PDB-4hr7: Crystal Structure of Biotin Carboxyl Carrier Protein-Biotin Carbo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hr7

タイトル

Crystal Structure of Biotin Carboxyl Carrier Protein-Biotin Carboxylase Complex from E.coli

要素

Biotin carboxyl carrier protein of acetyl-CoA carboxylase
Biotin carboxylase

キーワード

LIGASE/BIOTIN BINDING PROTEIN / biotin carboxylase / biotin carboxyl carrier protein / acetyl-CoA carboxylase / protein-protein interaction / protein complex / protein interface / antibiotic target / ATP grasp / biotin-dependent carboxylase / fatty acid synthesis / LIGASE-BIOTIN BINDING PROTEIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin carboxylase / acetyl-CoA carboxylase complex / biotin carboxylase activity / malonyl-CoA biosynthetic process / acetyl-CoA carboxylase activity / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / molecular adaptor activity / protein homodimerization activity / ATP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.495 Å

データ登録者

Broussard, T.C. / Kobe, M.J. / Pakhomova, S. / Neau, D.B. / Price, A.E. / Champion, T.S. / Waldrop, G.L.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: The three-dimensional structure of the biotin carboxylase-biotin carboxyl carrier protein complex of E. coli acetyl-CoA carboxylase.
著者: Broussard, T.C. / Kobe, M.J. / Pakhomova, S. / Neau, D.B. / Price, A.E. / Champion, T.S. / Waldrop, G.L.

履歴

登録	2012年10月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月3日	Group: Database references
改定 1.2	2013年5月29日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hr7.cif.gz	408 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hr7.ent.gz	330.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hr7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/4hr7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/4hr7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1bdoS 1dv1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4jad-1 4eiw-d 2dhr-d 0268 1owc-1 5ws5-2 21314 5z1a-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#153 - 2012年9月
ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex)
類似性 (4)
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クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (7)
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バンコマイシン (Vancomycin)
類似性 (4)
#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (4)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Biotin carboxylase

B: Biotin carboxyl carrier protein of acetyl-CoA carboxylase

C: Biotin carboxylase

D: Biotin carboxyl carrier protein of acetyl-CoA carboxylase

E: Biotin carboxylase

F: Biotin carboxylase

G: Biotin carboxyl carrier protein of acetyl-CoA carboxylase

I: Biotin carboxyl carrier protein of acetyl-CoA carboxylase

ヘテロ分子

274 kDa, 8 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	232.995, 96.385, 120.573
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 120.15, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

QUATERNARY STRUCTURE IS AN (ALPHA)4(BETA)4 HETEROOCTAMER.

#1: タンパク質	Biotin carboxylase / Acetyl-CoA carboxylase subunit A / ACC 分子量: 49386.656 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: accC, fabG, b3256, JW3224 / プラスミド: pAEP7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P24182, biotin carboxylase, acetyl-CoA carboxylase
#2: タンパク質	Biotin carboxyl carrier protein of acetyl-CoA carboxylase / BCCP 分子量: 18872.521 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: accB, fabE, b3255, JW3223 / プラスミド: pAEP7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0ABD8
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 455 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.63 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月8日 / 詳細: KB mirrors
放射	モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.49→104.3 Å / Num. obs: 79251 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 2.5 % / R_sym value: 0.062 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2.49→2.63 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 11167 / R_sym value: 0.331 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1DV1 AND 1BDO

1dv1

1bdo

解像度: 2.495→104.26 Å / SU ML: 0.31 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 24.79 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2291	3972	5.02 %	RANDOM
R_work	0.195	-	-	-
all	0.1968	79181	-	-
obs	0.1968	79181	98.37 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.495→104.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15618	0	64	455	16137

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	15973
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.718	21588
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.51	6016
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	2416
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2826

