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- PDB-4huq: Crystal Structure of a transporter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4huq
タイトルCrystal Structure of a transporter
要素
  • Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA 1
  • Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA 2
  • Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT
  • Uncharacterized protein
キーワードHYDROLASE / transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


トランスロカーゼ / transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / ECF transporter S component, folate family / ECF transporter, substrate-specific component / ECF transporter transmembrane protein EcfT / ECF transporter, substrate-specific component / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 - #20 / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2 / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1 / ABC/ECF transporter, transmembrane component / Cobalt transport protein ...: / ECF transporter S component, folate family / ECF transporter, substrate-specific component / ECF transporter transmembrane protein EcfT / ECF transporter, substrate-specific component / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 - #20 / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2 / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1 / ABC/ECF transporter, transmembrane component / Cobalt transport protein / Cobalt import ATP-binding protein cbiO. / : / ABC transporter, CbiO/EcfA subunit / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1 / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2 / Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT / Folate family ECF transporter S component
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus brevis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.998 Å
データ登録者Zhang, P. / Xu, K. / Zhang, M. / Zhao, Q. / Yu, F.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of a folate energy-coupling factor transporter from Lactobacillus brevis.
著者: Xu, K. / Zhang, M. / Zhao, Q. / Yu, F. / Guo, H. / Wang, C. / He, F. / Ding, J. / Zhang, P.
履歴
登録2012年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月1日Group: Database references
改定 1.22013年5月22日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA 1
B: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA 2
S: Uncharacterized protein
T: Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,1284
ポリマ－114,1284
非ポリマー00
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12420 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area42460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.608, 149.004, 170.855
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA 1 / ECF transporter A component EcfA 1


分子量: 32176.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus brevis (バクテリア)
株: ATCC 367 / JCM 1170 / 遺伝子: cbiO1, ecfA1, LVIS_1661, unknown transporter / プラスミド: pETDuet/pRSFDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q03PY6, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#2: タンパク質 Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA 2 / ECF transporter A component EcfA 2


分子量: 30550.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus brevis (バクテリア)
株: ATCC 367 / JCM 1170 / 遺伝子: ecfA2, cbiO2, LVIS_1662 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q03PY5, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#3: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 19461.590 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 4-177 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus brevis (バクテリア)
株: ATCC 367 / JCM 1170 / 遺伝子: LVIS_0823 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q03S56
#4: タンパク質 Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT / ECF transporter T component EcfT


分子量: 31939.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus brevis (バクテリア)
株: ATCC 367 / JCM 1170 / 遺伝子: ecfT, LVIS_1660 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q03PY7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.8
詳細: 0.1 M Tris, 20% PEG2000, pH 7.8, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRF BL17U10.97923
シンクロトロンSSRF BL17U21.07027
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2012年1月1日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2012年1月1日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979231
21.070271
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 41389

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.998→38.906 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 1.04 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2642 2090 5.06 %
Rwork0.2149 --
obs0.2173 41331 98.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 86.23 Å2 / ksol: 0.296 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 340.23 Å2 / Biso mean: 116.2358 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.4888 Å20 Å2-0 Å2
2--22.245 Å2-0 Å2
3----13.5446 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.998→38.906 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7575 0 0 26 7601
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097715
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3410482
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0851249
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061316
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9212793
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9984-3.06810.47151430.40432543268698
3.0681-3.14480.35521400.33892604274499
3.1448-3.22980.35191510.30126252776100
3.2298-3.32480.31031430.26925992742100
3.3248-3.4320.31611410.255426102751100
3.432-3.55460.30911460.211826212767100
3.5546-3.69680.25781420.18832616275899
3.6968-3.86490.24811300.190826472777100
3.8649-4.06850.24871520.195426192771100
4.0685-4.32310.22721500.165126222772100
4.3231-4.65640.20181320.15926782810100
4.6564-5.1240.18891370.163826782815100
5.124-5.86330.27471230.202126922815100
5.8633-7.37890.2851470.2622700284799
7.3789-38.90910.28531130.2382387250083
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -16.759 Å / Origin y: -25.6847 Å / Origin z: 29.336 Å
111213212223313233
T0.6038 Å2-0.0112 Å20.0014 Å2-0.9056 Å2-0.0811 Å2--0.6365 Å2
L1.3953 °20.4117 °20.6258 °2-1.7765 °21.045 °2--1.7633 °2
S0.2118 Å °-0.6592 Å °0.193 Å °0.4646 Å °-0.2275 Å °0.0729 Å °0.0663 Å °-0.4803 Å °0.023 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 285
2X-RAY DIFFRACTION1allB3 - 277
3X-RAY DIFFRACTION1allS9 - 173
4X-RAY DIFFRACTION1allT6 - 262
5X-RAY DIFFRACTION1allA - S1 - 209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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