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万見
- PDB-4huc: Crystal structure of LdtMt2, a L,D-transpeptidase from Mycobacter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4huc
タイトルCrystal structure of LdtMt2, a L,D-transpeptidase from Mycobacterium tuberculosis: domain B and C
要素PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPPS
キーワードUNKNOWN FUNCTION / extracellular / Transpeptidase / Peptidoglycan remodeling / periplasmic
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-based cell wall biogenesis / peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan metabolic process / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / acyltransferase activity / peptidoglycan-based cell wall / cell wall organization / regulation of cell shape / extracellular region ...peptidoglycan-based cell wall biogenesis / peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan metabolic process / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / acyltransferase activity / peptidoglycan-based cell wall / cell wall organization / regulation of cell shape / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3710 / Bacterial Ig domain, transpeptidase-associated / Bacterial Ig domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / : / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain ...Immunoglobulin-like - #3710 / Bacterial Ig domain, transpeptidase-associated / Bacterial Ig domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / : / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / L,D-transpeptidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Both, D. / Steiner, E. / Lindqvist, Y. / Schnell, R. / Schneider, G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure of LdtMt2, an L,D-transpeptidase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Both, D. / Steiner, E.M. / Stadler, D. / Lindqvist, Y. / Schnell, R. / Schneider, G.
履歴
登録2012年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月15日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPPS
B: PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPPS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,77216
ポリマ－57,0172
非ポリマー75514
水8,647480
1
A: PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPPS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,00410
ポリマ－28,5091
非ポリマー4959
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPPS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7686
ポリマ－28,5091
非ポリマー2595
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.027, 121.430, 123.298
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-773-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 149 - 407 / Label seq-ID: 3 - 261

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPPS


分子量: 28508.646 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 149-408 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: lppS, MT2594, Rv2518c / プラスミド: pNIC28Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O53223
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 3 M NaOAc pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月25日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→86.5 Å / Num. obs: 71548 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 3.2 / Observed criterion σ(I): 3.2 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065
反射 シェル解像度: 1.86→1.96 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 87.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.86→58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 3.713 / SU ML: 0.058 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18772 3609 5 %RANDOM
Rwork0.1651 ---
obs0.16624 67939 98.08 %-
all-71549 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.897 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.14 Å20 Å2-0 Å2
2---1 Å2-0 Å2
3----1.14 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.099 Å0.101 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3998 0 50 480 4528
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.024195
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6191.925731
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.035531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.32124.249193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.26215609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9051522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2614
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 357 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.862→1.91 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 192 -
Rwork0.254 4001 -
obs--81.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7840.5921-0.20641.1858-0.15660.3491-0.08990.0123-0.0585-0.16980.0486-0.2077-0.00610.04030.04130.029-0.01010.03240.0153-0.00890.07377.31718.92532.817
20.7940.3474-0.48420.3278-0.28241.0026-0.05330.04180.0149-0.01240.04440.05050.1379-0.19340.0090.0225-0.03040.0090.0732-0.00810.0259-36.3251.13549.896
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A148 - 408
2X-RAY DIFFRACTION2B150 - 408

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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