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- PDB-4hre: Crystal Structure of p11/Annexin A2 Heterotetramer in Complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hre
タイトルCrystal Structure of p11/Annexin A2 Heterotetramer in Complex with SMARCA3 Peptide
要素
  • Annexin A2
  • Helicase-like transcription factor
  • Protein S100-A10
キーワードCalcium-binding protein / Calcium Binding / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of formation of structure involved in a symbiotic process / bone sialoprotein binding / : / negative regulation by host of symbiont catalytic activity => GO:0052403 / Dissolution of Fibrin Clot / positive regulation of binding / body fluid secretion / small GTPase binding => GO:0031267 / macropinosome / positive regulation of low-density lipoprotein particle receptor binding ...negative regulation of formation of structure involved in a symbiotic process / bone sialoprotein binding / : / negative regulation by host of symbiont catalytic activity => GO:0052403 / Dissolution of Fibrin Clot / positive regulation of binding / body fluid secretion / small GTPase binding => GO:0031267 / macropinosome / positive regulation of low-density lipoprotein particle receptor binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / AnxA2-p11 complex / membrane raft assembly / positive regulation of vacuole organization / positive regulation of low-density lipoprotein particle clearance / phospholipase A2 inhibitor activity / positive regulation of vesicle fusion / negative regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / positive regulation of plasma membrane repair / positive regulation of plasminogen activation / PCSK9-AnxA2 complex / myelin sheath adaxonal region / Schmidt-Lanterman incisure / vesicle budding from membrane / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / response to thyroid hormone / plasma membrane protein complex / calcium-dependent phospholipid binding / collagen fibril organization / Dissolution of Fibrin Clot / S100 protein binding / virion binding / ATP-dependent chromatin remodeler activity / positive regulation of low-density lipoprotein receptor activity / osteoclast development / extrinsic component of plasma membrane / positive regulation of receptor recycling / phosphatidylserine binding / positive regulation of exocytosis / positive regulation of focal adhesion assembly / basement membrane / regulation of neurogenesis / ATP-dependent activity, acting on DNA / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of stress fiber assembly / ruffle / fibrinolysis / cytoskeletal protein binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / Neutrophil degranulation / lipid droplet / helicase activity / positive regulation of GTPase activity / protein localization to plasma membrane / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium channel activity / RING-type E3 ubiquitin transferase / mRNA transcription by RNA polymerase II / serine-type endopeptidase inhibitor activity / sarcolemma / nuclear matrix / RNA polymerase II transcription regulator complex / calcium-dependent protein binding / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of fibroblast proliferation / melanosome / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / late endosome membrane / cell cortex / midbody / basolateral plasma membrane / angiogenesis / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / vesicle / transmembrane transporter binding / early endosome / protein ubiquitination / endosome / positive regulation of protein phosphorylation / membrane raft / lysosomal membrane / DNA repair / ubiquitin protein ligase binding / calcium ion binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Protein S100-A10 / HIRAN domain / HIRAN domain / HIRAN / Annexin A2 / Annexin / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin ...Protein S100-A10 / HIRAN domain / HIRAN domain / HIRAN / Annexin A2 / Annexin / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. / Annexin V; domain 1 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / EF-hand / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Recoverin; domain 1 / Ring finger / Helicase conserved C-terminal domain / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / EF-hand domain pair / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Annexin A2 / Protein S100-A10 / Helicase-like transcription factor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7852 Å
データ登録者Gao, P. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2013
タイトル: SMARCA3, a Chromatin-Remodeling Factor, Is Required for p11-Dependent Antidepressant Action.
著者: Oh, Y.S. / Gao, P. / Lee, K.W. / Ceglia, I. / Seo, J.S. / Zhang, X. / Ahn, J.H. / Chait, B.T. / Patel, D.J. / Kim, Y. / Greengard, P.
履歴
登録2012年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Annexin A2
C: Annexin A2
E: Protein S100-A10
F: Protein S100-A10
G: Helicase-like transcription factor
H: Helicase-like transcription factor
B: Annexin A2
D: Annexin A2
I: Protein S100-A10
J: Protein S100-A10
K: Helicase-like transcription factor
L: Helicase-like transcription factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,86112
ポリマ－206,86112
非ポリマー00
水00
1
A: Annexin A2
C: Annexin A2
E: Protein S100-A10
F: Protein S100-A10
G: Helicase-like transcription factor
H: Helicase-like transcription factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,4316
ポリマ－103,4316
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9630 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area41470 Å2
手法PISA
2
B: Annexin A2
D: Annexin A2
I: Protein S100-A10
J: Protein S100-A10
K: Helicase-like transcription factor
L: Helicase-like transcription factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,4316
ポリマ－103,4316
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9940 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area41380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.791, 74.346, 154.466
Angle α, β, γ (deg.)90.14, 96.56, 108.37
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Annexin A2 / Annexin II / Annexin-2 / Calpactin I heavy chain / Calpactin-1 heavy chain / Chromobindin-8 / ...Annexin II / Annexin-2 / Calpactin I heavy chain / Calpactin-1 heavy chain / Chromobindin-8 / Lipocortin II / Placental anticoagulant protein IV / PAP-IV / Protein I / p36


