ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB MOSFLMデータ削減 Show SCALA3.3.16データスケーリング Show PHASER2.2.1位相決定 Show REFMAC精密化 Show PDB_EXTRACT3.11 データ抽出 Show HKL-2000データ収集
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB ENTRY 1HK9解像度 : 1.8→30.31 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.956 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.93 / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 0.38 / SU B : 5.921 / SU ML : 0.086 / SU R Cruickshank DPI : 0.1516 / 交差検証法 : THROUGHOUT / ESU R : 0.148 / ESU R Free : 0.134 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUTRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.22061 916 5.1 % RANDOM Rwork 0.18384 - - - obs 0.18572 16985 98.33 % - all - 18193 - -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso mean : 22.221 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.94 Å2 0 Å2 -1.15 Å2 2- - 1.88 Å2 0 Å2 3- - - -0.94 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.8→30.31 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1440 191 0 162 1793
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 33) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.009 0.018 1734 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_dX-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.431 1.878 2396 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_degX-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.044 5 193 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg31.904 23.636 66 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg15.624 15 280 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg20.217 15 12 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.095 0.2 284 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.008 0.021 1212 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_otherX-RAY DIFFRACTION r_nbd_refinedX-RAY DIFFRACTION r_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_nbtor_refinedX-RAY DIFFRACTION r_nbtor_otherX-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refinedX-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it0.602 1.5 937 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it1.135 2 1542 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it1.62 3 797 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it2.612 4.5 848 X-RAY DIFFRACTION r_rigid_bond_restrX-RAY DIFFRACTION r_sphericity_freeX-RAY DIFFRACTION r_sphericity_bonded
LS精密化 シェル 解像度 : 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.27 79 - Rwork 0.212 1247 - obs - - 98.88 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 4) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 1.3864 0.0814 -0.2231 0.4093 -0.2958 2.7118 0.0612 -0.0008 0.0174 -0.0101 0.0362 0.0353 0.0521 -0.1687 -0.0975 0.0328 0.0014 0.0131 0.0141 0.0186 0.0638 13.601 0.2599 9.5822 2 2.0131 -0.6113 0.4406 1.1534 -0.5373 1.9452 0.0229 -0.1087 -0.104 0.1015 0.0207 0.0018 0.0267 0.0555 -0.0435 0.0462 0.0069 0.0076 0.0107 0.0074 0.0544 29.939 -0.3982 18.7951 3 2.4295 0.2461 -0.1099 0.9631 -0.0881 2.1951 -0.0526 0.2621 0.0262 -0.0017 0.1553 0.0383 0.0751 -0.2138 -0.1027 0.0094 -0.0186 -0.009 0.0775 0.0352 0.036 13.9433 0.098 -9.6228 4 4.1979 -1.0157 2.703 0.7739 -0.0297 2.6628 -0.158 0.157 0.4992 -0.1835 0.0631 -0.1922 -0.4661 0.1345 0.0949 0.1621 -0.0023 0.0836 0.0625 0.0708 0.1861 23.0954 14.2697 9.1037
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A6 - 65 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B4 - 65 3 X-RAY DIFFRACTION 3 C6 - 65 4 X-RAY DIFFRACTION 4 D1 - 7