PDB-4hnw: The NatA Acetyltransferase Complex Bound To Inositol Hexakisphosphate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hnw

タイトル

The NatA Acetyltransferase Complex Bound To Inositol Hexakisphosphate

要素

N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1
N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1

キーワード

TRANSFERASE / GNAT/TPR / N-terminal acetyltransferase / inositol hexakisphosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-N-terminal-glutamate acetyltransferase activity / N-terminal amino-acid Nalpha-acetyltransferase NatA / NatA complex / protein N-terminal-serine acetyltransferase activity / protein-N-terminal-alanine acetyltransferase activity / acetyltransferase activator activity / ribosome binding / mitochondrion / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.801 Å

データ登録者

Neubauer, J.L. / Immormino, R.M. / Dollins, D.E. / Endo-Streeter, S.T. / Pemble IV, C.W. / York, J.D.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Protein Complex NatA Binds Inositol Hexakisphosphate and Exhibits Conformational Flexibility
著者: Neubauer, J.L. / Pham, T. / Immormino, R.M. / Dollins, D.E. / Endo-Streeter, S.T. / Li, S. / Pemble IV, C.W. / York, J.D.

履歴

登録	2012年10月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月17日	Group: Advisory / Data collection / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.2	2020年10月14日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_ref_seq_dif.details ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4hnw.ent.gz	444.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	4hnw_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	4hnw_validation.xml.gz	33.9 KB	表示
CIF形式データ	4hnw_validation.cif.gz	46.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/4hnw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/4hnw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4hnxC 4hnyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4hnx-d 6ayy-1 22386 6ibf-d 5vlr-1 6ayv-1 4yx6-d 5b7i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (2) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (2) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#110 - 2009年2月
オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase)
類似性 (1)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
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類似性 (4)
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クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (2)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (1)

登録構造単位

A: N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1

B: N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1

ヘテロ分子

131 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.662, 135.662, 175.801
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1 / NatA complex subunit NAT1 / Amino-terminal / alpha-amino / acetyltransferase 1 分子量: 100134.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NAT1, AAA1, YDL040C, D2720 / プラスミド: 22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P12945
#2: タンパク質	N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1 / NatA complex subunit ARD1 / Arrest-defective protein 1 分子量: 28821.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ARD1, YHR013C / プラスミド: 30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P07347, EC: 2.3.1.88
#3: 化合物	ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE 分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₈O₂₄P₆
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.03 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.9, 0.175 M ammonium acetate, 3-5% PEG4000, 0.5-4% PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	22-BM	1	0.97937
シンクロトロン	APS	22-BM	2	1

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 225 mm CCD	1	CCD	2010年7月9日
MARMOSAIC 225 mm CCD	2	CCD	2010年11月4日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97937	1
2	1	1

反射

解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 46561 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.7 % / R_merge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 7

反射シェル

解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 11 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
CNS		精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.801→41.487 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2509	2350	5.05 %	random
R_work	0.2288	-	-	-
obs	0.23	46492	99.86 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 52.943 Å² / k_sol: 0.338 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.6716 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.6716 Å²	-0 Å²
3-	-	-	7.3433 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.801→41.487 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7322	0	101	85	7508

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	7569
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.64	10282
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.895	2706
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	1149
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1328

