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- PDB-4ht1: Human TWEAK in complex with the Fab fragment of a neutralizing an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ht1
タイトルHuman TWEAK in complex with the Fab fragment of a neutralizing antibody
要素
  • (chimeric antibody Fab) x 2
  • Tumor necrosis factor ligand superfamily member 12
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody Fab / TNF homology domain / cytokine / Tweak receptor / membrane bound / extracellular THD domain
機能・相同性
機能・相同性情報


TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / endothelial cell migration / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of endothelial cell proliferation / cytokine activity / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / positive regulation of protein catabolic process / positive regulation of angiogenesis ...TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / endothelial cell migration / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of endothelial cell proliferation / cytokine activity / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / positive regulation of protein catabolic process / positive regulation of angiogenesis / angiogenesis / cell differentiation / immune response / receptor ligand activity / signaling receptor binding / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...: / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.498 Å
データ登録者Lammens, A.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of Human TWEAK in Complex with the Fab Fragment of a Neutralizing Antibody Reveals Insights into Receptor Binding.
著者: Lammens, A. / Baehner, M. / Kohnert, U. / Niewoehner, J. / von Proff, L. / Schraeml, M. / Lammens, K. / Hopfner, K.P.
履歴
登録2012年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.22024年10月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
T: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 12
H: chimeric antibody Fab
L: chimeric antibody Fab


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8023
ポリマ－64,8023
非ポリマー00
水1,802100
1
T: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 12
H: chimeric antibody Fab
L: chimeric antibody Fab

T: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 12
H: chimeric antibody Fab
L: chimeric antibody Fab

T: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 12
H: chimeric antibody Fab
L: chimeric antibody Fab


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,4059
ポリマ－194,4059
非ポリマー00
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.630, 101.630, 57.582
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3

-
要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 12 / APO3 ligand / TNF-related weak inducer of apoptosis / TWEAK / Tumor necrosis factor ligand ...APO3 ligand / TNF-related weak inducer of apoptosis / TWEAK / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 12 / membrane form / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 12 / secreted form


分子量: 17095.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43508
#2: 抗体 chimeric antibody Fab


分子量: 24084.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: chimeric antibody / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#3: 抗体 chimeric antibody Fab


分子量: 23621.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: chimeric antibody / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 30% Ethanol, 10% PEG6000, 100 mM Sodium Acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.933 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -k,-h,-l / Fraction: 0.4
反射解像度: 2.498→29.338 Å / Num. all: 22932 / Num. obs: 22932 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 84796 / Observed criterion σ(I): 84796

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.498→29.338 Å / σ(F): 2.17 / 位相誤差: 40.78 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2111 2296 10.01 %
Rwork0.1834 --
obs0.1879 22932 99.53 %
all-22932 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1128 Å20 Å2-0 Å2
2--0.1128 Å2-0 Å2
3----0.5803 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.498→29.338 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4265 0 0 100 4365
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0134379
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6255955
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9341542
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.103672
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011759
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4981-2.55240.34221310.27611170X-RAY DIFFRACTION86
2.5524-2.61170.33011490.27081344X-RAY DIFFRACTION90
2.6117-2.6770.29831410.25641272X-RAY DIFFRACTION90
2.677-2.74930.29171470.2481320X-RAY DIFFRACTION90
2.7493-2.83020.26061410.24041269X-RAY DIFFRACTION90
2.8302-2.92140.24111430.22651293X-RAY DIFFRACTION90
2.9214-3.02570.26171470.22861318X-RAY DIFFRACTION90
3.0257-3.14670.21771440.1981293X-RAY DIFFRACTION90
3.1467-3.28980.21341420.19281278X-RAY DIFFRACTION90
3.2898-3.46290.22651450.17821311X-RAY DIFFRACTION90
3.4629-3.67950.2051420.16641280X-RAY DIFFRACTION90
3.6795-3.96290.16651440.16061292X-RAY DIFFRACTION90
3.9629-4.36050.16151460.14251314X-RAY DIFFRACTION90
4.3605-4.98860.14731420.12881282X-RAY DIFFRACTION90
4.9886-6.27440.18431450.15851301X-RAY DIFFRACTION90
6.2744-28.80670.19021450.15871300X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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