PDB-4ht8: Crystal structure of E coli Hfq bound to poly(A) A7

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ht8

タイトル

Crystal structure of E coli Hfq bound to poly(A) A7

要素

Protein hfq
RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

キーワード

RNA BINDING PROTEIN/RNA / Hfq / poly(A) / Sm Fold / RNA chaperone / single stranded RNA / cytoplasmic / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of DNA-templated transcription / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Wang, W.W. / Wang, L.J.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Hfq-bridged ternary complex is important for translation activation of rpoS by DsrA.
著者: Wang, W. / Wang, L. / Wu, J. / Gong, Q. / Shi, Y.

履歴

登録	2012年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.2	2013年6月26日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ht8.cif.gz	168.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ht8.ent.gz	134.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ht8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ht8_validation.pdf.gz	495.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ht8_full_validation.pdf.gz	501.2 KB	表示
XML形式データ	4ht8_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	4ht8_validation.cif.gz	25.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/4ht8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/4ht8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ht9C 1hk9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ht9-1 3res-1 3res-2 3qsu-1 4qvd-d 3qo3-d 4qvc-d 3rer-d 5g24-d 3qsu-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein hfq

B: Protein hfq

C: Protein hfq

D: Protein hfq

E: Protein hfq

F: Protein hfq

I: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

K: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

48.5 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.990, 40.710, 100.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.360, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Protein hfq / HF-1 / Host factor-I protein 分子量: 7325.554 Da / 分子数: 6 / 断片: Sm fold / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: B / BL21-DE3 / 遺伝子: B21_04001, ECBD_3862, ECD_04039, hfq / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C6ECV6, UniProt: A0A140NGK1*PLUS
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(APAPAPAPAPAPA)-3') 分子量: 2259.483 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in E. coli / 由来: (合成) Homo sapiens* (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.02 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9 詳細: 200 mM NH4Ac, 100 Tris, 26% 2-propanol, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月4日

放射

モノクロメーター: plane grating / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→98.874 Å / Num. all: 45603 / Num. obs: 45603 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 35 Å² / R_sym value: 0.059 / Net I/σ(I): 12.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.7-1.79	3.7	0.214	3.5	24392	6644	0.214	100
1.79-1.9	3.7	0.141	5.2	23077	6297	0.141	100
1.9-2.03	3.6	0.105	6.2	21620	5942	0.105	100
2.03-2.19	3.6	0.081	7.7	19965	5513	0.081	99.9
2.19-2.4	3.6	0.069	9	18357	5111	0.069	99.9
2.4-2.69	3.6	0.058	10	16651	4611	0.058	99.9
2.69-3.1	3.7	0.073	7.6	15216	4123	0.073	100
3.1-3.8	3.7	0.063	9.3	12903	3451	0.063	100
3.8-5.38	3.6	0.043	13.8	9360	2624	0.043	96.6
5.38-31.15	3.4	0.037	15.3	4312	1287	0.037	83.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 45.25 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.7 Å	31.15 Å
Translation	1.7 Å	31.15 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.15	データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HK9

1hk9

解像度: 1.9→98.87 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / WR_factor R_free: 0.2732 / WR_factor R_work: 0.2141 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8644 / SU B: 6.709 / SU ML: 0.092 / SU R Cruickshank DPI: 0.1575 / SU R_free: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 6.2 / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2314	1651	5 %	RANDOM
R_work	0.1895	-	-	-
all	0.269	33093	-	-
obs	0.1917	32695	98.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 61.7 Å² / B_iso mean: 33.147 Å² / B_iso min: 2.35 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.59 Å²	0 Å²	0.12 Å²
2-	-	0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→98.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2764	282	0	180	3226

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	3197
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.345	2.086	4422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.076	5	375
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.062	25.229	109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.42	15	484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.763	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	549
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2250
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.611	1.5	1855
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.075	2	3029
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.651	3	1342
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.587	4.5	1388

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.251	141	-
R_work	0.192	2294	-
all	-	2435	-
obs	-	-	99.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9926	-0.5664	-1.4618	2.1649	1.0526	3.3403	-0.0052	-0.0688	0.0513	0.2721	-0.0006	-0.1316	-0.0402	0.1435	0.0058	0.1999	0.008	-0.0381	0.0093	0.0046	0.088	21.2948	4.3812	41.8959
2	4.2389	-0.9382	0.0824	1.821	0.3068	4.0071	-0.0234	-0.0209	-0.0393	0.2459	-0.1346	0.2694	-0.1363	-0.5153	0.158	0.1292	0.0412	0.0528	0.0923	-0.0388	0.1215	3.9691	3.1112	36.8556
3	4.1093	-2.0239	0.8036	2.846	0.9107	6.2962	0.0051	0.4599	-0.2758	0.1026	-0.4054	0.5071	-0.0084	-0.817	0.4003	0.0197	0.0353	-0.0078	0.2988	-0.1414	0.1679	-0.6664	-0.0199	19.3321
4	5.0102	-0.6853	-2.5953	3.2736	0.6876	5.121	0.0705	1.09	-0.128	-0.3148	-0.2329	0.2013	-0.0909	-0.5384	0.1624	0.0698	0.0897	-0.0552	0.3937	-0.0724	0.056	12.3586	-3.1056	6.8276
5	4.7186	-0.0002	-0.6271	1.7457	0.3852	4.1983	0.0991	0.532	0.027	-0.0859	-0.021	-0.1408	-0.1353	0.3993	-0.078	0.0503	0.057	0.0217	0.2028	-0.0013	0.0595	29.5797	-2.6405	11.4396
6	2.5143	0.2683	0.2049	3.0382	1.4456	6.1694	-0.0182	0.0486	0.0538	0.1018	0.2251	-0.5384	-0.0936	0.8502	-0.2069	0.0525	0.0102	-0.0361	0.1306	-0.0287	0.1633	34.501	1.3479	28.923
7	3.4352	-0.7766	-2.7481	0.9603	0.443	4.7532	-0.1553	0.1417	-0.4695	0.2364	-0.0824	0.0349	0.5424	0.1297	0.2377	0.2922	0.0584	-0.0286	0.0443	-0.0149	0.2618	25.2277	-12.0511	33.7127

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 65
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 65
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	6 - 65
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	5 - 65
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	6 - 65
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	6 - 65
7	X-RAY DIFFRACTION	7	I	1 - 7

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関連情報:EMDBヘッダ

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