PDB-4hoq: Crystal Structure of Full-Length Human IFIT5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hoq

タイトル

Crystal Structure of Full-Length Human IFIT5

要素

Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 5

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / TPR / RNA binding / antiviral / RNA

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA cap binding / poly(U) RNA binding / negative regulation of viral genome replication / ruffle membrane / Interferon alpha/beta signaling / apical part of cell / actin cytoskeleton / double-stranded DNA binding / defense response to virus / tRNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.07 Å

データ登録者

Abbas, Y.M. / Pichlmair, A. / Gorna, M.W. / Superti-Furga, G. / Nagar, B.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structural basis for viral 5'-PPP-RNA recognition by human IFIT proteins.
著者: Abbas, Y.M. / Pichlmair, A. / Gorna, M.W. / Superti-Furga, G. / Nagar, B.

履歴

登録	2012年10月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年2月6日	Group: Database references
改定 1.2	2013年2月27日	Group: Database references
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hoq.cif.gz	209.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hoq.ent.gz	169.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hoq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hoq_validation.pdf.gz	423.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hoq_full_validation.pdf.gz	426.5 KB	表示
XML形式データ	4hoq_validation.xml.gz	23 KB	表示
CIF形式データ	4hoq_validation.cif.gz	31.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/4hoq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/4hoq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4horC 4hosC 4hotC 4houC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4j0u-d 1jec-d 3zgq-d 1g8f-d 6bah-d 2axn-d 5u6a-d 2ziw-d 4hot-d 2a91-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (6) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 5

56.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.150, 71.428, 117.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 5 / IFIT-5 / Interferon-induced 58 kDa protein / Retinoic acid- and interferon-inducible 58 kDa protein / P58 分子量: 56261.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFIT5, IFIT5/ISG58, ISG58, RI58 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13325
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.61 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 105 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月1日
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator (DCM) with an indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. all: 37620 / Num. obs: 37620 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 2.07→2.14 Å / % possible all: 78.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SHELXS		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.07→37.051 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2128	1902	6.08 %	RANDOM
R_work	0.1654	-	-	-
all	0.1683	33178	-	-
obs	0.1683	31276	92.99 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.07→37.051 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3896	0	0	258	4154

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3977
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.944	5353
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.994	1502
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	576
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	683

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0702-2.1219	0.2935	125	0.2156	1539	X-RAY DIFFRACTION	71
2.1219-2.1793	0.3121	116	0.2005	1715	X-RAY DIFFRACTION	78
2.1793-2.2434	0.2579	103	0.1935	1887	X-RAY DIFFRACTION	84
2.2434-2.3158	0.2617	108	0.1907	1996	X-RAY DIFFRACTION	89
2.3158-2.3986	0.2316	134	0.1821	2080	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3986-2.4946	0.2488	163	0.1806	2086	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4946-2.6081	0.2615	113	0.1694	2188	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6081-2.7455	0.2543	149	0.1805	2191	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7455-2.9175	0.2116	145	0.1773	2209	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9175-3.1426	0.2112	159	0.1735	2201	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1426-3.4587	0.2179	150	0.171	2260	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4587-3.9587	0.1822	138	0.1416	2296	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9587-4.9856	0.1707	153	0.1398	2300	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9856-37.0574	0.1756	146	0.1559	2426	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8311	3.6658	-4.3898	4.7713	-3.0316	6.1088	-0.0464	-0.0669	-0.1439	-0.1365	-0.0593	0.3267	0.0132	-0.2075	-0.0272	0.1867	-0.0002	-0.0531	0.3513	0.0154	0.3731	-12.5472	23.3249	18.3247
2	3.3345	-1.6113	-0.199	3.4382	0.9229	1.2094	0.189	0.1515	-0.4553	-0.1759	-0.0829	0.3331	-0.0312	0.0079	-0.0421	0.1447	-0.0161	-0.0036	0.191	-0.011	0.1764	4.853	18.9219	14.7454
3	5.2168	1.275	1.245	3.3388	1.6087	2.9442	-0.2562	0.0471	0.1604	-0.0672	0.2626	-0.1512	-0.3127	0.1442	-0.0511	0.2009	0.0429	-0.0269	0.2645	-0.0455	0.3356	20.0033	22.668	22.9377
4	3.0044	0.6155	-0.7264	3.3054	-0.9161	2.801	0.0452	-0.3115	0.0673	-0.0309	-0.1342	-0.1877	0.0797	-0.0711	-0.0022	0.159	0.0013	0.0132	0.1714	0.0191	0.1681	9.5457	23.0465	23.4686
5	3.9528	3.5587	-1.139	8.6177	-3.2521	3.3312	0.0266	-0.5046	0.1281	0.7863	-0.0905	-0.2207	-0.3771	0.1325	0.0276	0.2995	0.0079	-0.0351	0.3158	-0.0951	0.2695	7.6345	30.7036	28.2726
6	2.7753	0.2009	0.4216	3.4482	0.1506	3.4908	-0.1014	-0.2919	0.5115	0.1708	-0.0699	0.0285	-0.2684	0.1293	0.0223	0.1458	0.0186	-0.0186	0.1748	-0.0303	0.2457	2.1515	33.014	21.9023
7	3.2088	1.5767	-1.3672	5.4332	-3.015	6.0153	-0.0748	-0.0989	0.3602	0.2004	0.1433	0.5046	-0.3484	-0.4361	-0.1497	0.207	0.101	0.0017	0.2568	-0.0707	0.3913	-6.4795	35.5868	20.4775
8	2.2998	-1.543	-0.071	1.8491	-0.1115	0.3988	-0.0094	0.1616	0.3338	-0.1579	0.0869	0.1688	-0.0361	-0.1186	-0.0318	0.1955	0.0078	-0.0065	0.2235	0.0363	0.2623	5.9474	30.4096	9.725
9	2.0498	0.7395	-0.1381	3.114	-0.0263	1.3778	0.004	0.3468	0.1003	-0.1232	-0.0549	0.0452	-0.0379	0.0047	0.0075	0.1806	-0.0014	-0.0187	0.1941	0.016	0.166	17.5592	25.4934	4.2325
10	1.0496	-0.3102	0.059	0.7975	-0.8836	1.2268	0.0135	0.055	-0.0415	-0.007	-0.1718	-0.1127	0.0922	0.2097	0.0627	0.175	0.0048	-0.0017	0.1982	0.017	0.1379	34.9895	16.4164	14.7659
11	1.1982	0.4873	0.9178	0.8189	0.3802	1.1293	0.0487	0.0431	0.0025	-0.0884	-0.0786	0.1899	0.1097	0.0245	0.0229	0.2822	0.0172	-0.0407	0.223	0.0117	0.2887	17.5374	-8.5727	10.9785

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 15 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 16 through 30 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 31 through 49 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 50 through 66 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 67 through 82 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 83 through 109 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 110 through 126 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 127 through 152 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 153 through 189 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 193 through 310 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 311 through 481 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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