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.495-2.5254	0.3031	124	0.264	2313	X-RAY DIFFRACTION	85
2.5254-2.5573	0.3192	136	0.2707	2682	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5573-2.591	0.3043	133	0.2496	2655	X-RAY DIFFRACTION	99
2.591-2.6265	0.2871	146	0.2452	2706	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6265-2.664	0.2826	137	0.2461	2665	X-RAY DIFFRACTION	99
2.664-2.7038	0.2791	159	0.2369	2684	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7038-2.746	0.2802	139	0.2317	2689	X-RAY DIFFRACTION	99
2.746-2.7911	0.2852	139	0.2373	2661	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7911-2.8392	0.3036	150	0.2269	2679	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8392-2.8908	0.2971	140	0.2257	2684	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8908-2.9464	0.2467	134	0.235	2703	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9464-3.0066	0.2458	130	0.2243	2705	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0066-3.072	0.2584	151	0.2165	2685	X-RAY DIFFRACTION	99
3.072-3.1434	0.2302	137	0.2169	2719	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1434-3.222	0.2398	133	0.2232	2696	X-RAY DIFFRACTION	99
3.222-3.3092	0.2628	147	0.2175	2685	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3092-3.4065	0.25	128	0.2148	2725	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4065-3.5165	0.2239	140	0.2077	2701	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5165-3.6422	0.2193	143	0.1957	2709	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6422-3.788	0.2375	137	0.1927	2679	X-RAY DIFFRACTION	99
3.788-3.9604	0.236	152	0.1753	2715	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9604-4.1692	0.233	139	0.1643	2717	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1692-4.4305	0.1859	153	0.1491	2693	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4305-4.7725	0.1732	147	0.1509	2726	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7725-5.2528	0.174	150	0.1573	2730	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2528-6.0128	0.2007	154	0.1796	2729	X-RAY DIFFRACTION	99
6.0128-7.5752	0.2042	138	0.1948	2750	X-RAY DIFFRACTION	99
7.5752-104.3511	0.1956	156	0.1655	2724	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0894	0.0259	0.0828	0.0699	0.0337	0.0696	0.028	0.2226	0.1415	-0.1027	0.1708	0.1287	-0.2207	-0.129	0.6652	0.2335	0.0388	0.1025	0.1716	0.1866	-0.0611	193.9519	53.1575	21.0037
2	0.0661	0.0642	0.0234	0.0862	0.0299	0.0687	-0.0429	-0.0361	-0.023	0.0922	0.0534	-0.049	-0.1307	-0.0284	0.1134	0.2782	0.0789	0.0533	0.281	0.1254	0.1759	178.1703	50.4623	35.9411
3	0.1792	0.0716	0.0382	0.139	0.1294	0.1802	0.0883	0.0028	-0.0943	0.0882	0.1203	0.1182	-0.0399	-0.1046	0.5451	0.225	0.0341	0.0565	0.2286	0.1188	0.1468	190.3989	36.7733	25.9636
4	0.0392	0.0309	-0.013	0.0738	-0.0019	0.005	0.0467	0.0743	0.0256	-0.0073	0.0743	-0.0366	-0.0135	-0.0549	0.0632	0.3316	0.0061	0.0583	0.263	-0.0398	0.0647	213.1941	57.4118	41.7092
5	0.0096	0.0036	-0.0127	0.2678	-0.0373	0.026	0.0274	0.0296	0.042	0.116	0.0127	-0.0445	-0.1097	-0.0027	-0.003	0.2549	0.0483	0.0753	0.1774	-0.0149	0.1333	211.2585	61.4737	42.7055
6	0.0712	-0.0243	-0.0624	0.135	-0.0489	0.0904	0.0665	0.0878	-0.4285	0.0853	0.0618	-0.0166	0.1682	-0.0446	0.0147	0.2706	-0.02	-0.0428	0.2195	-0.0035	0.4684	195.8741	-0.0047	21.0725
7	0.0077	-0.0037	-0.0089	0.0025	0.0007	0.0076	0.0038	0.008	-0.1073	-0.0227	0.0005	-0.0307	-0.0114	0.0532	0	0.3526	-0.0579	0.0402	0.4991	-0.2269	0.4966	193.6887	-7.5695	-18.8412
8	0.047	-0.075	0.0064	0.3104	-0.031	0.154	-0.0441	0.2783	-0.2008	0.0164	0.1444	0.0103	0.0386	0.0073	0.177	0.141	-0.0546	-0.0064	0.2563	-0.0509	0.2251	195.4273	14.2392	5.9119
