2.52-2.6110.80.0982950.9361100
2.61-2.7110.70.0922820.925199.6
2.71-2.8410.70.0892980.977199.7
2.84-2.9910.60.0722890.8991100
2.99-3.1710.50.0642940.841199
3.17-3.4210.20.0563000.836198.4
3.42-3.769.70.0512810.86197.2
3.76-4.319.50.0482970.783194.9
4.31-5.439.30.0482980.775197.1
5.43-509.40.0593461.098198

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3RJD

3rjd


解像度: 2.006→36.941 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.39 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2287 248 4.57 %RANDOM
Rwork0.1843 ---
obs0.1863 5430 92.17 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.55 Å2 / Biso mean: 20.0865 Å2 / Biso min: 5.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.006→36.941 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数663 0 0 58 721
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007699
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.049950
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069101
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005127
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.177260
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0061-2.52750.28651080.18772354246286
2.5275-36.94770.2121400.18312828296898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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