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- PDB-4hsv: Crystal Structure of CXCL4L1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hsv
タイトルCrystal Structure of CXCL4L1
要素Platelet factor 4 variant
キーワードANTITUMOR PROTEIN / ANTI-ANGIOGENESIS / HEPARIN / EXTRACELLULAR
機能・相同性
機能・相同性情報


CXCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / chemokine activity / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / neutrophil chemotaxis / Cell surface interactions at the vascular wall / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / heparin binding / cellular response to lipopolysaccharide / inflammatory response / extracellular space
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 ...CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Platelet factor 4 variant
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.083 Å
データ登録者Kuo, J.H. / Liu, J.S. / Wu, W.G. / Sue, S.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Alternative C-terminal helix orientation alters chemokine function: structure of the anti-angiogenic chemokine, CXCL4L1
著者: Kuo, J.H. / Chen, Y.P. / Liu, J.S. / Dubrac, A. / Quemener, C. / Prats, H. / Bikfalvi, A. / Wu, W.G. / Sue, S.C.
履歴
登録2012年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月31日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Platelet factor 4 variant
B: Platelet factor 4 variant
C: Platelet factor 4 variant
D: Platelet factor 4 variant


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8174
ポリマ－31,8174
非ポリマー00
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.672, 55.180, 68.134
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Platelet factor 4 variant / C-X-C motif chemokine 4 variant / CXCL4L1 / PF4alt / PF4var1 / Platelet factor 4 variant(5-74)


分子量: 7954.357 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PF4V1, CXCL4V1, SCYB4V1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10720
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.98 %
結晶化温度: 291 K / 手法: vapor batch / pH: 8
詳細: 0.1M Tris, 0.2M Sodium citrate, 20% PEG 400, 26% Isopropanol, pH 8.0, Vapor batch, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月13日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→30 Å / Num. obs: 17842 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Diffraction-ID% possible all
2.08-2.157.2189.9
2.15-2.247.9199.9
2.24-2.3481100
2.34-2.478199.9
2.47-2.6281100
2.62-2.8281100
2.82-3.117.91100
3.11-3.567.91100
3.56-4.487.7199.2
4.48-307.1197.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.083→25.921 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7261 / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.62 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2784 889 5.07 %RANDOM
Rwork0.2363 ---
all0.2725 17658 --
obs0.2384 17533 99.41 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 185.57 Å2 / Biso mean: 79.756 Å2 / Biso min: 41.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.083→25.921 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1929 0 0 38 1967
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011961
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3372631
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.209763
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074331
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007319
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0833-2.21380.33961660.2593269399
2.2138-2.38460.33061470.26062725100
2.3846-2.62430.31551480.25472766100
2.6243-3.00360.30391430.25062767100
3.0036-3.78230.26491380.23552816100
3.7823-25.92290.25561470.2236287798
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.63110.91621.84492.1534-1.58426.831-0.09540.2842-0.2218-0.63130.17450.02220.0529-0.3054-0.11750.4934-0.039-0.03670.4108-0.00880.355320.952914.01351.943
27.30231.7154-0.14642.1554-1.11953.3002-0.64-0.77622.5391-0.5639-0.94431.3102-3.8364-0.08840.10231.2070.0858-0.25870.5988-0.18741.04520.187934.558211.1409
37.1449-0.5019-0.57466.27590.82644.1511-0.0871-0.2276-0.10250.08280.07520.0416-0.30770.37910.05890.4913-0.0736-0.04630.41320.06110.406324.746418.68879.9988
42.7179-6.6345-7.15886.23841.91162.5915-0.3555-0.08340.51150.002-0.15521.1147-0.7076-0.36610.30070.5789-0.0052-0.0860.5886-0.050.888814.752625.984110.5477
52.58232.18295.28351.8611-0.84687.0285-0.0446-0.6382-0.2089-0.5975-0.7366-1.2404-1.02850.00351.10250.7544-0.1360.07970.7434-0.05630.99134.717733.97299.2912
62.9069-6.6012-0.0510.1742-1.77441.9089-0.6674-0.0786-0.99741.64420.18220.22961.396-0.815-0.18690.7715-0.2143-0.03140.8536-0.03120.693530.441413.642826.7263
74.5232-1.52221.48714.68060.89284.0277-0.1828-1.275-0.14591.02940.25280.7476-0.1745-0.32770.06770.7729-0.0860.03110.67370.03460.515522.298720.456823.4092
88.91643.50577.15868.43892.92228.54620.59-0.2835-0.7457-0.4299-0.3201-0.84361.06210.2399-0.18750.60050.0011-0.02180.59070.0990.421736.393117.726425.5515
92.111-3.26122.3287.1594-3.41282.2871-1.9181-1.81371.70412.28681.0172-0.5329-1.32220.19620.26020.8141-0.1130.23881.0713-0.11320.713513.307311.631530.6242
106.0251-2.22131.22168.7224-2.71364.2319-0.0423-0.71590.30330.2046-0.3261-0.0470.66350.09970.2190.6975-0.11740.13290.5886-0.01210.507614.84597.498622.5908
118.77444.37-5.96228.4544-5.00574.6870.2681-0.27470.7647-0.03070.2490.5564-0.3005-0.6403-0.58060.5573-0.04240.10550.7032-0.06740.39425.302610.343625.1546
126.66751.9193-0.17192.28952.67698.08730.06430.21010.5977-1.29880.22820.1454-0.15110.2231-0.0240.5937-0.12350.00620.4279-0.02990.459316.826412.55721.9588
135.24772.58181.77772.06450.1348.4190.2208-0.3928-0.2128-0.4147-0.26-0.21181.6776-0.1716-0.05190.6519-0.06840.07520.3783-0.0290.413215.43982.81810.8231
142.7217-4.5714.75729.2944-5.20289.34510.23760.5873-0.26890.1274-0.787-0.14570.65280.52250.46450.4974-0.06370.10780.4871-0.00230.542221.31061.856310.9712
158.77982.871-2.81522.10872.89412.0678-0.2425-0.6741-0.124-0.4832-0.4874-1.2643-0.3055-0.66010.3110.7802-0.14380.13110.74210.05891.1786.0926-3.95899.0252
165.78350.7873-1.86736.67412.19162.04790.4138-0.762-1.86310.5455-0.0981-2.3010.78861.58230.86910.8118-0.24460.0051.0081-0.0081.2784-0.7158-9.728711.7972
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 15 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 16 through 23 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 24 through 45 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 46 through 54 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 55 through 70 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 10 through 23 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 24 through 45 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 46 through 68 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 9 through 20 )C0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 21 through 39 )C0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 40 through 67 )C0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 6 through 15 )D0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 16 through 39 )D0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 40 through 54 )D0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 55 through 63 )D0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 64 through 70 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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