分子量: 38733.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Anxa2, Anx2, Cal1h / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07356
#2: タンパク質
Protein S100-A10 / Calpactin I light chain / Calpactin-1 light chain / Cellular ligand of annexin II / S100 calcium- ...Calpactin I light chain / Calpactin-1 light chain / Cellular ligand of annexin II / S100 calcium-binding protein A10 / p10 protein / p11


分子量: 11176.019 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: S100A10, ANX2LG, CAL1L, CLP11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60903
#3: タンパク質・ペプチド
Helicase-like transcription factor / DNA-binding protein/plasminogen activator inhibitor 1 regulator / HIP116 / RING finger protein 80 / ...DNA-binding protein/plasminogen activator inhibitor 1 regulator / HIP116 / RING finger protein 80 / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 3 / Sucrose nonfermenting protein 2-like 3


分子量: 1806.069 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q14527, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D- ...参照: UniProt: Q14527, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.7
詳細: 0.1 M citric acid, 25% PEG 3350, pH 3.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7852→47.335 Å / Num. all: 50718 / Num. obs: 53292 / % possible obs: 95.17 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1W7B and 4HRH

1w7b

4hrh


解像度: 2.7852→47.335 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 38.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 2573 5.07 %RANDOM
Rwork0.249 ---
all0.2567 53292 --
obs0.2567 50718 95.17 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.583 Å2 / ksol: 0.303 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.6168 Å20.3397 Å211.8367 Å2
2---1.2062 Å23.1344 Å2
3----10.5623 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7852→47.335 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14088 0 0 0 14088
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00814324
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24119223
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9375509
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0962108
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052463
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7852-2.83870.41051640.36572637X-RAY DIFFRACTION93
2.8387-2.89670.37921320.33942705X-RAY DIFFRACTION97
2.8967-2.95970.37871440.34092754X-RAY DIFFRACTION97
2.9597-3.02850.40381230.32342723X-RAY DIFFRACTION97
3.0285-3.10420.3731460.3082730X-RAY DIFFRACTION97
3.1042-3.18810.37241390.29922732X-RAY DIFFRACTION97
3.1881-3.28190.3461720.28162690X-RAY DIFFRACTION97
3.2819-3.38780.31511430.27012741X-RAY DIFFRACTION96
3.3878-3.50890.32591470.26692657X-RAY DIFFRACTION96
3.5089-3.64930.35871380.26192719X-RAY DIFFRACTION96
3.6493-3.81530.33281600.25682660X-RAY DIFFRACTION96
3.8153-4.01640.28621420.22972638X-RAY DIFFRACTION95
4.0164-4.26790.23531500.20582698X-RAY DIFFRACTION95
4.2679-4.59710.24341560.20132651X-RAY DIFFRACTION95
4.5971-5.05930.25611430.20762643X-RAY DIFFRACTION94
5.0593-5.79030.30041310.26222637X-RAY DIFFRACTION94
5.7903-7.29080.3211240.26262616X-RAY DIFFRACTION92
7.2908-47.34170.24471190.20952514X-RAY DIFFRACTION89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3287-0.4464-0.29922.1751-1.51752.5294-0.4866-0.6650.01780.40060.3104-0.70720.83871.05930.48620.87390.0310.10790.80990.0760.488822.07657.1035-26.8372
21.9391-0.8811-1.39611.43761.03242.1441-0.0384-0.0406-0.16-0.0389-0.08940.1524-0.1193-0.01360.00060.28920.0260.06820.12570.05110.257718.15455.668-51.3894
31.5006-0.8267-0.9621.1033-0.35411.8004-0.34050.246-0.5255-0.83890.14160.44751.0716-0.35330.37660.7567-0.3306-0.10320.6873-0.01810.508615.8251.156716.9988
41.26730.4067-0.92661.7617-0.85981.6185-0.5402-0.1028-0.46570.44880.0964-0.18930.21060.1208-0.2727-0.1535-0.115-0.27910.3327-0.07760.148620.45671.347441.7844
55.83936.4863-0.93647.4189-1.43060.85570.1604-0.8284-0.90770.8331-0.5526-0.34450.21790.59440.23251.078-0.02590.12331.0744-0.08350.680527.4385-12.5322-1.272
60.67920.5908-0.13324.6585-0.80561.3570.63310.18930.45750.4362-1.1697-0.3977-0.2510.36390.38281.4343-0.6945-0.3591.41440.20661.456339.00830.2376-2.4127
73.45840.1514-2.73713.1896-1.77343.31210.0661-0.31450.7374-0.2592-0.4394-0.368-0.2310.89290.09051.01440.38160.35031.25480.4731.182337.5679-1.1232-12.5685
83.745-2.4633-1.25721.62190.86641.30690.041-1.0494-0.36050.27620.27280.05451.73510.0881-0.27061.64010.2142-0.00931.8917-0.08090.551330.7656-6.6051-19.4674
91.65630.5384-0.97744.0157-3.57963.34660.4069-0.28090.52320.6299-0.7947-0.3691-0.6817-0.08370.25110.96880.0390.24160.77750.25330.850532.42253.1403-21.4316