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8009-2.8581	0.4052	143	0.3972	2543	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8581-2.9202	0.3224	139	0.3166	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9202-2.9881	0.2691	129	0.2701	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9881-3.0628	0.3077	152	0.2486	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0628-3.1456	0.2669	140	0.2528	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1456-3.2381	0.2718	131	0.2472	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2381-3.3426	0.2348	107	0.2345	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3426-3.462	0.2686	137	0.2309	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
3.462-3.6006	0.2652	130	0.2218	2562	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6006-3.7643	0.2372	135	0.2176	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7643-3.9626	0.2515	150	0.2139	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9626-4.2107	0.229	146	0.206	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2107-4.5354	0.2129	140	0.1908	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5354-4.9912	0.2305	134	0.1939	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9912-5.7118	0.2568	141	0.2486	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7118-7.1902	0.2641	143	0.2609	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1902-41.4917	0.2298	153	0.2156	2723	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1819	0.5789	-0.0424	2.7489	0.4829	2.2624	0.1209	0.5567	0.1054	-0.6732	-0.2175	-0.0298	-0.1594	-0.2723	0.0804	0.6975	-0.0611	-0.0623	0.6231	0.1347	0.3736	31.022	-34.636	-33.1458
2	0.7261	0.2767	0.3632	0.7268	0.1445	0.656	0.0211	-0.2133	-0.0695	0.1355	-0.0145	-0.0575	0.1912	0.0653	0.0053	0.5669	-0.3477	-0.1022	0.3362	0.0863	0.1559	57.108	-38.0657	8.4174
3	0.5243	0.8146	0.0826	2.895	0.562	0.974	-0.074	0.0287	0.2727	-0.2698	-0.0383	0.4258	-0.1618	-0.0939	0.141	0.5387	-0.2448	-0.1714	0.3415	0.0564	0.3703	44.0084	-17.5345	-4.52
4	1.3622	0.2716	-0.4754	1.6817	0.0936	1.3185	0.0017	0.2724	0.4225	-0.5462	-0.0002	0.6801	-0.4903	-0.1227	0.083	0.6787	-0.2127	-0.2609	0.3779	0.0989	0.5204	39.4782	-4.9782	-13.5712
5	0.3282	-0.8023	0.3001	3.1005	0.4432	1.6972	0.0007	-0.4014	-0.0551	0.1545	-0.0458	0.7965	0.1663	-0.5634	0.0813	0.6005	-0.2775	0.0989	0.7023	-0.1068	0.8299	26.4602	-20.5501	13.9989
6	4.3026	0.7471	-0.3964	0.9005	0.6741	1.7279	-0.2333	0.0726	-0.2349	0.3453	0.0578	0.6189	-0.642	0.0786	0.1612	1.0138	-0.2028	0.2209	0.7471	-0.0966	0.8617	39.5221	-4.9668	19.3568
7	1.5509	-0.3228	0.7333	1.1688	-0.5063	0.8701	-0.0267	-0.1093	0.0419	-0.0749	-0.0172	-0.0761	-0.013	0.019	0.0148	0.5972	-0.2671	-0.0763	0.3302	0.066	0.2237	56.3779	-35.263	-0.7132
8	2.3277	-0.5586	0.4739	1.7017	-0.9651	0.5591	-0.2013	-0.4982	0.0679	0.4676	0.1953	0.0902	0.0591	-0.0127	0.0388	0.6608	-0.2573	-0.0662	0.4409	0.0687	0.2835	55.1808	-31.8802	6.7999
9	7.5872	-1.6991	-3.8126	4.8068	1.5783	2.0345	0.0871	1.2838	-0.4603	-0.8726	-0.6467	-0.7432	-0.9185	0.3363	0.4559	0.7763	-0.072	-0.1318	0.9336	-0.0018	0.508	62.657	-49.3692	-19.6693
10	1.1541	-0.2321	-0.2687	2.1033	-0.1579	2.899	-0.0973	0.1418	0.0821	-0.2134	0.1219	-0.2956	-0.2034	0.4038	0.1381	0.5003	-0.257	-0.0421	0.4828	0.0808	0.2386	67.6154	-39.0137	0.4975
11	1.2492	0.0608	-0.8078	1.7041	-1.1142	1.7959	-0.2051	0.1498	0.187	-0.9521	0.2162	-0.1814	-0.0942	0.559	0.0596	0.7921	-0.2947	0.0247	0.6853	0.0027	0.3507	74.4633	-36.8755	-10.1613
12	5.6698	-0.6253	1.7948	3.5019	-1.9788	4.6664	0.024	-0.8817	-0.7909	0.5115	0.1412	-0.4708	0.4668	0.9015	-0.1074	0.7794	-0.1716	-0.1532	0.7406	-0.0168	0.6277	69.7629	-57.3951	18.83

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 15:119)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 120:477)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 478:624)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 625:698)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 699:778)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 779:856)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 2:54)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 55:100)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 101:111)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 112:144)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 145:193)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 194:227)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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