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- PDB-4hp4: Crystal structure of PAS domain from the fruit-fly ELK potassium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hp4
タイトルCrystal structure of PAS domain from the fruit-fly ELK potassium channel
要素Eag-like K[+] channel
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Potassium channel domain / PAS domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Voltage gated Potassium channels / voltage-gated monoatomic cation channel activity / voltage-gated potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / regulation of membrane potential / potassium ion transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage-dependent, ELK / : / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain ...Potassium channel, voltage-dependent, ELK / : / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Beta-Lactamase / PAS repeat profile. / PAS domain / RmlC-like jelly roll fold / PAS domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Eag-like K[+] channel, isoform A
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Adaixo, R. / Morais-Cabral, J.H.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structural properties of PAS domains from the KCNH potassium channels
著者: Adaixo, R. / Harley, C.A. / Castro-Rodrigues, A.F. / Morais-Cabral, J.H.
履歴
登録2012年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eag-like K[+] channel
B: Eag-like K[+] channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5235
ポリマ－30,2392
非ポリマー2843
水3,783210
1
A: Eag-like K[+] channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3083
ポリマ－15,1191
非ポリマー1882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Eag-like K[+] channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2152
ポリマ－15,1191
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.306, 150.306, 150.306
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-396-

HOH

21B-412-

HOH

31B-413-

HOH

詳細The biological unit is most likely a monomer. There are 2 biological units in the asymmetric unit

-
要素

#1: タンパク質 Eag-like K[+] channel


分子量: 15119.406 Da / 分子数: 2 / 断片: PAS domain of KCNH channel, UNP residues 11-136 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Dmel_CG5076, elk / プラスミド: pet15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)
参照: UniProt: A1ZB14, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 含窒素基に移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.43 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG5000, 0.35M ammonium sulfate, 0.1M MES, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→53.149 Å / Num. all: 39431 / Num. obs: 39431 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2.6 / Observed criterion σ(I): 1.4 / 冗長度: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2-2.1170.551.40.55199.4
2.11-2.247.30.4081.60.408199.8
2.24-2.397.70.2512.90.251199.9
2.39-2.5816.10.2762.60.2761100
2.58-2.83180.1853.70.1851100
2.83-3.1619.30.1240.12199.9
3.16-3.6521.20.07590.075199.5
3.65-4.4723.30.05710.80.057198.9
4.47-6.3223.20.0511.40.05197.7
6.32-61.36221.30.0518.40.051195.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
PHENIX1.8.1_1168精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BYW

1byw


解像度: 2→53.141 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.16 / SU R Cruickshank DPI: 0.1197 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.66 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1912 1999 5.08 %
Rwork0.1727 --
obs0.1736 39372 99.16 %
all-39360 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.219 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→53.141 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2042 0 16 210 2268
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032121
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7422872
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.873788
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046302
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003360
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2-2.05040.2591580.2335260599
2.0504-2.10580.24011450.2106260299
2.1058-2.16780.24631320.2055264699
2.1678-2.23780.24981620.20742619100
2.2378-2.31770.22711440.18082632100
2.3177-2.41050.20041370.17662664100
2.4105-2.52020.16531410.17062656100
2.5202-2.65310.1671540.16822649100
2.6531-2.81930.16121380.16682674100
2.8193-3.0370.17871350.16882702100
3.037-3.34260.19041250.16942699100
3.3426-3.82610.18121390.1545270799
3.8261-4.820.15341300.1412272698
4.82-53.15990.21151590.1943279295
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5441-0.8580.26437.58493.37444.88280.0712-0.06730.16280.28710.1976-0.05630.03270.0355-0.26710.27530.01350.04680.08950.07190.2310.2823-0.683538.4973
22.81970.074-0.04524.6291-0.55662.0984-0.0205-0.4114-0.03960.93260.44171.0438-0.0754-0.5387-0.38180.40930.06990.27930.31640.15260.5239-11.9542-2.771147.415
32.33222.01191.4456.3397-0.80314.3576-0.0212-1.14210.05761.27550.1634-0.09970.13830.1518-0.01370.36550.02030.14380.1150.1210.4518-0.3665-6.174346.9817
45.7531.68891.76733.2254-0.53684.83750.15220.1006-0.57760.31890.18650.47250.5192-0.2063-0.44390.3530.05770.06850.19540.10820.4657-6.7736-8.356543.1891
58.4534-0.2581-0.27164.4193-1.17473.4145-0.1437-0.83140.30171.08040.35010.23-0.5709-0.0355-0.15780.46230.05560.03740.15730.01710.2516-0.148715.072443.3967
61.3473-1.128-0.60591.76731.03592.844-0.06910.02790.24080.14180.0851-0.0145-0.3241-0.051-0.05530.2052-0.00570.01820.11090.02310.22672.613320.621328.438
75.6065-1.9983-3.7113.32120.07125.87910.0190.10730.1422-0.09010.03710.2503-0.0644-0.1773-0.01960.1428-0.0211-0.01180.08590.01080.179-2.427212.551922.3329
84.0324-0.433-2.18333.91541.04444.0052-0.3063-0.3285-0.78110.484-0.12781.19780.182-0.17810.40040.2054-0.00430.10810.18270.02790.3029-5.160212.571133.0291
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 12 through 45 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resid 46 through 104 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resid 105 through 121 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resid 122 through 134 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and (resid 11 through 28 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and (resid 29 through 74 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain B and (resid 76 through 115 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain B and (resid 117 through 135 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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