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- PDB-4hun: MATE transporter NorM-NG in complex with R6G and monobody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hun
タイトルMATE transporter NorM-NG in complex with R6G and monobody
要素
  • Multidrug efflux protein
  • protein B
キーワードTRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cell-substrate junction assembly / proteoglycan binding / extracellular matrix structural constituent / cell-matrix adhesion / integrin binding
類似検索 - 分子機能
: / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RHODAMINE 6G / : / Protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 3.59 Å
データ登録者Lu, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structures of a Na+-coupled, substrate-bound MATE multidrug transporter.
著者: Lu, M. / Symersky, J. / Radchenko, M. / Koide, A. / Guo, Y. / Nie, R. / Koide, S.
履歴
登録2012年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月6日Group: Database references
改定 1.22021年4月28日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_caveat / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id ..._struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug efflux protein
B: protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0783
ポリマ－60,6352
非ポリマー4441
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Multidrug efflux protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1612
ポリマ－49,7181
非ポリマー4441
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9171
ポリマ－10,9171
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.234, 117.234, 226.218
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Multidrug efflux protein


分子量: 49717.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 遺伝子: NGTW08_0430 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E8SM44
#2: タンパク質 protein B


分子量: 10916.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M1E1G6*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-RHQ / RHODAMINE 6G


分子量: 443.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H31N2O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 7.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 83.38 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: PEG, pH 8, VAPOR DIFFUSION, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日
放射モノクロメーター: 1 A / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.59→60 Å / Num. all: 22000 / Num. obs: 21652 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 3.59→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 99.088 / SU ML: 0.579 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.22 / ESU R Free: 0.544
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32747 1104 5.1 %RANDOM
Rwork0.30593 ---
obs0.30704 20561 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 178.253 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.96 Å23.48 Å20 Å2
2--6.96 Å20 Å2
3----10.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.59→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4215 0 33 0 4248
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.024370
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3281.9625953
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg13.575548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.34721.788151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg27.22115658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4131520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1790.2670
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0213259
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.588→3.678 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.426 68 -
Rwork0.44 1317 -
obs--98.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.86190.49171.99110.3180.99083.3990.05050.4905-0.2409-0.0307-0.01290.0161-0.19490.3828-0.03760.2428-0.0757-0.00130.795-0.01150.48517.7106-48.751726.8693
20.88050.9648-1.82193.0525-1.49413.943-0.0684-0.2513-0.05140.04250.0115-0.15660.12790.41370.0570.23380.2789-0.02640.8427-0.030.3962-31.7732-59.52828.6106
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 463
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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