9	0.004	-0.0021	0.0044	0.0045	0.0035	0.0105	0.0204	0.0876	0.0273	-0.0394	-0.0139	-0.0376	0.0413	-0.0346	-0	0.4801	0.0317	0.0122	0.4309	-0.261	0.7064	220.2505	-12.6164	3.9407
10	0.0041	-0.0055	-0.0074	0.0066	0.0059	0.0123	0.0188	-0.008	0.0511	-0.0952	-0.002	-0.0586	0.1198	0.001	-0	0.4802	0.0149	-0.0203	0.3971	-0.2164	0.6967	221.1547	-10.0542	8.188
11	0.0485	0.0082	0.0149	0.2287	-0.1275	0.1095	-0.0566	-0.0413	0.0776	-0.0233	0.094	0.0831	-0.1119	0.0091	0.0997	0.2058	-0.0295	0.0258	0.1667	-0.0585	0.0903	239.6807	49.24	36.6171
12	0.0164	0.011	0.013	0.0165	-0.0263	0.0304	0.0632	0.0634	0.0022	-0.0792	0.0202	-0.0114	-0.0728	0.0428	0.1536	0.3044	-0.0168	0.0953	0.4455	-0.0844	0.0936	262.3099	48.8129	17.1203
13	0.1883	-0.1156	0.0479	0.0705	-0.0427	0.028	0.1517	0.1462	-0.2224	0.0237	0.0079	-0.0038	0.0254	0.1527	0.2785	0.1826	0.0172	-0.0059	0.2806	-0.0952	0.1269	247.1735	33.9669	26.3688
14	0.1502	-0.0478	-0.0078	0.0268	0.0025	0.0211	0.0363	0.0182	-0.4212	-0.0709	0.0571	0.0466	0.1491	0.0739	0.1072	0.3241	0.064	-0.1977	0.1744	-0.0624	0.7949	237.6162	-2.309	28.1942
15	-0.0063	0.0037	0.0051	0.1411	0.1162	0.1162	0.0578	-0.1698	-0.2985	0.0117	0.0311	0.0505	0.0709	0.0066	0.1927	0.2221	0.0205	-0.0815	0.3621	0.1861	0.57	245.4905	0.5001	52.6273
16	0.1367	-0.0576	-0.2035	0.0904	0.1459	0.3901	0.0861	-0.2453	-0.1284	-0.0621	0.1074	0.0785	-0.0209	-0.065	0.1574	0.181	-0.0015	-0.061	0.2529	0.0761	0.3559	229.2288	17.0355	44.135
17	0.008	0.0001	-0.0016	0.0082	-0.0008	0.0068	0.0052	-0.0695	0.0608	0.0388	0.0114	-0.0327	0.0263	-0.0424	0	0.5269	-0.0117	-0.1334	0.3873	0.1485	0.6159	211.0651	-14.2015	42.8594
18	0.0037	0.0049	-0.0083	0.0045	-0.0097	0.0231	-0.1139	-0.0147	-0.0174	0.1277	-0.0515	-0.079	0.0945	0.0863	0	0.4529	-0.0542	-0.1102	0.3784	0.1973	0.7308	212.5412	-12.5008	39.1711
19	0.03	0.0339	-0.0261	0.0391	-0.0285	0.0187	-0.0162	0.07	0.0954	0.0109	-0.0088	-0.0254	-0.0267	0.1057	-0.0222	0.3076	-0.1572	0.0938	0.4192	0.0941	0.1516	228.7984	64.0571	11.0577
20	0.0075	0.0009	-0.0072	0.0115	-0.0075	0.0088	0.0209	0.0501	-0.012	-0.0395	-0.0259	-0.0308	-0.0347	0.1402	-0	0.2917	-0.0191	0.0818	0.311	0.019	0.2181	226.1755	59.7648	12.8542

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:167)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 168:248)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 249:446)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 77:96)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 97:156)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain C and resid 1:128)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain C and resid 129:203)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain C and resid 204:446)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain D and resid 80:113)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain D and resid 114:156)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain E and resid 1:138)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain E and resid 139:238)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain E and resid 239:446)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain F and resid 1:126)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain F and resid 127:338)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain F and resid 339:446)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain G and resid 80:108)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain G and resid 109:156)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain I and resid 80:118)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain I and resid 119:156)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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