PDB-4ht9: Crystal structure of E coli Hfq bound to two RNAs

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ht9

タイトル

Crystal structure of E coli Hfq bound to two RNAs

要素

Protein hfq
RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
RNA (5'-R(*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*A)-3')

キーワード

RNA BINDING PROTEIN/RNA / Hfq / DsrA / rpoS / Sm fold / RNA chaperone / single stranded RNA / cytoplasmic / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of DNA-templated transcription / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Wang, W.W. / Wang, L.J.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Hfq-bridged ternary complex is important for translation activation of rpoS by DsrA.
著者: Wang, W. / Wang, L. / Wu, J. / Gong, Q. / Shi, Y.

履歴

登録	2012年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.2	2013年6月26日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ht9.cif.gz	98 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ht9.ent.gz	75 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ht9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/4ht9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/4ht9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ht8C 1hk9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ht8-d 5new-1 3rer-d 3res-1 4nla-1 5g24-d 3res-2 3qo3-d 3gib-1 4qvd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein hfq

B: Protein hfq

C: Protein hfq

D: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

E: RNA (5'-R(*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*A)-3')

26.7 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein hfq

B: Protein hfq

C: Protein hfq

D: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

E: RNA (5'-R(*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*A)-3')

A: Protein hfq

B: Protein hfq

C: Protein hfq

D: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

E: RNA (5'-R(*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*A)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.4 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.590, 38.280, 84.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

#1: タンパク質	Protein hfq / HF-1 / Host factor-I protein 分子量: 7325.554 Da / 分子数: 3 / 断片: Sm fold / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: B / BL21-DE3 / 遺伝子: B21_04001, ECBD_3862, ECD_04039, hfq / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C6ECV6, UniProt: A0A140NGK1*PLUS
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(APAPAPAPAPAPA)-3') 分子量: 2259.483 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in E. coli / 由来: (合成) Homo sapiens* (ヒト)
#3: RNA鎖	RNA (5'-R(APUPUPUPUPUPUPA)-3') 分子量: 2450.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in E. coli / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.02 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 100 mM NaCl, 100 mM Cacodylate, 12% PEG 8000, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月24日

放射

モノクロメーター: Plane Grating / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→49.244 Å / Num. all: 17910 / Num. obs: 17910 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.5 % / R_sym value: 0.057 / Net I/σ(I): 18.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
1.8-1.9	6.6	0.268	2.7	0.268	1	99
1.9-2.01	6.6	0.173	4.1	0.173	1	98.8
2.01-2.15	6.6	0.119	5.8	0.119	1	98.8
2.15-2.32	6.6	0.091	7.4	0.091	1	98.6
2.32-2.55	6.4	0.069	9.7	0.069	1	98.8
2.55-2.85	6.4	0.059	10.9	0.059	1	99.3
2.85-3.29	6.1	0.051	11.4	0.051	1	97.9
3.29-4.02	5.8	0.052	11.1	0.052	1	95.2
4.02-5.69	6.9	0.031	18.3	0.031	1	100
5.69-30.295	6.6	0.026	20.9	0.026	1	98.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	30.3 Å
Translation	2.5 Å	30.3 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHASER	2.2.1	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HK9

1hk9

解像度: 1.8→30.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / SU B: 5.921 / SU ML: 0.086 / SU R Cruickshank DPI: 0.1516 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22061	916	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18384	-	-	-
obs	0.18572	16985	98.33 %	-
all	-	18193	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.221 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.94 Å²	0 Å²	-1.15 Å²
2-	-	1.88 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1440	191	0	162	1793

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.018	1734
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.431	1.878	2396
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.044	5	193
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.904	23.636	66
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.624	15	280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.217	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	284
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.602	1.5	937
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.135	2	1542
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.62	3	797
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.612	4.5	848
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	79	-
R_work	0.212	1247	-
obs	-	-	98.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3864	0.0814	-0.2231	0.4093	-0.2958	2.7118	0.0612	-0.0008	0.0174	-0.0101	0.0362	0.0353	0.0521	-0.1687	-0.0975	0.0328	0.0014	0.0131	0.0141	0.0186	0.0638	13.601	0.2599	9.5822
2	2.0131	-0.6113	0.4406	1.1534	-0.5373	1.9452	0.0229	-0.1087	-0.104	0.1015	0.0207	0.0018	0.0267	0.0555	-0.0435	0.0462	0.0069	0.0076	0.0107	0.0074	0.0544	29.939	-0.3982	18.7951
3	2.4295	0.2461	-0.1099	0.9631	-0.0881	2.1951	-0.0526	0.2621	0.0262	-0.0017	0.1553	0.0383	0.0751	-0.2138	-0.1027	0.0094	-0.0186	-0.009	0.0775	0.0352	0.036	13.9433	0.098	-9.6228
4	4.1979	-1.0157	2.703	0.7739	-0.0297	2.6628	-0.158	0.157	0.4992	-0.1835	0.0631	-0.1922	-0.4661	0.1345	0.0949	0.1621	-0.0023	0.0836	0.0625	0.0708	0.1861	23.0954	14.2697	9.1037

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 65
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 65
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	6 - 65
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 7

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