105.0412.24454.3058.15392.85323.89540.2118-0.82850.84660.27130.04240.3704-0.0396-0.0372-0.21610.8405-0.6072-0.06161.62250.09051.537429.79069.6428-6.6228
112.9186-0.2513-1.2123.2714-2.0471.92780.1710.3914-0.0857-0.2156-0.33060.34250.1945-0.293-0.12381.002-0.45390.0651.117-0.22890.426818.9134-5.1713-13.2559
122.3947-0.37780.26881.7251-0.88362.82110.08410.9295-0.5022-0.32950.26130.1920.5987-0.1407-0.05631.0751-0.3209-0.03040.75120.0170.723114.1224-14.5851-1.4543
131.38010.3241-0.63550.0786-0.14590.2961-0.0829-0.5374-0.34490.08670.65242.26870.7814-1.4221-0.59771.0937-0.09760.14181.52220.3231.26035.7973-6.34238.817
143.6158-0.58362.64837.1256-1.34312.67120.1409-0.21590.23540.9671-0.44410.5167-0.8105-0.87440.06681.0306-0.01850.47951.25170.2140.71755.2963-1.7823-2.2977
150.51120.0914-0.36660.4527-0.21430.31160.0687-0.03610.02520.2886-0.07090.0152-0.18430.1959-0.16381.548-0.70560.46280.8703-0.25480.528224.1908-5.55583.5614
160.0679-0.0197-0.09248.18311.7762.49530.2746-0.4720.13840.5051-0.5726-0.3356-1.2684-0.36760.19141.0055-0.11360.26491.08990.03850.865919.40753.6799-13.5509
177.1405-4.268.05772.7204-5.33952.00050.8592-1.2241-0.9772-0.430.39710.77251.7863-2.7477-1.36181.9508-0.60120.2331.4723-0.11930.609917.70.78425.0272
181.8673-1.7534-1.69892.17251.4371.7035-0.21690.6135-0.2375-0.8359-0.04290.31991.31830.0220.46290.8345-0.01840.0880.7992-0.03040.5223-5.786836.184193.8617
191.66970.2768-0.81862.3737-1.09590.8044-0.17370.303-0.125-0.20830.155-0.27860.1960.0690.03930.3581-0.01020.04530.2083-0.00840.3534.840146.8699.9438
202.781-0.7842-1.75522.0356-0.15633.3766-0.2044-0.0657-0.0535-0.0154-0.1337-0.11250.1850.0918-0.03060.5010.10570.1296-0.00930.06010.28061.368926.4908120.972
211.1910.7572-0.54262.7289-1.60462.03810.0568-0.105-0.00280.5804-0.07770.2268-0.26190.04820.02270.4970.1030.09210.2568-0.04690.3212-6.203339.6859126.2211
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289.44260.60812.37843.78191.62095.3113-0.01870.45420.1570.1716-0.8762-0.36170.2860.4950.08990.8212-0.10930.11091.07310.21330.51973.719528.722880.4163
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322.44362.61881.37245.43083.00086.04730.00150.8654-0.0364-0.834-0.32680.1976-0.2197-0.77490.04360.51990.11510.14331.24630.09370.1025-0.028226.154663.5933
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 2:40)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 41:339)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resseq 2:41)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resseq 42:339)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resseq 1:15)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'E' and (resseq 16:26)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'E' and (resseq 27:37)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'E' and (resseq 38:42)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resseq 43:55)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resseq 56:67)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resseq 68:91)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'F' and (resseq 1:47)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'F' and (resseq 48:56)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resseq 57:67)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resseq 68:91)
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'G' and (resseq -2:6)
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'H' and (resseq -2:6)
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resseq 2:38)
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resseq 39:118)
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resseq 119:198)
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resseq 199:339)
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resseq 2:39)
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resseq 40:339)
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'I' and (resseq 1:17)
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'I' and (resseq 18:37)
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'I' and (resseq 38:51)
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'I' and (resseq 52:67)
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'I' and (resseq 68:91)
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'J' and (resseq 1:44)
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'J' and (resseq 45:56)
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'J' and (resseq 57:67)
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'J' and (resseq 68:91)
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'K' and (resseq -2:6)
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'L' and (resseq -2:6)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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