PDB-4hty: Crystal Structure of a metagenome-derived cellulase Cel5A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hty

タイトル

Crystal Structure of a metagenome-derived cellulase Cel5A

要素

Cellulase

キーワード

HYDROLASE / (alpha/beta)8 barrel / family 5 endoglucanase

機能・相同性

機能・相同性情報

glucan catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
類似検索 - 分子機能

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Zhuang, N. / Lee, K.H.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure and substrate-binding mode of cellulase Cel5A from a metagenome library
著者: Zhuang, N. / Lee, K.H.

履歴

登録	2012年11月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年12月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hty.cif.gz	150.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hty.ent.gz	118.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hty.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hty_validation.pdf.gz	447.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hty_full_validation.pdf.gz	458 KB	表示
XML形式データ	4hty_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	4hty_validation.cif.gz	25.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/4hty ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/4hty	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hu0
類似構造データ	4hu0-d 1eyw-d 6g3l-d 2psh-1 6g1j-d 5ag3-1 2r1m-d 4h6t-d 6fwe-d 6fw1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cellulase

ヘテロ分子

42.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.771, 137.771, 137.771
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-738- HOH
2	1	A-807- HOH

#1: タンパク質	Cellulase 分子量: 41677.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: I6PLH5
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 291 K / pH: 6.5 詳細: PEG4000, MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.97916, 0.97933, 0.96394

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月29日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97916	1
2	0.97933	1
3	0.96394	1

反射

解像度: 2→30 Å / Num. obs: 59067 / % possible obs: 99.9 %

反射シェル

解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→28.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 3.779 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.169	2974	5.1 %	RANDOM
R_work	0.154	-	-	-
obs	0.155	55884	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→28.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2707	0	30	150	2887

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.041	0.022	2818
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.798	1.917	3825
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.768	5	329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.528	23.836	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.459	15	441
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.431	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.295	0.2	385
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.018	0.021	2206
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.978	1.5	1645
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.434	2	2661
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.97	3	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.94	4.5	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.203	198	-
R_work	0.181	4094	-
obs	-	-	99.74 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 83.5485 Å / Origin y: 60.5772 Å / Origin z: 94.315 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0414 Å²	-0.0002 Å²	-0.0063 Å²	-	0.0353 Å²	0.0368 Å²	-	-	0.0483 Å²
L	0.252 °²	-0.0938 °²	0.0986 °²	-	0.3347 °²	-0.2084 °²	-	-	0.5428 °²
S	0.0143 Å °	-0.0093 Å °	-0.0038 Å °	-0.0198 Å °	-0.0374 Å °	-0.025 Å °	0.0137 Å °	-0.0195 Å °	0.0231 Å °

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関連情報:EMDBヘッダ

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